| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 944,837 | T→C | 7.8% | E263G (GAG→GGG) | PP_0806 ← | surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 944,837 | 0 | T | C | 7.8% | 328.3 / 11.6 | 112 | E263G (GAG→GGG) | PP_0806 | surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/62); new base C (3/6); total (44/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGGTTTTCGCTGTTG > NC_002947/944690‑944986 | ccAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCg < 2:387993/150‑1 (MQ=255) ccGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCAc < 1:1017639/150‑1 (MQ=255) cgcgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCCGGCTCgacggt < 1:713598/150‑6 (MQ=255) gcgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGa < 1:380877/150‑1 (MQ=255) cgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGTGCCGAGCCCGGcttaaa < 1:2269075/150‑6 (MQ=255) cgTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGTGCCGAGCCCGGCTCGAc < 2:1734355/150‑1 (MQ=255) gTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTGGGCACGAcc > 1:155490/1‑150 (MQ=255) gTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGAc < 2:2290266/149‑1 (MQ=255) tGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGt > 2:1038534/1‑150 (MQ=255) cggcgCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTaa < 2:1681343/150‑1 (MQ=255) gcgcTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAgg < 2:681752/150‑1 (MQ=255) gcTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGgt < 2:1867787/150‑1 (MQ=255) tGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGgtgt > 1:825568/1‑150 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACCGGTCGTGCCGAGCCCGGCTCGAcg < 1:172887/135‑2 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGTGCCGAGCCCGGCTCGAc > 2:1573663/1‑133 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGTGCCGAGCCCGGCTCGAc < 1:1573663/133‑1 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAccc > 2:2278148/1‑150 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAccc < 2:1912199/150‑1 (MQ=255) tcCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTAGAGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCAACGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACTACCGGTAAGGGTGTTAccc > 1:2247064/1‑150 (MQ=255) cAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTg < 1:1673035/150‑1 (MQ=255) aGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGc < 2:1695021/150‑1 (MQ=255) gggCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAcc < 1:923979/145‑1 (MQ=255) gggCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTAcc > 2:923979/1‑145 (MQ=255) gggCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGGCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCt > 2:400655/1‑147 (MQ=255) 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tAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgtggtg > 1:1048513/1‑150 (MQ=255) aTGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCa < 2:2255693/150‑1 (MQ=255) gCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgtg > 1:562926/1‑143 (MQ=255) gCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAgtg < 2:562926/143‑1 (MQ=255) cTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCa < 2:1943361/114‑1 (MQ=255) cTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGtt < 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gcCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCgtcagt < 2:1713034/150‑1 (MQ=255) aaaaCC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGCCCGGTAAGGTTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACa < 1:366528/149‑1 (MQ=255) aCC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCa > 2:1928878/1‑150 (MQ=255) ctgttgAGCCGGGCCCGGGACGAACGGTAAGGGTGTTACGCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACACTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCaa < 2:482330/145‑1 (MQ=255) c‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAg < 1:1928878/150‑1 (MQ=255) 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cTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCTAGGTCGGTCGCAGGTTGTTGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGGTTTTCGCTGtt < 1:1233329/150‑1 (MQ=255) cTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGGTTTTCGCTGtt < 2:1311438/150‑1 (MQ=255) tCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGGTTTTCGCTGTTg > 1:731126/1‑150 (MQ=255) | CCAGCCGCGTCTGCGGCGCTGATCTCCAGGGCCTGGCCGTCGCTTTGTGGCGGTTGCAGGGTAATGCTGAACTGGCCGTCCGCACCGGCCACCGCAGTGCCCAGCAATACGCCACCTGCGCCTCGCACGGAAACC‑GTCGAGCCGGGCTCGGCACGACCGGTAAGGGTGTTACCCTGCTCATTGATAGCCAGGTCGGTCGGCGCCAGTGGTGCAGTTGCGTCCGGTGCAGTGACAGCGCCAGGCGCCGAGACATTACCGGCGGCGTCAGTCAGGGTGACATCAAGGTTTTCGCTGTTG > NC_002947/944690‑944986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |