| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 783,245 | C→G | 8.2% | G895A (GGC→GCC) | PP_0672 ← | sensory box protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 783,245 | 0 | C | G | 8.2% | 320.9 / 14.0 | 107 | G895A (GGC→GCC) | PP_0672 | sensory box protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/54); new base G (4/5); total (48/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CCACGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAGGTGGGTAAGG > NC_002947/783096‑783394 | ccACGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCgc < 2:807075/150‑1 (MQ=255) aCGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCgccg > 2:608826/1‑150 (MQ=255) tGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCTATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCgccggcc > 1:243383/1‑150 (MQ=255) 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cTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGtt > 2:408934/1‑150 (MQ=255) cTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCAACACCCAGGCCTTCt > 1:2221662/1‑95 (MQ=255) aTGCGGCCGGCGACCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTg < 2:1460562/114‑1 (MQ=255) aTGCGGCCGGCGACCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTg > 1:1460562/1‑114 (MQ=255) aTGCGGCCGGCGACCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTg < 2:118584/128‑1 (MQ=255) aTGCGGCCGGCGACCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTg > 1:118584/1‑128 (MQ=255) 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ccggccgCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAGGTGGGTAAgg < 1:2126146/150‑1 (MQ=255) | CCACGTGGATGGCGCGGTTCAGGGCCATTTCACGGGTGGGGCGCGGTTGCAGCAACAGGGTGAACTCGTCGCCGCCCATGCGTGCCACCGTGTCGTCGTCATCCACGCAGGCCAGCAGGCGCAGGGCCATGTCCTTGAGCATGCGGTCGCCGGCCGCATGGCCGAGGGAGTCGTTGATCGGTTTGAAGCGGTCGAGGTCGAGGAACATCAGCACCACCCAGGCCTTCTGCCGCTCGGCCTGCTGCAGGGCGTTGTACAAACGGTCCTGGAACAGTGTGCGGTTGGGCAGGTGGGTAAGG > NC_002947/783096‑783394 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |