| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 646,606 | A→G | 6.0% | S76G (AGC→GGC) | acoR → | acetoin catabolism regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 646,606 | 0 | A | G | 6.0% | 297.7 / 6.6 | 100 | S76G (AGC→GGC) | acoR | acetoin catabolism regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/44); new base G (2/4); total (52/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GCCGGTACCACCGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTGGGGACCTGC > NC_002947/646458‑646755 | gcCGGTACCACCGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAg < 1:821307/150‑1 (MQ=255) ccaccGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGAGTGCAGCGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGcagatcg > 1:24061/1‑144 (MQ=255) caccGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCg > 2:746478/1‑150 (MQ=255) accGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCTGGCGATGcgca < 1:2183958/150‑4 (MQ=255) accGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCTGGCGATGcgca < 1:1592866/150‑4 (MQ=255) accGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGt > 1:1169947/1‑150 (MQ=255) ccGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCTGGCGATGcgcag < 1:2186255/150‑5 (MQ=255) tccATGGAGCGGCGCCATGGATGTGTACCGCCTAGACCCCGATTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGTGCGCTTGCATGa > 1:1068619/3‑150 (MQ=255) 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aTGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCt > 2:1150478/1‑150 (MQ=255) aTGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCt < 2:1169947/150‑1 (MQ=255) ggATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGa < 1:1630358/150‑1 (MQ=255) tgtACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGactact > 2:843294/1‑150 (MQ=255) gtACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACTCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGGGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTg > 2:1830970/1‑150 (MQ=255) 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gCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCgg < 1:785465/150‑1 (MQ=255) cTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGGCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGGGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCggg < 2:317069/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGtgctg > 1:574979/1‑72 (MQ=255) ttCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGtgctg < 2:574979/72‑1 (MQ=255) cacggcATCGCTGGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCAt > 2:2246532/5‑95 (MQ=255) cacggcATCGCTGGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCAt < 1:2246532/91‑1 (MQ=255) cTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAggg > 2:1970104/1‑86 (MQ=255) cTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAggg < 1:1970104/86‑1 (MQ=255) cTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAg > 1:1043073/1‑84 (MQ=255) cTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAg < 2:1043073/84‑1 (MQ=255) tGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCaa < 2:543718/136‑1 (MQ=255) tGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCaa > 1:543718/1‑136 (MQ=255) gcgcATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCTGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCt < 1:1044681/150‑1 (MQ=255) ggcATCGCTGGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTg > 2:1664262/2‑150 (MQ=255) cgcATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCCGCCATACATATCCACCAGCGCAAGGCCGGCCGGTaggtg > 2:2322481/1‑146 (MQ=255) gcATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTgg < 2:1393815/150‑1 (MQ=255) cATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTggg < 1:1687234/150‑1 (MQ=255) aTCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACGGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTgggg > 2:535722/1‑150 (MQ=255) tCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTGGGGa < 1:1331468/150‑1 (MQ=255) aGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCTGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTGGGGACctgc < 2:16687/150‑1 (MQ=255) | GCCGGTACCACCGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTGGGGACCTGC > NC_002947/646458‑646755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |