| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 87,956 | G→C | 5.2% | R454R (CGC→CGG) | betC ← | choline‑sulfatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 87,956 | 0 | G | C | 5.2% | 438.3 / 9.5 | 135 | R454R (CGC→CGG) | betC | choline‑sulfatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (69/59); new base C (2/5); total (71/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
AGGGGGGCGGGCTGTGGATAACGTGCCTTGCGTTCGAGGTCATCGAGATCGATGTGGTTGCGCATGTACTGTTGGCTGGCGTCCACCAGTGGTTGGTGGTCCCAGCTTTTCAGCTTGCCGATGGCCAGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCGGGTCGCGGCTCAGGTCATA > NC_002947/87807‑88102 | aGGGGGGCGGGCTGTGGATAACGTGCCTTGCGTTCGAGGTCATCGAGATCGATGTGGTTGCGCATGTACTGTTGGCTGGCGTCCACCAGTGGTTGGTGGTCCCAGCTTTTCAGCTTGCCGATGGCCAGCGCTTCGGCCACCAGCcggcgg > 1:323286/1‑150 (MQ=255) gcgggcTGTGGATAACGTGCCTTGCGTTCGAGGTCATCGAGATCGATGTGGTTGCGCATGTACTGTTGGCTCGCGCCCACCAGTGGTTGGTGGTCCCAGCTTTTCAGCTTGCCGATGGCCAGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGgcgc < 1:772504/150‑1 (MQ=255) gcTGTGGATAACGTGCCTTGCGTTCGAGGTCATCGAGATCGATGTGGTTGCGCATGTACTGTTGGCTGGCGTCCACCAGTGGTTGGTGGTCCCAGCTTTTCAGCTTGCCGATGGCCAGCGCTTCGGCCACCAGCCAGCGCCGCCgccggc < 1:322498/150‑1 (MQ=255) 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gATAACGTGCCTTGCGTTCGAGGTCATCGAGATCGATGTGGTTGCGCATGTACTGTTGGCTGGCGTCCACCAGTGGTTGGTGGTCCCAGCTTTTCAGCTTGCCGATGGCCAGCGCTTCGGCCACCAGCCAGCGCCGCCGccggctggtgg < 1:1484592/150‑4 (MQ=255) gATAACGTGCCTTGCGTTCGAGGTCATCGAGATCGATGTGGTTGCGCATGTACTGTTGGCTGGCGTCCACCAGCGCAAGCAATTCCAAGCGTTTCAGCTTGCTGATGGACAGCGCCTCGGCAACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCa > 1:2223124/1‑150 (MQ=255) aCGTGCCTTGCGTTCGAGGTCATCGAGATCGATGTGGTTGCGCATGTACTGTTGGCTGGCGTCCACCAGTGGTTGGTGGTCCCAGCTTTTCAGCTTGCCGATGGCCAGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTAc < 2:2173160/150‑1 (MQ=255) aCGTGCCTTGCGTTCGAGGTCATCGAGATCGATGTGGTTGCGCATGTACTGTTGGCTGGCGTCCACCAGTGGTTGGTGGTCCCAGCTTTTCAGCTTGCCGATGGCCAGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTAc < 2:1002896/150‑1 (MQ=255) gCCTTGCGTTCGAGGTCATCGAGATCGATGTGGTTGCGCATGTACTGTTGGCTGGCGTCCACCAGTGGTTGGTGGTCCCAGCTTTTCAGCTTGCCGATGGCCAGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACctgc > 1:439481/1‑150 (MQ=255) 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gCCAGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCAt < 2:2014497/91‑1 (MQ=255) gCCAGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCAt > 1:2014497/1‑91 (MQ=255) ccAGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGt > 2:556605/1‑64 (MQ=255) ccAGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGt < 1:556605/64‑1 (MQ=255) cAGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTg > 2:1312461/1‑150 (MQ=255) aGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGc < 2:854647/150‑1 (MQ=255) gcgcTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCg < 1:822772/150‑1 (MQ=255) gcgcTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCg < 1:718945/150‑1 (MQ=255) cgcTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCgg < 1:1312461/150‑1 (MQ=255) cTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCgggg > 1:1845307/1‑149 (MQ=255) cTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCGGGt < 1:966035/150‑1 (MQ=255) ttCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCtggtg > 1:534864/1‑111 (MQ=255) ttCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCtggtg < 2:534864/111‑1 (MQ=255) ttCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCGGGtt > 2:1331443/1‑149 (MQ=255) cGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCCGGCcgc < 2:602509/150‑1 (MQ=255) ggCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCgggagaac < 1:360045/150‑6 (MQ=255) ggCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCGGGTcgcg > 1:1864199/1‑150 (MQ=255) caGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGa < 2:563274/119‑1 (MQ=255) cggcggcggCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCGGGTCGCGGCTCAGGTCa < 2:439481/150‑1 (MQ=255) gcggcggcgCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTcc > 1:1947099/1‑100 (MQ=255) gcggcggcgCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCTTGCGGGTCGCGGCTCAGGTCTTa < 2:1299074/150‑1 (MQ=255) gcggcggcgCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCGGGTCGCGGCTCAGGTCATa < 1:866366/150‑1 (MQ=255) gcggcggcgCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCGGGTCGCGGCTCAGGTCATa < 2:1473262/150‑1 (MQ=255) gcggcggcgCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCGGGTCGCGGCTCAGGTCATa > 2:1706991/1‑150 (MQ=255) | AGGGGGGCGGGCTGTGGATAACGTGCCTTGCGTTCGAGGTCATCGAGATCGATGTGGTTGCGCATGTACTGTTGGCTGGCGTCCACCAGTGGTTGGTGGTCCCAGCTTTTCAGCTTGCCGATGGCCAGCGCTTCGGCCACCAGCCGGCGGCGGCGCTGGCTGGCCAGTACCTGCTGGCGCAGGCTGGTGATGTCCCAGCGCTGTTGCGCTTCATCGACAAATGCCTGCAGCAGCACCTGGTGGTCCGGGCTGCCGGTGAGGTTCTCCCGCTCGTGCGGGTCGCGGCTCAGGTCATA > NC_002947/87807‑88102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |