| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,169,837 | T→A | 6.2% | S172C (AGC→TGC) | PP_5408 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,169,837 | 0 | T | A | 6.2% | 246.3 / 6.0 | 81 | S172C (AGC→TGC) | PP_5408 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/40); new base A (3/2); total (39/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
ACAATTTCATTGTCTATGTTTTTTAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGTTGTGCTTCGCGCACACAGTTACATGTGGGTGAAGACGTC > NC_002947/6169689‑6169980 | acaaTTTCATTTTCTATGTTTTTTAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTg > 2:645500/1‑150 (MQ=255) caaTTTCATTGTCTATGTTTTTTAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGc > 2:662622/1‑150 (MQ=255) caaTTTCATTGTCTATGTTTTTTAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGc < 2:1273527/150‑1 (MQ=255) ttCATTGTCTATGTTTTTTAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAg > 1:275084/1‑150 (MQ=255) gTCTATGTTTTTTTTTTTTCTTTAGAGTACACGTAGAA‑CTTATCAAGGTCCAAGAGGTGCTGAAAGAGGGAGAACCGTCCGCAGAATTGTTCCAGCCGCAATTCCAATTGGTTCCTGTTTGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTATGCTgcgc > 2:1834631/1‑150 (MQ=255) tCTATGTTTTTTAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTgcgc > 1:1189816/1‑150 (MQ=255) tCTATGTTTTTTAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTgcgc > 2:2216135/1‑150 (MQ=255) tATGTTTTTTAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGccc > 2:1047906/1‑150 (MQ=255) tATGTTTTTTAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGccc > 1:274902/1‑150 (MQ=255) attttttttAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCg < 1:645500/147‑1 (MQ=255) ttttttAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCaa < 1:662622/150‑1 (MQ=255) ttttttAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCaa > 2:77755/1‑150 (MQ=255) ttttAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACa < 2:1344718/150‑1 (MQ=255) 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1:77755/150‑1 (MQ=255) tttCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCcaca > 2:1313603/1‑150 (MQ=255) tttCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGAAAGGTGGTGATCAAGGAGGCAGATACTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTAACAGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCcaca > 2:535315/1‑150 (MQ=255) tAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACaga < 1:1047906/150‑1 (MQ=255) aaCCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTg < 2:2374670/150‑1 (MQ=255) aaCCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTg < 2:651009/150‑1 (MQ=255) aaCCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTg > 2:1522143/1‑150 (MQ=255) aCCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTgg < 1:1924706/150‑1 (MQ=255) ccGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAgg > 1:876172/1‑107 (MQ=255) ccGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAgg < 2:876172/107‑1 (MQ=255) ccGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGc > 2:1302982/1‑150 (MQ=255) tttCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCAt > 2:2288301/1‑150 (MQ=255) 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gCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTg > 1:1984129/1‑150 (MQ=255) cAGATTCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCTAATTGTTCCCTGTTGGCTGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGTGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTgg < 1:535315/150‑1 (MQ=255) ccTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTa < 1:1110950/150‑1 (MQ=255) ctgccGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCACGAAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTAc < 1:1741728/147‑1 (MQ=255) ttCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACg > 2:772905/1‑150 (MQ=255) tCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACga < 1:2216135/150‑1 (MQ=255) ccGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACgag < 2:866736/150‑1 (MQ=255) cGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACgaga < 2:1189816/150‑1 (MQ=255) atcgtgCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCAGGACAAAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAAt < 1:1313603/147‑1 (MQ=255) aTTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGAATCGTCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAAt < 1:1834631/150‑1 (MQ=255) ccAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGt > 2:2205372/1‑150 (MQ=255) ccAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGt > 1:392001/1‑150 (MQ=255) cAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCTCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTg < 2:871542/93‑1 (MQ=255) cAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTg > 1:871542/1‑93 (MQ=255) cAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGtt > 2:2229879/1‑150 (MQ=255) aGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGTtg < 2:2054227/150‑1 (MQ=255) 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aTGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGACCGCAACATCCGCTCCACATAACCTGGTCGCAGTGGCCACTGTGATAAAATGGCTGATGACGGAACGGCCATTACGAGAGCAAATCGACGTTGTGCTTCGCGcaca < 2:274902/150‑1 (MQ=255) acccTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATcgc > 2:1044415/2‑82 (MQ=255) acccTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCATAGGCTTCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATcgc < 1:1044415/81‑1 (MQ=255) ccTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTgg > 2:309636/1‑106 (MQ=255) ccTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTgg < 1:309636/106‑1 (MQ=255) ttGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGgct < 2:1822706/88‑1 (MQ=255) ttGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGgct > 1:1822706/1‑88 (MQ=255) ttGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTAACTACAACGAGTCGCAATGGCTAGATCATTGGTTCGGACAGTTGTGGGAGTACGAGTGTAAATTGACGGTGTGCTTCGCGCACACAGTTACAtgt < 2:275084/150‑1 (MQ=255) gTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGTTGTGCTTCGCGCACACAGTTACATGTGGGTGa < 1:2205372/150‑1 (MQ=255) aGGCCTTGCGCTGACTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGTTGTGCTTCGCGCACACAGTTACATGGGGGTGAAg < 2:437267/150‑1 (MQ=255) ttgcgggcgcAGCCTAGGCAGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGTTGTGCTTCGCGCACACAGTTACATGTGGGTGAAGa > 1:2408473/7‑150 (MQ=255) gCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGTTGTGCTTCGCGCACACAGTTACATGTGGGTGAAGAc > 2:2149871/1‑150 (MQ=255) gcgggcgcAGCCTAGGCAGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTTCTCACAGAACTgg < 2:593816/87‑1 (MQ=255) gcgggcgcAGCCTAGGCAGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTgg > 1:593816/5‑91 (MQ=255) cTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTAc > 2:1873579/1‑44 (MQ=255) cTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTAc < 1:1873579/44‑1 (MQ=255) cTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGTTGTGCTTCGCGCACACAGTTACATGTGGGTGAAGACGt > 2:1082684/1‑150 (MQ=255) ttGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGTTGTGCTTCGCGCACACAGTTACATGTGGGTGAAGACGTc < 1:2149871/150‑1 (MQ=255) | ACAATTTCATTGTCTATGTTTTTTAGTTTGCTTTCGAGCACCCGTAGAACCGTTTCAAGTGCAAGGTGGTGCTCAAGGAGGCAGATCCTTCCGTAGAATTGTGCCAGCCGCAATGCCAATGGGTCCCTGTTGGCCGTAGGCCTTGCGCTGCCTAGGCTGCGCCCGCAACATCCGCTCCACATTACCTGGACAGAGTGGCCATCGCGAGAAAATGGCTGCTCACAGAACTGGCAGTACGAGAGCAAATCGACGTTGTGCTTCGCGCACACAGTTACATGTGGGTGAAGACGTC > NC_002947/6169689‑6169980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |