| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 944,829 | A→T | 6.9% | S266T (TCG→ACG) | PP_0806 ← | surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 944,829 | 0 | A | T | 6.9% | 344.2 / 11.8 | 112 | S266T (TCG→ACG) | PP_0806 | surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/62); new base T (3/5); total (45/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CGAGATATTGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGGTTT > NC_002947/944680‑944977 | cGAGATATTGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGa > 1:387993/1‑150 (MQ=255) tatTGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCgg < 1:2239355/150‑1 (MQ=255) ttGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCGGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGc > 2:366528/1‑150 (MQ=255) ttGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGc > 2:1017639/1‑150 (MQ=255) ccAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCg < 2:387993/150‑1 (MQ=255) ccGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCAc < 1:1017639/150‑1 (MQ=255) cgcgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCCGGCTCgacggt < 1:713598/150‑6 (MQ=255) gcgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGa < 1:380877/150‑1 (MQ=255) cgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGTGCCGAGCCCGGcttaaa < 1:2269075/150‑6 (MQ=255) cgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGTGCCGAGCCCGGCTCGAc < 2:1734355/150‑1 (MQ=255) gTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTGGGCACGAcc > 1:155490/1‑150 (MQ=255) gTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGAc < 2:2290266/149‑1 (MQ=255) gTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGAc > 1:2290266/1‑149 (MQ=255) gTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCAACGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGTGCCGAGCCCGGCTCGAcg < 2:203879/150‑2 (MQ=255) tGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGt > 2:1038534/1‑150 (MQ=255) cggcgCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTaa < 2:1681343/150‑1 (MQ=255) gcgcTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAgg < 2:681752/150‑1 (MQ=255) gcTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGgt < 2:1867787/150‑1 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGGTCGTGCCGAGCCCGGCTCGAcg < 1:172887/135‑2 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGGTCGTGCCGAGCCCGGCTCGAcg > 2:172887/1‑134 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGTGCCGAGCCCGGCTCGAc < 1:1573663/133‑1 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAccc < 2:1912199/150‑1 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAccc > 2:2278148/1‑150 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTAGAGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCAACGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACTACCGGTAAGGGTGTTAccc > 1:2247064/1‑150 (MQ=255) cAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTg < 1:1673035/150‑1 (MQ=255) aGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGc < 2:1695021/150‑1 (MQ=255) gggCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAcc > 2:923979/1‑145 (MQ=255) gggCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAcc < 1:923979/145‑1 (MQ=255) gggCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGGCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCt > 2:400655/1‑147 (MQ=255) ccTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCAt < 1:1804388/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCAtt > 1:2255693/1‑150 (MQ=255) cTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTAAtg < 1:1667517/150‑2 (MQ=255) tGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTg > 2:281443/1‑150 (MQ=255) gCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGAt < 1:2278148/150‑1 (MQ=255) ccGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATa < 1:281443/150‑1 (MQ=255) ccGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATa < 1:2337121/150‑1 (MQ=255) ccGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATa < 1:415938/150‑1 (MQ=255) ccGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAACGGTGTTACCCTGCTCATTGATa < 2:825568/150‑1 (MQ=255) tCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGcc > 1:2369503/1‑150 (MQ=255) cGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCa < 2:1494815/150‑1 (MQ=255) tttGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAggt < 1:174969/150‑1 (MQ=255) tgGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAggtcggt > 2:82267/1‑150 (MQ=255) ggCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAggtcggtc < 2:1473946/150‑1 (MQ=255) ggTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCCCGCCTCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGgc < 1:1233309/150‑1 (MQ=255) ggTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGgc < 2:189460/150‑1 (MQ=255) aGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgt > 2:797318/1‑150 (MQ=255) gggTAATGCTGAACTGGCCGTCCCCACCGGCCACCGCAGTGCCCACCAATACGCCCTCTCCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCGGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgtg < 2:2247064/150‑1 (MQ=255) ggTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgtgg > 1:482330/1‑150 (MQ=255) tAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgtggtg > 1:1048513/1‑150 (MQ=255) aTGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCa < 2:2255693/150‑1 (MQ=255) gCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgtg < 2:562926/143‑1 (MQ=255) gCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgtg > 1:562926/1‑143 (MQ=255) gCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGt > 1:1603685/1‑150 (MQ=255) cTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCa > 1:1943361/1‑114 (MQ=255) cTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCa < 2:1943361/114‑1 (MQ=255) 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aCCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGc < 1:1507723/129‑1 (MQ=255) aCCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGc < 1:1507518/129‑1 (MQ=255) aCCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGgt > 2:1318642/1‑77 (MQ=255) aCCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGgt < 1:1318642/77‑1 (MQ=255) aCCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAggt < 2:214520/103‑1 (MQ=255) gTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGcc < 1:1212817/150‑1 (MQ=255) gCCCAACAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCga < 1:963859/150‑1 (MQ=255) ccAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGt < 1:2116127/130‑1 (MQ=255) ccAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCgaga < 1:998443/150‑1 (MQ=255) cAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGa < 2:397600/131‑1 (MQ=255) cAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGa > 1:397600/1‑131 (MQ=255) aGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCa < 1:1060387/88‑1 (MQ=255) aGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCa > 2:1060387/1‑88 (MQ=255) aGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGgcgc < 1:2230362/101‑1 (MQ=255) aGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGgcgc > 2:2230362/1‑101 (MQ=255) aaTACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTa < 2:1641567/150‑1 (MQ=255) aCGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGAc > 1:700421/1‑143 (MQ=255) aCGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGAc < 2:700421/143‑1 (MQ=255) gCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACcggc > 1:1713034/1‑150 (MQ=255) ccACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGgc < 2:1199491/90‑1 (MQ=255) ccACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGgc > 1:1199491/1‑90 (MQ=255) aCCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCggcggc < 1:797318/150‑1 (MQ=255) tGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCgtc < 2:129643/150‑1 (MQ=255) gcCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCa < 2:2364540/109‑1 (MQ=255) gcCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCa > 1:2364540/1‑109 (MQ=255) 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c‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAg < 1:82267/150‑1 (MQ=255) gAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGGttt > 1:1055282/1‑150 (MQ=255) gAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGGttt > 2:932653/1‑150 (MQ=255) | CGAGATATTGCCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGGTTT > NC_002947/944680‑944977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |