Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 783,242 | T→C | 8.0% | D896G (GAC→GGC) | PP_0672 ← | sensory box protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 783,242 | 0 | T | C | 8.0% | 315.5 / 12.9 | 114 | D896G (GAC→GGC) | PP_0672 | sensory box protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/56); new base C (4/5); total (53/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.76e-01 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GGCCACGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAGGT > NC_002947/783094‑783386 | ggCCACGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTc < 2:657066/150‑1 (MQ=255) gCCACGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCg > 1:1135253/1‑150 (MQ=255) ccACGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCgc < 2:807075/150‑1 (MQ=255) aCGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCgccg > 2:608826/1‑150 (MQ=255) tGGATGGCGCGTTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCgccggcc > 2:228845/1‑150 (MQ=255) gATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGc > 1:1128230/1‑150 (MQ=255) aTGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAAGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCa < 2:398794/150‑1 (MQ=255) gcgcGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATgg > 1:2346516/1‑150 (MQ=255) 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ttCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAgg < 1:980834/150‑1 (MQ=255) gggCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCGGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGt > 2:935696/1‑150 (MQ=255) gCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCg < 1:1972862/150‑1 (MQ=255) ccATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCGTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGt < 1:1666920/150‑1 (MQ=255) cATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGtt > 1:1588046/1‑150 (MQ=255) 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2:1496959/1‑150 (MQ=255) gcgcGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCg < 1:608826/150‑1 (MQ=255) gTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCggtcga < 1:228845/150‑1 (MQ=255) ttGCAGCAACGGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCggtcgag < 1:1322417/150‑1 (MQ=255) gcaACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCggtcgaggtcga < 1:1042930/150‑1 (MQ=255) gcaACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCggtcgaggtcga > 2:1572589/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) agcagGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACgg < 1:1982113/150‑1 (MQ=255) gCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACGGTCGGTCCTGGAACAgt < 1:1289239/150‑1 (MQ=255) tGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGc < 1:935696/150‑1 (MQ=255) ctcggccATGCGGCCGGCGACCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCt > 1:2252931/7‑134 (MQ=255) ctcggccATGCGGCCGGCGACCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCt < 2:2252931/128‑1 (MQ=255) ctcggccATGCGGCCGGCGACCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTg > 2:536738/7‑135 (MQ=255) cTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGtt > 2:408934/1‑150 (MQ=255) ttGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTg < 2:1135253/150‑1 (MQ=255) aTGCGGCCGGCGACCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTg > 1:1460562/1‑114 (MQ=255) aTGCGGCCGGCGACCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTg < 2:1460562/114‑1 (MQ=255) aTGCGGCCGGCGACCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTg > 1:118584/1‑128 (MQ=255) tGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAGGt > 1:213138/1‑150 (MQ=255) tGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAGGt < 1:1457245/150‑1 (MQ=255) | GGCCACGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAGGT > NC_002947/783094‑783386 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |