Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 115,916 | T→C | 5.8% | I73I (ATT→ATC) | PP_0110 → | CyoE‑like protoheme IX farnesyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 115,916 | 0 | T | C | 5.8% | 309.6 / 4.2 | 102 | I73I (ATT→ATC) | PP_0110 | CyoE‑like protoheme IX farnesyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/49); new base C (2/4); total (49/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GTGCTGATGCTGATCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGAC > NC_002947/115770‑116062 | gtgCTGATGCTGATCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGAt < 2:2007403/150‑1 (MQ=255) ctgatgctgatCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCATCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCAGCGCATCAATgcg > 1:2300859/1‑150 (MQ=255) ctgatgctgatCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATgcg < 2:2029049/150‑1 (MQ=255) tgatgctgatCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTTGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATgcgc < 2:266677/150‑1 (MQ=255) tgatgctgatCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCAGCGCATCAATgcgc < 2:2300859/150‑1 (MQ=255) tgctgatCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGa < 1:1534713/150‑1 (MQ=255) tgctgatCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATCAATGCGCCGa < 2:1959207/150‑1 (MQ=255) tgctgatCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATCAATGCGCCGa < 2:1988068/150‑1 (MQ=255) 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atCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGgca < 2:423722/150‑1 (MQ=255) tCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCAcc > 2:81357/1‑150 (MQ=255) tCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCAcc > 2:1080731/1‑150 (MQ=255) gcgggCTGGCATGTTCCTGGCCACCAGGGCGGGCGTCCTAATATGCGGGCTCTGGTGCGGTAATTGGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCca < 2:1232851/147‑1 (MQ=255) tGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTTGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGGTGGCACGCACCcaca > 1:1052878/1‑150 (MQ=255) 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tCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGgcgc > 1:1464660/1‑117 (MQ=255) tCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGgcgc < 2:1464660/117‑1 (MQ=255) aaTCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAAc > 1:947792/1‑150 (MQ=255) tCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACACACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGc > 2:1389191/1‑150 (MQ=255) tctgtgGTGGATCGGCGCGTTGATGCGCTGATGGCAAGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCAGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGcc < 2:1623438/148‑1 (MQ=255) tgtgGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCt > 1:60324/1‑150 (MQ=255) tggtggATCGGCGCATTGATGCGCTGGTCGCACCCAAAAACTGACAACTTCGAGCTGAAGGCCGAGTCGAAGCCCTGCCCGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGGATGGACCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGcccaga > 1:1623438/1‑147 (MQ=255) ggtggATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCAAGCACCCACAGACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCCAGCACCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCATGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCAc < 1:520975/150‑1 (MQ=255) tggATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCg > 1:1840434/1‑150 (MQ=255) ggATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCActgc > 2:1153957/1‑147 (MQ=255) aTCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCt < 2:60324/150‑1 (MQ=255) 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GTGCTGATGCTGATCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGAC > NC_002947/115770‑116062 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |