| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 876,018 | G→C | 9.4% | noncoding (105/142 nt) | PP_mr65 ← | YybP‑YkoY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 876,018 | 0 | G | C | 9.4% | 352.7 / 24.7 | 117 | noncoding (105/142 nt) | PP_mr65 | YybP‑YkoY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/55); new base C (6/5); total (57/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GGACCAACAGTGATTCCAGCATCAGGATTCCTACGGGGGCGGGTCGACACGGCTATGACACGTACAGCCTCCCCGCCCCGGGTAAGGTGTGCGTGTCATAGGTCTTGTCAAACCCTCGATCCGTCTATGCGGATCTCTCCATGCAGGCGTGCATGGTGGGTCGCACGCGCCATGGTCTGTGGACCAAGTATGTTGACGCGTACCGGGCGAGCTGGGTGCTCGCGGGAGACTACTCCCCTAGGACGGTGCGGATTCTGCCTAGGCAAAACGTTTTCGGCAAGCGCTGTTTTTTAT > NC_002947/875873‑876166 | ggACCAACAGTGATTCCAGCATCAGGATTCCTACGGGGGCGGGTCGACACGGCTATGACACGTACAGCCTCCCCGAAAGAAAAACGGTGTGCGTGTCATAGGTCTTGTCAAACCCTCGATCCGTCTATGCGGATCTCTCCATGCAGGCGt > 1:1621607/1‑150 (MQ=255) aCCAACAGTGATTCCAGCATCAGGATTCCTACGGGGGCGGGTCGACACGGCTATGACACGTACAGCCTCCCCGCCCCGGGTAAGGTGTGCGTGTCATAGGTCTTGTCAAACCCTCGATCCGTCTATGCGGATCTCTCCATGCAGGCGTGc < 2:2137537/150‑1 (MQ=255) ccAACAGTGATTCCAGCATCAGGATTCCTACGGGGGCGGGTCGACACGGCTATGACACGTACAGCCTCCCCGCCCCGGGTAAGGTGTGCGTGTCATAGGTCTTGTCAAACCCTCGATCCGTCTATGCGGATCTCTCCATGCAGGCGTGCa < 2:2088416/150‑1 (MQ=255) ccAACAGTGATTCCAGCATCAGGATTCCTACGGGGGCGGGTCGACACGGCTATGACACGTACAGCCTCCCCGCCCCGGGTAAGGTGTGCGTGTCATAGGTCTTGTCAAACCCTCGATCCGTCTATGCGGATCTCTCCATGCAGGCGTGCa < 2:834887/150‑1 (MQ=255) aCAGTGATTCCAGCATCAGGATTCCTACGGGGGCGGGTCGACACGGCTATGACACGTACAGCCTCCCCGCCCCGGGTAAGGTGTGCGTGTCATAGGTCTTGTCAAACCCTCGATCCGTCTATGCGGATCTCTCCATGCAGGCGTGCAtgg > 2:87056/1‑150 (MQ=255) cAGTGATTCCAGCATCAGGATTCCTACGGGGGCGGGCGGGTATTGCTATGACACGTACAGCCTCCCCGCCCCGGGTAAGGTGTGCGTGTCATAGGTCTTGTCAAACCCTCGATCCGTCTATGCGGATCTCTCCATGCAGGCGTGCAtggt < 1:634975/150‑1 (MQ=255) aGTGATTCCAGCATCAGGATTCCTACGGGGGCGGGTCGACACGGCTATGACACGTACAGCCTCCCCGCCCCGGGTAAGGTGTGCGTGTCATAGGTCTTGTCAAACCCTATAATCATCTATGCGGATCTCACCATGCACGCCTGCAtggag > 1:1932871/1‑148 (MQ=255) gTGATTCCAGCATCAGGATTCCTACGGGGGCGGGTCGACACGGCTATGACACGTACAGCCTCCCCGCCCCGGGTAAGGTGTGCGTGTCATAGGTCTTGTCAAACCCTCGATCCGTCTATGCGGATCTCTCCATGCAGGCGTGCAtggtgg > 2:1894637/1‑150 (MQ=255) 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NC_002947/875873‑876166 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |