| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 693,593 | C→G | 10.2% | G151A (GGC→GCC) | PP_0595 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 693,593 | 0 | C | G | 10.2% | 325.4 / 24.6 | 108 | G151A (GGC→GCC) | PP_0595 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/47); new base G (6/5); total (56/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TCTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGCAA > NC_002947/693446‑693741 | tcTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTATGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCg > 1:2029491/1‑150 (MQ=255)tcTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCAGGCCg > 2:1784635/1‑150 (MQ=255) aTCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCAGGCCGTGc < 1:1784635/150‑1 (MQ=255) tCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCt > 2:206108/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCt > 1:27999/1‑150 (MQ=255) ctgctgGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCCAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGTAGGCTGCCGTCTAGCACGCCGTGCTc < 2:1481403/150‑1 (MQ=255) gctgGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGa < 1:206108/150‑1 (MQ=255) gtcgtcGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCCAGGGGGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACctg > 1:675766/1‑150 (MQ=255) 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agcgTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGAt < 1:1593006/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCtt < 2:849050/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCtt < 1:983319/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCtt > 2:32859/1‑150 (MQ=255) tCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTATGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTg < 2:2029491/150‑1 (MQ=255) gCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGa < 2:939458/92‑1 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cGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGt < 2:1109514/97‑1 (MQ=255) cGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCt > 2:2114931/1‑150 (MQ=255) gTCGAGCACGGCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTc > 1:2248710/1‑150 (MQ=255) gTCGAGCACGGCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTc > 1:1254942/1‑150 (MQ=255) gTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTc > 2:21604/1‑145 (MQ=255) gTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTc < 1:21604/145‑1 (MQ=255) tCGAGCACGGCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAgg < 1:485570/114‑1 (MQ=255) tCGAGCACGGCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAgg > 2:485570/1‑114 (MQ=255) cACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCcgcg > 1:2168963/1‑150 (MQ=255) aCGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCgcgc < 1:545249/150‑1 (MQ=255) gCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGCaa > 1:2253586/1‑150 (MQ=255) gCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGCaa > 2:1424918/1‑150 (MQ=255) | TCTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATC‑ATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGCAA > NC_002947/693446‑693741 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |