| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 853,766 | T→C | 9.1% | R62R (CGT→CGC) ‡ | prmC → | release factor‑(glutamine‑N5) methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 853,766 | 0 | T | C | 9.1% | 328.5 / 18.2 | 121 | R62R (CGT→CGC) ‡ | prmC | release factor‑(glutamine‑N5) methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/60); new base C (7/4); total (57/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TTGCCTGAATCGCCCACTGAGCGCCTGGATGCCGAACTGCTGCTGGCTGCGGCCATCGGTAAATCGCGCAGCTACCTGCATACCTGGCCCGAGCGTATTGTCAGCAGCGAAGATGCCGAGACCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGCAACCCGCTTCGCCCGCCAAG > NC_002947/853617‑853913 | ttGCCTGAATCGCCCACTGAGCGCCTGGATGCCGAACTGCTACTGGCTGCGGCCATCGGTAAATCGCGCAGCTACCTGCATACCTGGCCCGAGCGTATTGTCAGCAGCGAAGATGCCGAGACCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGt < 2:1257070/150‑1 (MQ=255) gCCTGAATCGCCCACTGAGCGCCTGGATGCCGAAATGCTGCTAGTTGCCCGCACCTGGATATCGCGCAGCTCCATGCATACCTGGCCCGAGCGTATTGTCAGCAGCGAAGATGCCGAGACCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTgg < 1:1143045/150‑1 (MQ=255) cTGAATCGCCCACTGAGCGCCTGGATGCCGAACTGCTGCTGGCTGCGGCCATCGGTAAATCGCGCAGCTACCTGCATACCTGGCCCGAGCGTATTGTCAGCAGCGAAGATGCCGAGACCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTggcg > 2:803259/1‑150 (MQ=255) 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tactggctgCGGCCATCGGTAAATCGCGCAGCTACCTGCATACCTGGCCCGAGCGTATTGTCAGCAGCGAAGATGCCGAGACCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGt < 1:1440294/108‑1 (MQ=255) tactggctgCGGCCATCGGTAAATCGCGCAGCTACCTGCATACCTGGCCCGAGCGTATTGTCAGCAGCGAAGATGCCGAGACCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGt > 2:1440294/3‑110 (MQ=255) ctggctgCGGCCATCGGTAAATCGCGCAGCTACCTGCATACCTGGCCCGAGCGTATTGTCAGCAGCGAAGATGCCGAGACCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTc > 2:228312/1‑150 (MQ=255) ggctgCGGCCATCGGTAAATCGCGCAGCTACCTGCATACCTGGCCCGAGCGTATTGTCAGCAGCGAAGATGCCGAGACCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTg < 1:1115615/150‑1 (MQ=255) gCCATCGGTAAATCGCGCAGCTACCTGCATACCTGGCCCGAGCGTATTGTCAGCAGCGAAGATGCCGAGACCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTc < 1:1747131/141‑1 (MQ=255) gCCATCGGTAAATCGCGCAGCTACCTGCATACCTGGCCCGAGCGTATTGTCAGCAGCGAAGATGCCGAGACCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTc > 2:1747131/1‑141 (MQ=255) 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gagaCCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATcc > 1:1884034/1‑115 (MQ=255) gaCCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCt < 2:2026711/150‑1 (MQ=255) cTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTACAGGGCTTCTGGCATATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGa > 1:808021/1‑150 (MQ=255) tATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCtt > 1:1378510/1‑147 (MQ=255) tATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCtt < 2:1378510/147‑1 (MQ=255) tGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACt < 1:98246/150‑1 (MQ=255) ccGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGc > 2:926560/1‑150 (MQ=255) cGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGAcc < 2:451217/77‑1 (MQ=255) ggCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGCaa < 2:892560/150‑1 (MQ=255) gCTACCGGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGCAAc < 1:380308/150‑1 (MQ=255) ccTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGcgcc > 1:712253/1‑84 (MQ=255) ccTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGcgcc < 2:712253/84‑1 (MQ=255) actggctcgccgcCACGGTGGCGCTTCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCTACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGCAACCCGc > 1:109515/8‑150 (MQ=255) tGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGCAACCCGCtt > 2:510189/1‑150 (MQ=255) gAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGCAACCCGCTTc > 2:1511908/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGCAACCCGCTTcgc < 1:926560/150‑1 (MQ=255) tcgccgcCACGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAg > 1:1367210/2‑109 (MQ=255) tcgccgcCACGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAg < 2:1367210/108‑1 (MQ=255) tcgccgcCACGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGCAACCCGCTTcgcc > 1:1713525/2‑150 (MQ=255) tcgccgcCACGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGCAACCCGCTTcgcc > 1:1390557/2‑150 (MQ=255) gcgcCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCtt < 1:383189/130‑1 (MQ=255) cgTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGCAACCCGCTTCGCCCGCCAAg < 1:691124/150‑1 (MQ=255) | TTGCCTGAATCGCCCACTGAGCGCCTGGATGCCGAACTGCTGCTGGCTGCGGCCATCGGTAAATCGCGCAGCTACCTGCATACCTGGCCCGAGCGTATTGTCAGCAGCGAAGATGCCGAGACCTATGCCGGCTACCTGAAGCGCCGCCGTGGCGGCGAGCCAGTGGCCTATATCCTTGGGCTGCAGGGCTTCTGGAAGATCGACCTGGAGGTCGCGCCGCATACCCTGATCCCGCGGCCGGATACCGAGCTGCTGGTCGAGACGGCGCTTGAACTGCAACCCGCTTCGCCCGCCAAG > NC_002947/853617‑853913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |