| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 660,595 | T→C | 5.1% | G546G (GGT→GGC) | speA → | biosynthetic arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 660,595 | 0 | T | C | 5.1% | 294.5 / 2.4 | 96 | G546G (GGT→GGC) | speA | biosynthetic arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/42); new base C (2/3); total (51/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
CCGATGCGGCGTGCGGTATTGCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATCGAAGACATGCTGCGCTACGTGCACCTGTC > NC_002947/660446‑660744 | ccGATGCGGCGTGCGGTATTGCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTggtgggt < 1:526654/150‑1 (MQ=255) gCGGTATTGCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTAGGCACCCACCAGGaa < 1:50164/150‑1 (MQ=255) ggTATTGCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAAt > 1:2239628/1‑150 (MQ=255) ggTATTGCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAAt > 2:2046551/1‑150 (MQ=255) tGCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTgg < 2:405083/150‑1 (MQ=255) tGCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTgg < 1:1627491/150‑1 (MQ=255) gCAGGGCCGGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCCACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTggg < 2:473764/150‑1 (MQ=255) cAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGt > 1:1146957/1‑150 (MQ=255) cAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGCCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGt < 1:1952523/150‑1 (MQ=255) cTGACTTGCGATTCCGAAGGCAAGATCAACCAGTACGTCGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGACGGTGCATGAGGTAAAGGAGGGTGAGGATTATGTACTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGAAAATCATGGATGACATg > 2:721913/1‑150 (MQ=255) gACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACCTGca < 1:2357463/150‑1 (MQ=255) tGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAAc < 2:125022/150‑1 (MQ=255) gCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCt < 1:784816/133‑1 (MQ=255) gCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCt > 2:784816/1‑133 (MQ=255) gCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAAcc < 2:1572644/150‑1 (MQ=255) cGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCt < 2:1575667/150‑1 (MQ=255) gATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCt < 2:1921182/149‑1 (MQ=255) gATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCt > 1:1921182/1‑149 (MQ=255) 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aCCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGt < 1:810691/116‑1 (MQ=255) aCCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGt > 2:810691/1‑116 (MQ=255) ccAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATCCggc < 1:84510/150‑2 (MQ=255) cAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGaaa > 1:238152/1‑106 (MQ=255) cAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGaaa < 2:238152/106‑1 (MQ=255) tACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAAc < 2:1454241/150‑1 (MQ=255) 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tGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGCGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACCTGGTCCATGTTTGCGTTTACACCGATTCTGTGAACCTCTACCAGAATGTGGACGGCAGTGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGacac < 1:2350782/150‑1 (MQ=255) gATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATc > 1:1651423/1‑150 (MQ=255) gATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATc < 2:1966256/150‑1 (MQ=255) ttACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATCGa > 2:1216540/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATCGAAGa > 2:2236279/1‑150 (MQ=255) 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cTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATCGAAGACATGCTGCGCTACGTg > 2:2251560/1‑150 (MQ=255) tggtggGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGac < 1:2205542/122‑1 (MQ=255) tggtggGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGac > 2:2205542/1‑122 (MQ=255) tggtggGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATCGAAGACATGCTGCGCTACGTGc > 1:1188793/1‑150 (MQ=255) tggtggGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTAGCGAAACCCACGACACCATCGAAGACATGCTGCGCTACGTGc > 2:1648571/1‑150 (MQ=255) ggtgCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACAAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATCGAAGACATGCTGCGCTACGTGCACCTg > 1:867525/1‑150 (MQ=255) ggtgCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACAAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATCGAAGACATGCTGCGCTACGTGCACCTg > 1:867430/1‑150 (MQ=255) tgCCTACCGGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATCGAAGACATGCTGCGCTACGTGCACCTGTc > 2:563655/1‑150 (MQ=255) | CCGATGCGGCGTGCGGTATTGCAGGACCTGACTTGCGATTCCGACGGCAAGATCAACCAGTACGTTGACGAGCAGAGCATCGAAACCAGCATGCCGGTGCATGCGGTGAAGGAGGGTGAGGATTACCTGCTGGGCGTGTTCCTGGTGGGTGCCTACCAGGAAATCCTGGGTGACATGCACAACCTGTTCGGTGACACCGATTCGGTGAACATCTACCAGAATGCCGACGGCAGCGTGTACCACGCCGGTATCGAAACCCACGACACCATCGAAGACATGCTGCGCTACGTGCACCTGTC > NC_002947/660446‑660744 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |