| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 797,512 | G→A | 5.4% | intergenic (+33/‑44) | PP_0682 → / → PP_0683 | inner membrane protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 797,512 | 0 | G | A | 5.4% | 370.4 / 7.1 | 128 | intergenic (+33/‑44) | PP_0682/PP_0683 | inner membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (71/49); new base A (3/4); total (75/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TGGATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTCAAT > NC_002947/797367‑797660 | tGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCAt < 1:1182238/150‑1 (MQ=255) aGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCg > 2:2206715/1‑150 (MQ=255) gaTCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAAATAATGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTcc < 1:2132509/149‑1 (MQ=255) cATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGcccc > 2:328821/1‑147 (MQ=255) aTCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTccc > 1:2390556/1‑150 (MQ=255) tcCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCcaca > 2:795631/1‑150 (MQ=255) ccACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAg > 1:671000/1‑150 (MQ=255) cACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCGCGCTCCCACAGa > 1:1696609/1‑150 (MQ=255) cACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTcc > 2:2132534/1‑144 (MQ=255) cGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGcccc < 2:1503770/141‑1 (MQ=255) cGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGcccc > 1:1503770/1‑138 (MQ=255) ttACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGa > 1:1351907/1‑150 (MQ=255) tACCTGATGTGGTACGTGATCCT‑TACACTGCGCTTTTTCGTTTTGGCGTTCTGCATGTGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCACCTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAg < 2:2070569/150‑1 (MQ=255) tGATGTGGTACGTGATCGTCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTCAAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTc < 1:1316841/150‑1 (MQ=255) tGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTc > 1:1459953/1‑150 (MQ=255) gttcagttcatcCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGTGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACg > 2:1515626/8‑150 (MQ=255) aCGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGa < 2:1351907/150‑1 (MQ=255) aCGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGa < 1:677054/150‑1 (MQ=255) gTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGt > 1:1696167/1‑150 (MQ=255) gTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCCCAACTGACGAGt < 1:1173399/150‑1 (MQ=255) tGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTg < 1:795631/150‑1 (MQ=255) tcatcCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTgg < 1:835573/148‑1 (MQ=255) tcatcCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTgg > 2:835573/1‑148 (MQ=255) tcCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTgggg > 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a‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCAt > 1:1751373/1‑150 (MQ=255) cTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGACGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGccat > 2:2368963/1‑148 (MQ=255) ttCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTg > 1:779985/1‑150 (MQ=255) tCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTgc < 2:1696167/150‑1 (MQ=255) gTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCca > 2:2185402/1‑103 (MQ=255) gTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCca < 1:2185402/103‑1 (MQ=255) tGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCa > 1:1309814/1‑150 (MQ=255) tcGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGgggcgg < 2:678847/82‑1 (MQ=255) tcGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAAc < 1:785759/115‑1 (MQ=255) tcGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAAc > 2:785759/1‑115 (MQ=255) tcGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATtctc < 2:1545576/150‑1 (MQ=255) gTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTc < 1:2206715/150‑1 (MQ=255) 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ccAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCa > 1:310877/1‑139 (MQ=255) aGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCGTGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGctc < 2:1147355/150‑1 (MQ=255) gCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGTtctc > 1:382714/1‑150 (MQ=255) ccTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCa < 2:1935977/150‑1 (MQ=255) cTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCAt < 1:789737/150‑1 (MQ=255) aCTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGaa > 1:1071992/1‑150 (MQ=255) tGCAACGCCTGTGGCGGCGGGCATGCCCCCTCCCACAGATATCGAGGCCCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCACCGCGAGGTGCTCTCATGAAcc < 1:1518372/150‑1 (MQ=255) gCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGctc < 1:1508463/111‑1 (MQ=255) aCTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCa < 2:1983478/150‑1 (MQ=255) tCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATc > 2:2288090/1‑150 (MQ=255) ccTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCa < 2:2260014/150‑1 (MQ=255) tgtgGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGc > 1:17091/1‑150 (MQ=255) tgGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTc > 1:2031905/1‑150 (MQ=255) gggcgggcATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTgc > 2:1475457/1‑66 (MQ=255) gggcgggcATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTCAAt < 2:2395264/150‑1 (MQ=255) gggcgggcATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAAACCACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTCAAt < 1:633555/150‑1 (MQ=255) | TGGATGCGCAGAACATCTCCACCGATTACCTGATGTGGTACGTGATCATCCACA‑TGACCTTCGTGGTCTCGGCGTTCTGCATGGGCTACCTGGACAAGCTGACCAAGCACTGAGTCCCCCCAGGCCTCACTGCAACTCCTGTGGGGGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGATATCGAGGCTCAACTGACGAGTGGCGTCAGTCATGCCTTGCGCATTCTCCCTTCCTGTAC‑AAAAAATGAGCTCTCATGCGTGGTTCCCATCGCGAGGTGCTCTCATGAACCTGCATCAGCTCAAT > NC_002947/797367‑797660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |