| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 697,217 | T→C | 7.2% | intergenic (+141/‑610) | mmsA‑I → / → PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 697,217 | 0 | T | C | 7.2% | 247.5 / 6.9 | 85 | intergenic (+141/‑610) | mmsA‑I/PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/38); new base C (3/3); total (42/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
CTGTAAGGGAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCC > NC_002947/697071‑697365 | cTGTAAGGGAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGa < 1:2384405/150‑1 (MQ=255) aaGGGAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAgcgc < 1:1719426/150‑1 (MQ=255) gggAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGcgccg > 2:722354/1‑150 (MQ=255) gTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGccgcccgc < 1:798728/150‑1 (MQ=255) gTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGccgcccgc > 1:1598271/1‑150 (MQ=255) aGCGGGGAGGCCTGACGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCt > 1:2019805/1‑150 (MQ=18) ggggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCgg > 1:1117489/1‑150 (MQ=255) gggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCgat < 1:660339/150‑3 (MQ=255) ggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGtc < 2:72256/150‑1 (MQ=255) ggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGtc < 1:1237327/150‑1 (MQ=255) aGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGtctc < 2:1678932/150‑1 (MQ=255) gCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGTAGGTACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTcac > 1:441871/1‑150 (MQ=255) gCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTca > 1:2037785/1‑149 (MQ=255) gCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTca < 2:2037785/149‑1 (MQ=255) gCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCAGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTcac > 2:257288/1‑150 (MQ=255) ccGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTcaca < 1:2016140/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGgc > 2:1977240/1‑150 (MQ=255) cccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGggcggc < 2:2082940/125‑1 (MQ=255) cccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGggcggc > 1:2082940/1‑125 (MQ=255) cccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTgcaagg > 2:2279182/1‑145 (MQ=21) gTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGc < 2:2019805/150‑1 (MQ=255) gggggTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGtc > 2:906111/1‑119 (MQ=255) gggggTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGtc < 1:906111/119‑1 (MQ=255) ggggTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACt > 1:2187705/1‑150 (MQ=255) gggTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACtt < 2:129494/150‑1 (MQ=255) gttggttgTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGgcgc > 1:1508957/1‑125 (MQ=255) gttggttgTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGgcgc < 2:1508957/125‑1 (MQ=255) ttggttgTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGCGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGc > 1:626981/1‑150 (MQ=255) gttgttGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TTCGCCACGACAGTTTCAGCGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCgat > 1:2110526/1‑108 (MQ=14) gttgttGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TTCGCCACGACAGTTTCAGCGCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCgat < 2:2110526/110‑3 (MQ=14) 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1:1905403/1‑150 (MQ=255) aaCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTccc > 2:689815/1‑150 (MQ=255) aaCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTccc < 2:728263/150‑1 (MQ=255) aaCTGTTTTGAGAAGGGGGTGTCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTccc < 2:441871/150‑1 (MQ=255) gggTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGC‑‑CAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGccc < 2:1226034/118‑1 (MQ=255) gggTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGC‑‑CAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGccc > 1:1226034/1‑118 (MQ=255) ggTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGgcgc > 2:1577124/1‑88 (MQ=255) ggTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGgcgc < 1:1577124/88‑1 (MQ=255) ggCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGa < 1:722354/150‑1 (MQ=255) gCTGTGAGATA‑TG‑ACCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGaa > 2:1192595/1‑150 (MQ=255) agaTG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCAGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTaaa < 1:257288/150‑1 (MQ=255) tCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCgcgg > 1:709129/1‑49 (MQ=255) tCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCgcgg < 2:709129/49‑1 (MQ=255) tCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTc > 1:1166505/1‑132 (MQ=255) 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agcgCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTGCAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATcccc < 1:1304576/146‑1 (MQ=11) agcgCCTGTGAGACCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTGCAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATcccc > 2:1304576/4‑149 (MQ=11) tgtgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGATGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAAt < 2:1738500/150‑1 (MQ=255) gtgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAaca > 2:200455/1‑64 (MQ=255) gtgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAaca < 1:200455/64‑1 (MQ=255) tgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACtt < 1:1281830/66‑1 (MQ=255) tgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACtt > 2:1281830/1‑66 (MQ=255) tgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATccc > 1:901812/1‑140 (MQ=255) tgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATccc < 2:901812/140‑1 (MQ=255) tgAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATgc > 2:1984130/1‑150 (MQ=255) gagaGCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATgcg < 2:1117489/150‑1 (MQ=255) agaTAGAGCGCCACCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCCCTTTCTTCAAATTAAAGGTTGAAACCCTCTTGAATCCCCTTATAATgcgc < 2:626981/150‑1 (MQ=14) aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGccc > 1:1504837/1‑150 (MQ=255) | CTGTAAGGGAAGTAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATG‑TG‑TCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCC > NC_002947/697071‑697365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |