Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,019,650 | G→A | 6.2% | Q128* (CAG→TAG) ‡ | dppD ← | dipeptide ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,019,650 | 0 | G | A | 6.2% | 340.5 / 7.9 | 113 | Q128* (CAG→TAG) ‡ | dppD | dipeptide ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/51); new base A (2/5); total (57/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TCTGCGATCAGCAGCTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCTGACGGCCG > NC_002947/1019502‑1019798 | tCTGCGATCAGCAGCTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGCCAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTgg > 2:1702149/1‑150 (MQ=255) tCTGCGATCAGCAGCTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCTAGAGCTCCAGAGCACGCTgg > 1:1931937/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGCTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCCAGCGTGctc < 2:2267034/150‑3 (MQ=255) agcagcTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCCCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCCAGCGTGctctg < 2:1271653/150‑5 (MQ=255) gcagcTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAgcct > 1:40315/1‑150 (MQ=255) gcagcTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAgcct > 1:320547/1‑150 (MQ=255) cagcTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGCCAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAgcctt < 2:1524395/150‑1 (MQ=255) cagcTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCCAGCGTGctctgga < 2:1130132/150‑7 (MQ=255) cTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACTTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGAATCCCGACCTTTTTCAAGCGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAg < 1:524596/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGTCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAga > 2:1091371/1‑149 (MQ=255) tCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAgg > 2:2158921/1‑150 (MQ=255) tCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGACCACGCTGGCGTGCAGCCGTGCCTTTCAgg > 1:533646/1‑150 (MQ=255) cGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCa > 2:1838526/1‑150 (MQ=255) cGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCa < 2:1353805/150‑1 (MQ=255) ggCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAgccttgc < 1:1515722/137‑1 (MQ=255) ggCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAgccttgc > 2:1515722/1‑137 (MQ=255) ggCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTGGCCTTTCAGGCCCAg > 2:1675837/1‑150 (MQ=255) aaTGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAg > 2:1957942/1‑128 (MQ=255) aaTGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAg < 1:1957942/128‑1 (MQ=255) 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ccACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCt < 1:329972/150‑1 (MQ=255) cacaCGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTc > 1:450186/1‑150 (MQ=255) cacGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGa < 2:1931937/150‑1 (MQ=255) cacGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGa < 1:1896458/150‑1 (MQ=255) acGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGAt < 2:631662/150‑1 (MQ=255) 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gccTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGgt > 1:178675/1‑150 (MQ=255) tGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTa < 1:1217032/150‑1 (MQ=255) gACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAg < 2:1503700/150‑1 (MQ=255) gACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAg < 1:2292369/150‑1 (MQ=255) aCAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGc < 2:806543/150‑1 (MQ=255) aCAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCCAGCGTGctc < 1:652899/87‑3 (MQ=255) aCAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCCAGCGTGctc > 2:652899/1‑85 (MQ=255) gCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTgg < 1:453599/150‑1 (MQ=255) gTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAGGCCTACGGTGTAGCTgggggt > 1:2144838/1‑148 (MQ=255) gCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGa < 1:1838526/150‑1 (MQ=255) gCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGa < 1:1653766/150‑1 (MQ=255) gCGTCCAGTCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCGGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGTAAGCCTACGGTGTAGCTGTGGTTGTGAGCggag > 2:507170/1‑148 (MQ=255) 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ctcGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTc < 1:1357283/150‑1 (MQ=255) cGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCt > 1:993681/1‑150 (MQ=255) aCCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTg < 1:153886/150‑1 (MQ=255) cTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGcc > 1:313824/1‑150 (MQ=255) tttttCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGccc > 1:1113734/1‑150 (MQ=255) gagCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCAGCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCtt < 2:237695/150‑1 (MQ=255) agCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCaccacc < 1:1445080/147‑1 (MQ=255) gCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTgc < 2:1445723/150‑1 (MQ=255) tCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGCAGCTGGCGGGGTAGCTGGGGTTGAACGCCGTCATCTGGTTGTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACATTgcgc > 1:542119/1‑150 (MQ=255) tCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTgcgc > 2:1226879/1‑150 (MQ=255) tCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGATgg < 1:2084012/88‑1 (MQ=255) tCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGATgg > 2:2084012/1‑88 (MQ=255) cAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACgg > 2:840258/1‑77 (MQ=255) cAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACgg < 1:840258/77‑1 (MQ=255) gagCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGa > 2:2402217/1‑90 (MQ=255) gagCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCt < 1:2021439/150‑1 (MQ=255) gagCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCt < 1:1034609/150‑1 (MQ=255) gagCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTCGa < 1:2402217/90‑1 (MQ=255) aCGCTGGCGTGCGGCCTTGCCTTTCAGGCCAAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCTGACg < 2:1919009/150‑1 (MQ=255) aCGCTGGCGTGCAGCCTTTCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCTGACg < 2:1100403/150‑1 (MQ=255) tGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCTGACGGCCg > 1:693644/1‑150 (MQ=255) | TCTGCGATCAGCAGCTTGGGCTCGCCGGCAATGGCCATGGCGATCGCCACACGTTGGCTCATGCCGCCTGACAGCTGGTGCGGGTAAGCGTCCAGGCGGCTTTCTGCGGCCGGGATCTCGACCTTTTTCAAGAGCTCCAGAGCACGCTGGCGTGCAGCCTTGCCTTTCAGGCCCAGGTGCTGTCGTAGCACTTCCTCGATCTGGAAGCCTACGGTGTAGCTGGGGTTGAGCGCGGTCATCGGGTCCTGGAAGACCATGGCGATGTCCTTGCCCACCACCTTGCGCCGCTGACGGCCG > NC_002947/1019502‑1019798 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |