| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 69,705 | C→T | 5.1% | V48M (GTG→ATG) | gmhB ← | D‑glycero‑beta‑D‑manno‑heptose‑1,7‑bisphosphate 7‑phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 69,705 | 0 | C | T | 5.1% | 388.3 / 6.8 | 128 | V48M (GTG→ATG) | gmhB | D‑glycero‑beta‑D‑manno‑heptose‑1,7‑bisphosphate 7‑phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/61); new base T (3/4); total (62/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GCACCCTTCGTCCGGCCCATGCGGGCAATACACGATATGGCCCACCTCACCGCCCTGCTCGGCCACCAGCGCGCGCAGGCGCGCATGCATGGCCTCAAGGGTTGCCAGCGGATAGTAGCCACGGGCAATGCCGGACTGGTTGGTGGCCACGGCCACCGTCCAGCCCGCCTTGCTCAACTGCGC‑GATCGCATCGACCGAACCGGGGATCGGCACCCATTCTTCCAGCGTCTTGATGTACGCATCGGAGTCGTAGTTGATCACCCCGTCACGGTCGAGAATCAGCAGTTTCAAGGCTTAC > NC_002947/69556‑69853 | cACCCTTCGTCCGGCCCATGCGGGCAATACACGATATGGCCCACCTCACCGCCCTGCTCGGCCACCAGCGCGCGCAGGCGCGCATGCATGGCCTCAAGGGTTGCCAGCGGATAGTAGCCACGGGCAATGCCGGACTGGTTGGTggccacg < 1:282027/150‑1 (MQ=255) ccTTCGTCCGGCCCATGCGGGCAATACACGATATGGCCCACCTCACCGCCCTGCTCGGCCACCAGTGCGCGCAGGCGCGCATGCATGGCCTCAAGGGTTGCCAGCGGATAGTAGCCACGGGCAATGCCGGACTGGTTGGTggccacggcc > 2:1737247/1‑150 (MQ=255) ccTTCGTCCGGCCCATGCGGGCAATACACGATATGGCCCACCTCACCGCCCTGCTCGGCCACCAGCGCGCGCAGGCGCGCATGCATGGCCTCAAGGGTTGCCAGCGGATAGTAGCCACGGGCAATGCCGGACTGGTTGGTggccacggcc > 2:2097123/1‑150 (MQ=255) ccTTCGTCCGGCCCATGCGGGCAATACACGATATGGCCCACCTCACCGCCCTGCTCGGCCACCAGCGCGCGCAGGCGCGCATGCATGGCCTCAAGGGTTGCCAGCGGATAGTAGCCACGGGCAATGCCGGACTGGTTGGTggccacggcc > 1:1831440/1‑150 (MQ=255) ttCGTCCGGCCCATGCGGGCAATACACGATATGGCCCACCTCACCGCCCTGCTCGGCCACCAGCGCGCGCAGGCGCGCATGCATGGCCTCAAAGGTTGCCAGCGGATAGTAGCCACGGGCAATGCCGGACTGGTTGGTggccacggccac > 2:2130018/1‑150 (MQ=255) tggaccGGACCATTTGGGCAATACACGATAAGGCCCACCACGCCTACCTGCTCGTCCACCAGCCCGCGTAGGCACGCATGTCTGGCCTTAAGTGTCTCCAGCCAATAGTAGCCACGAGCAATGCCGGACTGGTTGGTGGCCACGGCCAcc < 2:303418/146‑1 (MQ=255) gTCCGGCCCATGCGGGCAATACACGATATGGCCCACCTCACCGCCCTGCTCGGCCACCAGCGCGCGCAGGCGCGCATGCATGGCCTCAAGGGTTGCCAGCGGATAGTAGCCACGGGCAATGCCGGACTGGTTGGTGGCCGTGGCCAccaa < 2:1319724/150‑3 (MQ=255) tCCGGCCCATGCGGGCAATACACGATATGGCCCACCTCACCGCCCTGCTCGGCCACCAGCGCGCGCAGGCGCGCATGCATGGCCTCAAGGGTTGCCAGCGGATAGTAGCCACGGGCAATGCCGGGCTGGACGGTGGCCGTGGCCAccaac < 2:1615663/150‑4 (MQ=255) 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cacggccacCGTCCAGCCCGCCTTGCTCAACTGCGC‑GATCACATCGACCGAACCGGGGATCGGCACCCATTCTTCCAGCGTCTTGATGTACGCATCGGAGTCGTAGTTGATCACCCCGTCACGGTCGAGAATCAGCAGTTTCaa > 2:789817/1‑144 (MQ=255) cacggccacCGTCCAGCCCGCCTTGCTCAACTGCGC‑GATCACATCGACCGAACCGGGGATCGGCACCCATTCTTCCAGCGTCTTGATGTACGCATCGGAGTCGTAGTTGATCACCCCGTCACGGTCGAGAATCAGCAGTTTCaa < 1:789817/144‑1 (MQ=255) | GCACCCTTCGTCCGGCCCATGCGGGCAATACACGATATGGCCCACCTCACCGCCCTGCTCGGCCACCAGCGCGCGCAGGCGCGCATGCATGGCCTCAAGGGTTGCCAGCGGATAGTAGCCACGGGCAATGCCGGACTGGTTGGTGGCCACGGCCACCGTCCAGCCCGCCTTGCTCAACTGCGC‑GATCGCATCGACCGAACCGGGGATCGGCACCCATTCTTCCAGCGTCTTGATGTACGCATCGGAGTCGTAGTTGATCACCCCGTCACGGTCGAGAATCAGCAGTTTCAAGGCTTAC > NC_002947/69556‑69853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |