| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 799,850 | A→T | 15.2% | L209Q (CTG→CAG) | ispB ← | octaprenyl diphosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 799,850 | 0 | A | T | 15.2% | 252.1 / 36.8 | 99 | L209Q (CTG→CAG) | ispB | octaprenyl diphosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/42); new base T (9/6); total (51/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.44e-01 | |||||||||||
CCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCATGTAGAC > NC_002947/799704‑799992 | ccTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCTGGTCGACGACCTGCt < 1:29669/150‑1 (MQ=255) cTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCCGGGGCGTCGCCGGTTTGCCCACGGCCAGATCGTCACCGACGATCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCCCCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTg > 2:371608/1‑150 (MQ=255) cTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTg < 2:979232/150‑1 (MQ=255) gCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGACCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGaa < 1:400468/150‑1 (MQ=255) cGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAg < 1:115009/150‑1 (MQ=255) gTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAgg < 1:1814076/150‑1 (MQ=255) gTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCAGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAgg > 2:2087298/1‑150 (MQ=255) taacAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGc > 1:2407444/4‑150 (MQ=255) cAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCAc > 1:1235700/1‑150 (MQ=255) tGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCCGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATgg > 1:1823240/1‑150 (MQ=255) cTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTc < 1:1866828/150‑1 (MQ=255) cTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTc < 1:677328/150‑1 (MQ=255) cTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTc < 2:2268544/150‑1 (MQ=255) cGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGc < 1:249215/150‑1 (MQ=255) cGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGc < 1:1809039/150‑1 (MQ=255) gTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAg < 1:652753/150‑1 (MQ=255) gTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAg > 1:918771/1‑150 (MQ=255) gCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGt < 1:850395/150‑1 (MQ=255) cTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTAc > 1:1385788/1‑150 (MQ=255) gcgcATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAgg < 2:1911957/119‑1 (MQ=255) gcgcATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAgg > 1:1911957/1‑119 (MQ=255) ggTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCCCCCGTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTc < 2:1994794/150‑1 (MQ=255) gtAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAggg < 2:587331/143‑1 (MQ=255) gtAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAggg > 1:587331/1‑143 (MQ=255) tAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑gcgc < 2:843419/150‑1 (MQ=255) gATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATg > 2:1207417/1‑120 (MQ=255) gATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATg < 1:1207417/120‑1 (MQ=255) tCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCgctgct > 1:1630442/1‑150 (MQ=255) gCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCgg > 2:1885247/1‑150 (MQ=255) aGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTg < 2:1823240/150‑1 (MQ=255) ggTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAgg < 2:888545/95‑1 (MQ=255) ggTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAgg > 1:888545/1‑95 (MQ=255) tttGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGc > 1:1240017/1‑150 (MQ=255) ccTCGGCCAGGTCGTCAGCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAgcg > 2:1238434/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGTTACGCAGTTCGTG‑‑TCGCTGCT‑CGTCGGTGGACCGGGCCCgcgc > 2:1600704/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAgcgc > 2:1371620/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTACCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAgcgc > 1:2275442/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAg < 2:1887328/105‑1 (MQ=255) tCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAg > 1:1887328/1‑105 (MQ=255) ccAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCgcag > 1:2196610/1‑150 (MQ=255) cgtcACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACtg‑t < 1:1885247/150‑1 (MQ=255) gtcACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACtg‑tg > 2:1112894/1‑150 (MQ=255) gtcACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACtg‑tg > 1:794225/1‑150 (MQ=255) tcACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑Tgg < 2:794225/150‑1 (MQ=255) aCCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCAATG‑TGGGt > 2:904781/1‑150 (MQ=255) cGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACtg‑t > 1:1032964/1‑144 (MQ=255) cGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACtg‑t < 2:1032964/144‑1 (MQ=255) cGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAg > 1:1146734/1‑150 (MQ=255) cGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAg > 1:2306309/1‑150 (MQ=255) gACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGa > 2:793527/1‑150 (MQ=255) cTTGCTCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGGCCCTAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTc < 1:162741/150‑1 (MQ=255) cTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTc < 2:1385788/150‑1 (MQ=255) 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gTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCtt > 2:1156272/1‑141 (MQ=255) gTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAAt < 2:2196610/150‑1 (MQ=255) cttCCAGCTGGTCGACGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGa > 1:1907513/3‑150 (MQ=255) cttCCAGCTGGTCGACGACCTGCTGGAAGGACACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGa > 1:1635436/3‑150 (MQ=255) aGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGa < 2:1630442/150‑1 (MQ=255) tCCAGCTGGTCGACGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑Tgg < 2:215827/108‑1 (MQ=255) tCCAGCTGGTCGACGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑Tgg > 1:215827/1‑108 (MQ=255) cagctgGTCGACGACCTGCTGGACGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTgg > 2:336269/1‑85 (MQ=38) cagctgGTCGACGACCTGCTGGACGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTgg < 1:336269/85‑1 (MQ=38) cagctgGTCGACGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATg > 1:1674396/1‑145 (MQ=255) cagctgGTCGACGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATg < 2:1674396/145‑1 (MQ=255) cagctgGTCGACGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTc > 1:1668847/1‑150 (MQ=255) cagcagGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGTATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTc < 2:1146734/150‑1 (MQ=255) cagcagGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTc > 2:1752577/1‑150 (MQ=255) agctggTCGACGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGAcc < 1:225295/143‑1 (MQ=255) agctgGTCGACGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGAcc > 2:225295/1‑147 (MQ=255) agctgGTCGACGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTcc > 2:2373106/1‑150 (MQ=255) agcagGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTc < 2:2348989/116‑1 (MQ=255) agcagGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCATGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTc > 1:2348989/1‑116 (MQ=255) tggTCGACGACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCATg < 1:2373106/149‑1 (MQ=255) gtcgtcGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCATGTa < 1:1371620/150‑1 (MQ=255) gacgACCTGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCATGTAGAc > 1:1690624/3‑150 (MQ=255) ccAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGaa > 2:789809/1‑98 (MQ=255) ccAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGaa < 1:789809/98‑1 (MQ=255) | CCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTC‑‑GCGCTGCT‑CGTCGGTGGCCTGGGCCAGCGCCGCAGCACTG‑TGGGTAGAAGCTTCGAACAGCATCGCCGTCTTGCCGCGAATGACCTCCATGTAGAC > NC_002947/799704‑799992 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |