| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,019,649 | T→C | 6.1% | Q128R (CAG→CGG) ‡ | dppD ← | dipeptide ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,019,649 | 0 | T | C | 6.1% | 349.1 / 8.3 | 114 | Q128R (CAG→CGG) ‡ | dppD | dipeptide ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/51); new base C (2/5); total (58/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TCTGCGATCAGCAGCTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCTGACGGCCG > NC_002947/1019502‑1019798 | tCTGCGATCAGCAGCTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGCCAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTgg > 2:1702149/1‑150 (MQ=255)tCTGCGATCAGCAGCTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCTAGAGCTCCAGAGCACGCTgg > 1:1931937/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGCTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCCAGCGTGctc < 2:2267034/150‑3 (MQ=255) agcagcTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCCCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCCAGCGTGctctg < 2:1271653/150‑5 (MQ=255) gcagcTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAgcct > 1:40315/1‑150 (MQ=255) gcagcTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAgcct > 1:320547/1‑150 (MQ=255) cagcTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGCCAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAgcctt < 2:1524395/150‑1 (MQ=255) cagcTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCCAGCGTGctctgga < 2:1130132/150‑7 (MQ=255) cTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACTTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGAATCCCGACCTTTTTCAAGCGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAg < 1:524596/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGTCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAga > 2:1091371/1‑149 (MQ=255) tCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAgg > 2:2158921/1‑150 (MQ=255) tCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGACCACGCTGGCGTGCAGCCGTGCCTTTCAgg > 1:533646/1‑150 (MQ=255) cGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCa > 2:1838526/1‑150 (MQ=255) 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aCAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCCAGCGTGctc > 2:652899/1‑85 (MQ=255) gCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTgg < 1:453599/150‑1 (MQ=255) gTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAGGCCTACGGTGTAGCTgggggt > 1:2144838/1‑148 (MQ=255) gCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGa < 1:1838526/150‑1 (MQ=255) gCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGa < 1:1653766/150‑1 (MQ=255) gCGTCCAGTCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCGGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGTAAGCCTACGGTGTAGCTGTGGTTGTGAGCggag > 2:507170/1‑148 (MQ=255) 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ctcGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTc < 1:1357283/150‑1 (MQ=255) cGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCt > 1:993681/1‑150 (MQ=255) aCCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTg < 1:153886/150‑1 (MQ=255) cTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGcc > 1:313824/1‑150 (MQ=255) tttttCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGccc > 1:1113734/1‑150 (MQ=255) gagCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCAGCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCtt < 2:237695/150‑1 (MQ=255) agCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCaccacc < 1:1445080/147‑1 (MQ=255) gCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTgc < 2:1445723/150‑1 (MQ=255) tCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGCAGCTGGCGGGGTAGCTGGGGTTGAACGCCGTCATCTGGTTGTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACATTgcgc > 1:542119/1‑150 (MQ=255) tCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTgcgc > 2:1226879/1‑150 (MQ=255) tCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGATgg < 1:2084012/88‑1 (MQ=255) tCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGATgg > 2:2084012/1‑88 (MQ=255) cAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACgg > 2:840258/1‑77 (MQ=255) cAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACgg < 1:840258/77‑1 (MQ=255) gagCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGa > 2:2402217/1‑90 (MQ=255) gagCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCt < 1:2021439/150‑1 (MQ=255) gagCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCt < 1:1034609/150‑1 (MQ=255) gagCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTCGa < 1:2402217/90‑1 (MQ=255) aCGCTGGCGTGCGGCCTTGCCTTTCAGGCCAAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCTGACg < 2:1919009/150‑1 (MQ=255) aCGCTGGCGTGCAGCCTTTCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCTGACg < 2:1100403/150‑1 (MQ=255) tGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCTGACGGCCg > 1:693644/1‑150 (MQ=255) | TCTGCGATCAGCAGCTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCTGACGGCCG > NC_002947/1019502‑1019798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |