| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 806,331 | G→A | 6.2% | L334L (CTC→CTT) | PP_0693 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 806,331 | 0 | G | A | 6.2% | 288.7 / 7.0 | 97 | L334L (CTC→CTT) | PP_0693 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/49); new base A (3/3); total (45/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
CCAGGTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCGGACTGGATGACCAGCTCTTCCTTGCG > NC_002947/806183‑806480 | ccAGGTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCCGCTCGTAAAATTCGTCTTTGGTCGTTATCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGa < 1:1498647/150‑1 (MQ=255)ccAGGTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGa < 2:1144325/150‑1 (MQ=255)ccAGGTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGa < 1:2168591/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGc > 1:1633990/1‑150 (MQ=255) gTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCAc > 1:1866795/1‑150 (MQ=255) gTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCAc < 1:1421542/150‑1 (MQ=255) tCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGTCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCAcc < 1:2105231/150‑1 (MQ=255) tCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCAcc > 1:1762172/1‑150 (MQ=255) gcgTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGa > 2:2181910/1‑150 (MQ=255) gcgTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGa < 1:437761/150‑1 (MQ=255) gTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACa < 2:1633990/150‑1 (MQ=255) tACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAg > 1:575352/1‑150 (MQ=255) tcgtcgAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCAcc < 2:2365083/138‑1 (MQ=255) tcgtcgAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCAcc > 1:2365083/1‑138 (MQ=255) gtcgAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAg > 1:1688291/1‑150 (MQ=255) tcgAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGc < 2:1742407/150‑1 (MQ=255) cTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCt < 2:1086354/150‑1 (MQ=255) ttCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTg > 2:799864/1‑150 (MQ=255) ttCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTg < 1:283528/150‑1 (MQ=255) ttCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTg < 1:1633342/150‑1 (MQ=255) ttCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCACCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTCAAGCACCgct > 1:1195237/1‑128 (MQ=255) ttCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCACCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTCAAGCACCgct < 2:1195237/130‑3 (MQ=255) ttCGGCACTGAACTGCCGTGACTGCTCCAGCGCGCCGGCCAGCTCCTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCTAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGTTTGCCTAGCCAGCGCTg < 2:728787/150‑1 (MQ=255) cGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTTGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGGTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGa < 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cAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCCGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTGATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCACCTCCTg > 1:454933/1‑150 (MQ=255) cAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTg > 2:38522/1‑150 (MQ=255) cAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTg > 1:1751166/1‑150 (MQ=255) aGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCTTgg > 1:545888/1‑150 (MQ=255) aGCTCGTCGTGGGCACCTTTTGCCGCCAGAATTTCCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCCGCCCATGCAGTTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTgg < 1:1022416/150‑1 (MQ=255) cTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGt < 1:1934780/150‑1 (MQ=255) cgtGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCCATCGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTgccgc < 2:1171559/150‑1 (MQ=255) gtGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTgg > 2:1592468/1‑142 (MQ=255) gtGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTgg < 1:1592468/142‑1 (MQ=255) ggCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGAAAACTTTCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACg > 1:1354706/1‑150 (MQ=255) gTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGgcgc > 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1:110405/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGATCCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCGGACTGGa < 1:1045301/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCAGAAACGCCAGCAATACGGCACGCTTACCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCGGACTGGa > 1:541005/1‑150 (MQ=255) cAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTa < 2:391542/135‑1 (MQ=255) cAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTa > 1:391542/1‑135 (MQ=255) gcgcAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCGGACTGGATGa > 2:1875478/1‑150 (MQ=255) 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gAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCGGACTGGATGACCAGCTCTTCCTTgcg > 2:1782365/1‑150 (MQ=255) | CCAGGTCGCGTACGCGCTCGTCGAGGTCTTCGGCACTGAACTGCCGTGACTGGGCCAGCGCGCCGGCCAGCTCGTCGTGGGCGTCTTTGGCCGCCAGCAGTTGCTGCTCCAGTACCTTGACGTCATCGACCAGCGCAAAGCGGTGCTTGAGCACCGACAGCTCGCCTAGCCAGCGCTGGATACCGGTAATTTCACGCTCCAGGCGCATCAGCTCCTGGGTGCCGCCACGCTGGTCGTTCTGCAGGCGGTCCTGCTCGCCACGGTAGTGCTCGGACTGGATGACCAGCTCTTCCTTGCG > NC_002947/806183‑806480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |