| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 646,275 | T→A | 11.0% | intergenic (‑178/‑106) | PP_0556 ← / → acoR | acetoin catabolism protein/acetoin catabolism regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 646,275 | 0 | T | A | 11.0% | 200.4 / 15.6 | 73 | intergenic (‑178/‑106) | PP_0556/acoR | acetoin catabolism protein/acetoin catabolism regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/36); new base A (5/3); total (34/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
AGGAGCAAGCGGGGTGCCAGCTTTCTTCGCGATGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACTGCGTCAGC > NC_002947/646128‑646422 | aGGAGCAAGCGGGGTGCCAGCTTTCTTCGCGATGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGc > 1:1036698/1‑150 (MQ=255) gAGCAAGCGGGGTGCCAGCTTTCTTCGCGATGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGt > 1:1321438/1‑150 (MQ=255) aGCGGGGTGCCAGCTTTCTTCGCGATGGCTGAAGTGGCCAGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCaa < 1:998283/150‑1 (MQ=255) 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1:2147940/1‑128 (MQ=255) cgATGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTg < 2:598217/150‑1 (MQ=255) tGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCtt < 1:88056/150‑1 (MQ=255) cTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTc < 2:1616826/150‑1 (MQ=255) tGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCg > 2:253329/1‑150 (MQ=255) gAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCg‑g < 2:1036698/150‑1 (MQ=255) gAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCg‑g < 2:1567790/150‑1 (MQ=255) ggCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAAt > 1:1885101/1‑128 (MQ=255) ggCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAAt < 2:1885101/128‑1 (MQ=255) tAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCagag < 2:456658/150‑1 (MQ=255) tAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCagag > 1:456658/1‑150 (MQ=255) tAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCagag < 1:553617/150‑1 (MQ=255) agGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGgcg < 1:83326/150‑1 (MQ=255) tctGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGGCCAGAGGCGCTTaa > 1:1197528/1‑150 (MQ=255) tCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGcc < 2:2295853/150‑1 (MQ=255) cGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCg < 1:2267169/150‑1 (MQ=255) tgtTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGa > 2:2363006/1‑150 (MQ=255) 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2:623076/85‑3 (MQ=255) gCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCAGCGTCTCagt > 1:623590/1‑83 (MQ=255) gCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCAGCGTCTCagt > 1:623076/1‑83 (MQ=255) ttttCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACCGTGCGTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATaaaaa > 1:759285/1‑150 (MQ=255) tttCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCTGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAAc < 2:182751/150‑1 (MQ=255) tttCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAAc < 1:2240467/150‑1 (MQ=255) tAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACgag > 1:299368/1‑150 (MQ=255) 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gggTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAAc > 2:2323467/1‑136 (MQ=255) gggTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAAc < 1:2323467/136‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCTCACAACTGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGc < 2:1791024/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGAAGTTCAGTCTCAAGCAACTGGCGAACCGCCCAGTGC‑TGTGGTGGGCATGCCCAGAGGCGGTAAATGGGCGGACAACGATAAAAAAAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGc > 1:45986/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGcc > 1:316232/1‑150 (MQ=255) cGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCt > 1:1429216/1‑88 (MQ=255) 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2:1090574/125‑1 (MQ=255) ccGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCAt > 1:120805/1‑150 (MQ=255) gagaCACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCAtgt < 1:1589980/150‑1 (MQ=255) cttGAGACGCAGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACt > 2:2304939/3‑150 (MQ=255) acTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACt < 2:1321438/150‑1 (MQ=255) ttGAGACGCAGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACTg > 2:364224/2‑150 (MQ=255) tGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCtt < 1:2137126/120‑1 (MQ=255) tGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCtt > 2:2137126/1‑120 (MQ=255) aCGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACTTCGTca < 1:2084483/150‑1 (MQ=255) gCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGTGGGCCAGGAGGCTTTCCGCGGACTCCCGAGCCCGTGTGGACTGCGTcagc > 2:1726734/1‑150 (MQ=255) gCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACTGCGTcagc > 2:1520389/1‑150 (MQ=255) | AGGAGCAAGCGGGGTGCCAGCTTTCTTCGCGATGGCTGAAGTGGCCGGGCTAGAGGGCTCTGGTCGTGTTCGGGCAGGTTTTCACGGGTAGGGTGGCGAGACGCCGGGTGCCAGCGCCGGGCCTGCGTTGCCGAGACACTGAGACGCTGCGTCTCAAGCCAGCCGGTAATCACACAGTGCTTGTCG‑GGGCATGCCCAGAGGCGCTTAATGGCCGGACAACGATAAAAACAGTAACGAGAACCGGAGGGCCTGAATGCTTGCCGCGAACTCCCGAGCCCATGTGGACTGCGTCAGC > NC_002947/646128‑646422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |