| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,112,033 | T→A | 8.6% | H118Q (CAT→CAA) | PP_5362 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,112,033 | 0 | T | A | 8.6% | 289.5 / 12.9 | 91 | H118Q (CAT→CAA) | PP_5362 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/40); new base A (3/5); total (46/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACAAACCAACAGCCGCTATGGCACATTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGACCAACCCTTTGTCAGACCGAAAAGCTATGCCGTAACCG > NC_002947/6111888‑6112182 | cacaAACCAACAGCCGCTATGGCACATTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCa > 2:1669723/1‑150 (MQ=255)cacaAACCAACAGCCGCTATGGCACATTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCa < 1:940734/150‑1 (MQ=255) caAACCAACAGCCGCTATGGCACATTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCACCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCCACCGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAAGCGCGGATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGc < 2:882385/150‑1 (MQ=255) cAACAGCCGCTATGGCACATTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCAATGCAGCTTGaa < 2:788176/150‑2 (MQ=255) cAACAGCCGCTATGGCACATTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCAATGCAGCTTGaa < 2:647967/150‑2 (MQ=255) aaCAGCCGCTATGGCACATTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATc > 1:1407156/1‑150 (MQ=255) aGCCGCTATGGCACATTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAg < 2:386261/150‑1 (MQ=255) gCCTCTATGGCACATTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAgg < 1:1132330/150‑1 (MQ=255) gCCGCTATGGCACATTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAgg > 2:1690374/1‑150 (MQ=255) gCCGCTATGGCACATTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAgg < 1:816694/150‑1 (MQ=255) tATGGCACATTGACTTTTTTTAACGGCCTGGCCAACGATGGCGAGG‑ATGGGTGGAGCTACAGCCTCCCCGTGGTCTGGACCACCTTGAACCGCGGATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGc > 2:2082053/1‑150 (MQ=255) acaTTGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGa < 1:440056/150‑1 (MQ=255) ttGACTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGc < 1:1669723/150‑1 (MQ=255) aCTTTTTTTACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGcctc > 1:1237551/1‑150 (MQ=255) tttttttACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGcctcct > 2:1145395/1‑150 (MQ=255) tttttttACCGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGcctcct > 2:838005/1‑150 (MQ=255) cGGCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTg > 1:2280290/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGaa > 1:69077/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGtt < 2:1004160/150‑1 (MQ=255) ccAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGtttt < 2:2280290/150‑1 (MQ=255) ccAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGtttt < 1:1690374/150‑1 (MQ=255) cAGCGATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGttttt > 1:288511/1‑150 (MQ=255) gATGGTGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTtctc > 1:998336/1‑150 (MQ=255) tGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTct‑gctg > 1:89425/1‑150 (MQ=255) tGAGGCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTct‑gctg > 1:1717556/1‑150 (MQ=255) gCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAggg > 2:2072131/1‑101 (MQ=255) gCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAggg < 1:2072131/101‑1 (MQ=255) gCCTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGGCtt > 1:1900524/1‑149 (MQ=255) cTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCa > 2:398063/1‑86 (MQ=255) cTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCa < 1:398063/86‑1 (MQ=255) cTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGc < 2:230345/112‑1 (MQ=255) cTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGc > 1:230345/1‑112 (MQ=255) cTGGGTGG‑GCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTAtt > 2:1938778/1‑150 (MQ=255) gggtgg‑gCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTAtttt < 1:838005/150‑1 (MQ=255) g‑gCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAg > 1:200751/1‑150 (MQ=255) gCTACAGCCGCCGCGTAGGCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGc < 1:2294463/77‑1 (MQ=255) 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gCTGGACCACCTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCAt < 1:1068349/96‑1 (MQ=255) accaccTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGaaaa < 2:1407156/150‑1 (MQ=255) caccTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTTCCGTTTACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAACTCATCTTCGAACACGCGCTGAAAcca > 2:797388/1‑150 (MQ=255) caccTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAaca > 1:2142225/1‑150 (MQ=255) caccTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTAAAGCTGCATTGCAGGTTGATCGAGGGGTGCCGTTAACGCCTCCTTTCATTTTGACCGTTTTTTCTGT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGaaaaaa > 2:797621/1‑148 (MQ=255) accTTGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAacac < 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ttGAACCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTAtt > 1:844850/1‑113 (MQ=255) aCCGCGTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCtt < 2:69077/150‑1 (MQ=255) cgcgTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGTTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGa < 2:165049/150‑1 (MQ=255) cgcgTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGa < 1:2065302/150‑1 (MQ=255) cgcgTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGa < 1:1325488/150‑1 (MQ=255) gcgTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGAc > 1:1796144/1‑150 (MQ=255) cgTATCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGAcc > 2:1069964/1‑150 (MQ=255) tCCAGTTCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGACCAAcc < 1:1202876/150‑1 (MQ=255) ttCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCATCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGACCAACCCTTTg > 1:74781/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGGGGAGCGCTTCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGACCAACCCTTTGt < 2:1796144/150‑1 (MQ=255) 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atCAAGCTGCAATGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTc > 1:1446678/2‑50 (MQ=37) tCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGACCAACCCTTTGTCAGACCGAAAAGCTAt < 1:662695/150‑1 (MQ=255) tCAAGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGACCAACCCTTTGTCAGACCGAAAAGCTAt < 1:1938778/150‑1 (MQ=255) tCAAGCTGCAATGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCGGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGACCAACCCttt > 2:1507461/1‑132 (MQ=255) tCAAGCTGCAATGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑GCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGACCAACCCttt < 1:1507461/132‑1 (MQ=255) aGCTGCATTGCAGCTTGATCGAGGGGTGCCGTTGACGCCTCCTTTCATTTTGAACGTTTTTTCTCT‑TCTGCCTATTTTGTAAGTCAGCTTCGAGCACGCGCTGAAAACACCAGCCTTGACCAACCCTTTGTCAGACCGAAAAGCTATGcc < 1:2327897/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |