| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 614,495 | A→T | 6.6% | L252Q (CTG→CAG) | ispA ← | farnesyl diphosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 614,495 | 0 | A | T | 6.6% | 475.7 / 15.2 | 150 | L252Q (CTG→CAG) | ispA | farnesyl diphosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/70); new base T (7/3); total (76/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
ATAGGTGAAGCTGTTTAGTTACGGCGTTCGACAATATAACGCGCCAAGGCCCGCAGCGGCTCGGCCTTTTCGCCGAACCCTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCTGTGCATAAGTTTGCAGGGCATCCAG > NC_002947/614348‑614640 | aTAGGTGAAGCTGTTTAGTTACGGCGTTCGACAATATAACGCGCCAAGGCCCGCAGCGGCTCGGCCTTTTCGCCAAACCCTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAgg < 1:1017687/150‑1 (MQ=255) gTGAAGCTGTTTAGTTACGGCGTTCGACAATATAACGCGCCAAGGCCCGCAGCGGCTCGGCCTTTTCGCCGAACCCTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCg > 1:1094629/1‑150 (MQ=255) tGAAGCTGTTTAGTTACGGCGTTCGACAATATAACGCGCCAAGGCCCGCAGCGGCTCGGCCTTTTCGCCGAACCCTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCgg < 1:37414/150‑1 (MQ=255) gAAGCTGTTTAGTTACGGCGTTCGACAATATAACGCGCCAAGGCCCGCAGCGGCTCGGCCTTTTCGCCGAACCCTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATGGGGTTTGGCGGCTTGCAGGCCCCGCTGGGCCgcg > 2:1342561/1‑148 (MQ=255) gAAGCTGTTTAGTTACGGCGTTCGACAATATAACGCGCCAAGGCCCGCAGCGGCTCGGCCTTTTCGCCGAACCCTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCggg < 2:945748/150‑1 (MQ=255) gCTGTTTAGTTACGGCGTTCGACAATATAACGCGCCAAGGCCCGCAGCGGCTCGGCCTTTTCGCCGAACCCTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAg > 2:2047270/1‑150 (MQ=255) gTTTAGTTACGGCGTTCGACAATATAACGCGCCAAGGCCCGCAGCGGCTCGGCCTTTTCGCCGAACCCTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTc < 1:1884232/150‑1 (MQ=255) tttAGTTACGGCGTTCGACAATATAACGCGCCAAGGCCCGCAGCGGCTCGGCCTTTTCGCCGAACCCTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCg > 2:2324056/1‑150 (MQ=255) 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cTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGa > 1:1605051/1‑150 (MQ=255) cTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGa < 2:439903/150‑1 (MQ=255) ttGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAg < 1:1047443/150‑1 (MQ=255) gCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGa > 1:1068649/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATgtcgtc < 1:1962737/150‑1 (MQ=255) 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aTAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCtg < 2:1806257/150‑1 (MQ=255) aGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGCACAGGCCATTGGCCtgg < 2:603733/150‑2 (MQ=255) gCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCTGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCTGTGCa < 1:1393969/150‑1 (MQ=255) gCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGCACAGGCCATTGGCCtggca < 1:1348820/150‑4 (MQ=255) gCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATgg > 2:1424573/1‑142 (MQ=255) tttGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTcc < 2:1287408/115‑1 (MQ=255) tttGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTcc > 1:1287408/1‑115 (MQ=255) ggcggcTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCtg < 1:2310108/141‑1 (MQ=255) gtcTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGtt > 2:2090911/3‑65 (MQ=255) gtcTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGtt < 1:2090911/63‑1 (MQ=255) ggcTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGc < 2:2251515/128‑1 (MQ=255) ctacccggCCCTGCTGGGCCTGGAAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCTGTGCATaa > 2:1052448/7‑143 (MQ=255) ctacccagCCCTGCTGGGCCTGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAAGCCAAAGGCCTGTGCATAAGTTTGCa > 2:1705353/8‑150 (MQ=255) cTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCTGTGCATAAGTTTGCa < 2:169625/150‑1 (MQ=255) cTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCTGTGCATAAGTTTGCa < 2:1605051/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGAt > 1:2351791/1‑99 (MQ=255) ttCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGc > 2:971321/1‑132 (MQ=255) ttCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGc < 1:971321/132‑1 (MQ=255) tacccggCCCTGCTGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAAt < 1:878436/113‑1 (MQ=255) tacccggCCCTGCTGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAAt > 2:878436/6‑118 (MQ=255) ccggCCCTGCTGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCTGTGCATAAGTTTGCAGGGc > 1:310337/3‑150 (MQ=255) cAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGc < 1:1866217/129‑1 (MQ=255) cAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGc > 2:1866217/1‑129 (MQ=255) aGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAAt > 1:950521/1‑125 (MQ=255) gCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCa < 1:2178175/70‑1 (MQ=255) gCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCTGTGCATAAGTTTGCa > 1:967366/1‑143 (MQ=255) gCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCTGTGCATAAGTTTGCa < 2:967366/143‑1 (MQ=255) ccAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCTGTGCATAAGTTTGCAg < 2:1368765/142‑1 (MQ=255) ccAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCTGTGCATAAGTTTGCAg > 1:1368765/1‑142 (MQ=255) | ATAGGTGAAGCTGTTTAGTTACGGCGTTCGACAATATAACGCGCCAAGGCCCGCAGCGGCTCGGCCTTTTCGCCGAACCCTTGCAGTGCGGCCAGCGCCTGGTCGCGCAGTTCGATTGCATAGGCTTTGGCGGCTTCCAGGCCCAGCAGGGCCGGGTAGGTCG‑GTTTGTCACGCGCTATGTCT‑GCACCTTGGCGTTTGCCCAAGGTAGCAGTGTCGCTTTCCACGTCGAGGATGTCGTCCTGCACCTGGAATGC‑CAGGCCAATGGCCTGTGCATAAGTTTGCAGGGCATCCAG > NC_002947/614348‑614640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |