| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 683,659 | C→G | 5.5% | K65N (AAG→AAC) | PP_0585 ← | MerR family metal‑sensitive transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 683,659 | 0 | C | G | 5.5% | 293.2 / 6.9 | 91 | K65N (AAG→AAC) | PP_0585 | MerR family metal‑sensitive transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/42); new base G (3/2); total (47/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
ACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCGGGTTTGAGCAGGCCGATGGATTCGTAGTAACGGATCA > NC_002947/683512‑683807 | aCCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACtt > 1:2329509/1‑150 (MQ=255) cccTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTg < 2:2002836/150‑1 (MQ=255) ccTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGAAGCTAACAGTTGGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGc > 2:2372042/1‑150 (MQ=255) cTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGTTCCTCGTTGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGcc < 2:233433/150‑1 (MQ=255) aCAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGAc < 2:1884494/150‑1 (MQ=255) aGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGAcct > 2:1062883/1‑150 (MQ=255) cGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACctcctc < 2:2329509/150‑1 (MQ=255) aaaCCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGa < 1:188623/150‑1 (MQ=255) aCCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACTTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAgg < 2:481937/150‑1 (MQ=255) aCCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAgg < 1:1060451/150‑1 (MQ=255) tCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAg > 2:1967577/1‑150 (MQ=255) cGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCa < 1:1062883/150‑1 (MQ=255) tCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCgg < 2:1474861/150‑1 (MQ=255) gcgcAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGa > 1:772355/1‑150 (MQ=255) aGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAgcgc < 1:1025645/150‑1 (MQ=255) tCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGaaaa < 1:880974/127‑1 (MQ=255) tCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTtga < 2:772355/150‑1 (MQ=255) tCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTtga < 2:1764761/150‑1 (MQ=255) tCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTtga > 2:1093566/1‑150 (MQ=255) tCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCAGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGAAAACGCCCAGGTCGCGCGAGCGGTtga > 1:506050/1‑150 (MQ=255) tCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTAACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGaaaa > 2:880974/1‑127 (MQ=255) cACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTtgat < 2:141988/150‑1 (MQ=255) aCCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTtgctg > 1:1943782/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gcCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAgg > 2:1487532/1‑104 (MQ=255) agttcaTCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTgc < 1:1967577/150‑1 (MQ=255) gttcaTCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTGGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTgcg > 1:1323943/1‑150 (MQ=255) ttcaTCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTgcgc > 1:1689623/1‑150 (MQ=255) aTCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTg > 1:117402/1‑150 (MQ=255) 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cgcCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTc < 2:51595/150‑1 (MQ=255) ttCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTg < 2:605391/150‑1 (MQ=255) tCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGGCCTCCTCGAGGGAAAANCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTg < 1:1178723/118‑1 (MQ=255) tCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGGCCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTg > 2:1178723/1‑118 (MQ=255) acaTCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCgg > 2:1749875/1‑149 (MQ=255) acaTCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGa < 2:1385868/150‑1 (MQ=255) aTCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTg < 1:678367/120‑1 (MQ=255) aTCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGt > 1:1898081/1‑150 (MQ=255) aTCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATAAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTg > 2:678367/1‑120 (MQ=255) aTCGGCGCTCGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGTAACTTGCCGACCTCCTCAAGGGAAAAGCCCAGATCGCGGGAGCGTTTGATGAAGGCGAGGTTGTGCAAGTCCTCAGCCTGGCACCGCCGGTAGCAGCTGTAGCTGCgtgt > 1:2301804/1‑150 (MQ=255) ggagcTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGc > 1:2400816/4‑150 (MQ=255) ggCGCTGGCAGGTTGGCGCTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCACCTCGTGGGCCAGCACTCGGTCCCCTTAGCGCTTGATGAACTCCAAGTTGTGATCGTCTTTTTCCGCTTACAGTCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGc < 1:1749875/150‑1 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acaAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCGGGTTTGAGCAGGCCGAt < 2:2345274/142‑1 (MQ=255) caAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCGGGTTTGAGCAGGCCGATGGATTCgta > 2:834458/1‑150 (MQ=255) aGNTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGANGGAAAAGCCCAGNTCGCGGNANCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCGGGTTTGAGCAGGCCGATGGCTTCgtagt > 1:1604032/1‑150 (MQ=255) gtcggCAAGTTGCTGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCgg < 1:1349715/117‑1 (MQ=255) gTCGGCAAGTTGCTGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCgg > 2:1349715/1‑121 (MQ=255) gTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCg < 2:445094/95‑1 (MQ=255) gTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCg > 1:445094/1‑95 (MQ=255) ggCAAGTTGCTGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCGGGTTTGAGCAGGCCGATGGATTCgta < 2:1117546/142‑1 (MQ=255) ggCAAGTTGCTGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCGGGTTTGAGCAGGCCGATGGATTCgta > 1:1117546/2‑143 (MQ=255) gCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCATGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCGGGTTTGAGCAGGCCGATGGATTCGTAGTAACGGa > 2:2250264/1‑150 (MQ=255) gCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCATGTCGCGGGAGCGCTCGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCGGGTTTGAGCAGGCCGATGGATTCGTAGTAACGGa > 2:2250484/1‑150 (MQ=255) gCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTgc > 1:22840/1‑77 (MQ=255) gCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTgc < 2:22840/77‑1 (MQ=255) cAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCGGGTTTGAGCAGGCCGATGGATTCGTAGTAACGGat < 2:1291784/150‑1 (MQ=255) aCTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCGGGTTTGAGCAGGCCGATGGATTCGTAGTAACGGatca > 2:920361/1‑150 (MQ=255) | ACCCTGACAGTGCGAAACCAGCTCGCCGAGGGTGTCGCGCAGGCTCACCAGCTCCTCGATGCGCCGGTTCAGTTCATCGATGTGGTGCATGGCCAGCGCCTTCACATCGGCGCTGGCACGTTGGCGGTCCTGCCACAAGGTCAGCAACTTGCCGACCTCCTCGAGGGAAAAGCCCAGGTCGCGGGAGCGCTTGATGAAGGCCAGGTTGTGCAAGTCTTGCGCCTGGTACAGGCGGTAGCCGCTGTCGCTGCGAGTGGCGGGTTTGAGCAGGCCGATGGATTCGTAGTAACGGATCA > NC_002947/683512‑683807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |