Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 699,725 | A→G | 58.5% | intergenic (+115/‑129) | PP_t06 → / → PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 699,725 | 0 | A | G | 58.5% | 33.1 / 98.2 | 89 | intergenic (+115/‑129) | PP_t06/PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/15); new base G (28/24); total (50/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
GGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCG > NC_002947/699579‑699808 | ggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTg < 1:259082/150‑1 (MQ=38) tCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGAc < 2:1178855/146‑1 (MQ=39) tCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGAc > 1:1178855/1‑146 (MQ=39) tCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGaa < 2:1374131/150‑1 (MQ=39) cAGCGTTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAac > 2:835327/1‑150 (MQ=255) cAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAac < 2:1949830/150‑1 (MQ=255) ggTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCa < 2:1669665/150‑1 (MQ=255) gTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCt < 1:1108960/141‑1 (MQ=38) gTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCt > 2:1108960/1‑141 (MQ=38) gTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAg > 2:1366977/1‑150 (MQ=39) ttagATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGt > 2:1133832/4‑150 (MQ=255) ttCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGt > 1:856084/1‑150 (MQ=38) gATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGt > 1:2384360/1‑147 (MQ=37) gATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGt < 2:2384360/147‑1 (MQ=38) gATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGTTTc < 2:2405130/150‑1 (MQ=38) aTCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCa < 2:316503/144‑1 (MQ=38) aTCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCa > 1:316503/1‑144 (MQ=38) ccGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActg > 1:984347/1‑150 (MQ=38) gCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgct > 1:1754792/1‑150 (MQ=39) 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2:1381876/1‑150 (MQ=38) ccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAgg > 2:480466/1‑150 (MQ=255) ccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAgg < 2:856084/150‑1 (MQ=37) acTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCt > 1:2261971/1‑150 (MQ=255) cTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTa < 2:1222167/150‑1 (MQ=255) cGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGt < 1:480466/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtg > 1:1890822/1‑150 (MQ=255) cAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 1:732177/150‑1 (MQ=38) cAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 1:2215152/150‑1 (MQ=255) gTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGGACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTCTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 2:322784/148‑1 (MQ=255) gTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGGACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTCTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt > 1:322784/1‑148 (MQ=255) 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aTGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGGTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTAAGTTTTGGTAGAAAGAGCAACg > 1:288388/1‑150 (MQ=11) aTTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTTAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGaa > 1:1362690/1‑150 (MQ=25) tC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGt > 2:2291487/1‑143 (MQ=18) tC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGt < 1:2291487/143‑1 (MQ=18) aGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAAtttt > 2:1825560/1‑150 (MQ=17) gCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGTTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTc < 1:441801/150‑1 (MQ=14) gCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAg < 2:2012849/105‑1 (MQ=14) gCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAg > 1:2012849/1‑105 (MQ=14) gCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTc > 1:485581/1‑150 (MQ=31) cTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGGCTGAACACCCGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCg < 2:1883539/150‑1 (MQ=11) cTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCg < 1:476586/150‑1 (MQ=11) | GGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTC‑AGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGT‑‑GATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTCG > NC_002947/699579‑699808 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |