| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,004,529 | A→T | 8.5% | Q184L (CAG→CTG) | PP_0866 → | transmembrane sensor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,004,529 | 0 | A | T | 8.5% | 436.5 / 25.8 | 141 | Q184L (CAG→CTG) | PP_0866 | transmembrane sensor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/60); new base T (6/6); total (75/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
GCCGGATGGCTCGCATCTGGAGCTCAATGGCAACACGCAGTTGCAGGTCGAGTTCAGCGCCGGCCAGCGGCACGTGCGCCTGAACGCTGGTGAAGTGATGTTCAGCGTCGCCCATGACAGTAACCGGCCGTTTGTGGTCGACACTGCCCAG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAGGGGTCGGTGCGGGTGCAGGGCAAGGGCGACTCGCCGGCGCAACTGACGGCCGGGCAGGGGTCGCATATAGAT > NC_002947/1004380‑1004677 | gCCGGATGGCTCGCATCTGGAGCTCTATGGCAACACCCAGTTTCAGGTCGAGTTCAGCGCCGGCTAGCAGTTCTTGCGCCTGAACGCTGGTGAAGTGATGTTCAGCGTCGCCCATGACAGTAACCGGCCGTTTGTGGTCGACACTGCCCa < 1:420067/150‑1 (MQ=255) cGGATGGCTCGCATCTGGAGCTCAATGGCAACACGCAGTTGCAGGTCGAGTTCAGCGCCGGCCAGCGGCACGTGCGCCTGAACGCTGGTGAAGTGATGTTCAGCGTCGCCCATGACAGTAACCGGCCGTTTGTGGTCGACACTGCCCAg‑g < 1:2237867/150‑1 (MQ=255) ggATGGCTCGCATCTGGAGCTCAATGGCAACACGCAGTTGCAGGTCGAGTTCAGCGCCGGCCAGCGGCACGTGCGCCTGAACGCTGGTGAAGTGATGTTCAGCGTCGCCCATGACAGTAACCGGCCGTTTGTGGTCGACACTGCCCAg‑gg < 1:1566418/150‑1 (MQ=255) 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gTCGACACTGCCCAG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAGGGGTCGGTGCGGGTGCAGGGCAAGGGCGACTCGCCGGCGCAACTGACGGCCGGGCAg > 2:1768058/1‑147 (MQ=255) tCGACACTGCCCAG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAGGGGTCGGTGCGGGTGCAGGGCAAGGGCGACTCGCCGGCGCAACTGACGGCCGGGCAGGGGt < 1:897721/150‑1 (MQ=255) tCGACACTGCCCAG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAGGGGTCGGTGCGGGGACAAGGCAGGAGCTACTCGGTGTCGCAACGGAGGCCCCGGcccgggc > 2:1600140/1‑144 (MQ=255) atcacacTGCCCTG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAg > 1:1025812/4‑89 (MQ=255) atcacacTGCCCTG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAg < 2:1025812/86‑1 (MQ=255) atcacacTGCCCTG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAGGGGTCGGTGCGGGTGCAGGGCAAGGGc > 2:969541/4‑116 (MQ=255) atcacacTGCCCTG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAGGGGTCGGTGCGGGTGCAGGGCAAGGGCGACTCGCCGGCGCAACTGACGGCCGGGCAggggg > 1:1582492/4‑149 (MQ=255) tcacacTGCCCTG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAGGGGTCGGTGCGGGTGCAGGGCAAGGGc < 2:1429982/113‑1 (MQ=255) tcacacTGCCCTG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAGGGGTCGGTGCGGGTGCAGGGCAAGGGc > 1:1429982/3‑115 (MQ=255) gACACTGCCCAG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAGGGGTCGGTGCGGGTGCAGGGCAAGGGCGACTCGCCGGCGCAACTGACGGCCGGGCAGGGGTCg > 1:775380/1‑150 (MQ=255) gACACTGCCCAG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAGGGGTCGGTGCGGGTGCAGGGCAAGGGCGACTCGCCGGCGCAACTGACGGCCGGGCAGGGGTCg > 2:955060/1‑150 (MQ=255) cacTGCCCAG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGt > 2:1260820/1‑78 (MQ=255) 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GCCGGATGGCTCGCATCTGGAGCTCAATGGCAACACGCAGTTGCAGGTCGAGTTCAGCGCCGGCCAGCGGCACGTGCGCCTGAACGCTGGTGAAGTGATGTTCAGCGTCGCCCATGACAGTAACCGGCCGTTTGTGGTCGACACTGCCCAG‑GGCAGTGTGATCGTCACAGGTACCCGCTTTGACGTCCGCCTGGACCCAGCCAGCACCCGTGTGGCGGTGGAACAGGGGTCGGTGCGGGTGCAGGGCAAGGGCGACTCGCCGGCGCAACTGACGGCCGGGCAGGGGTCGCATATAGAT > NC_002947/1004380‑1004677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |