| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 115,956 | C→A | 5.8% | Q87K (CAA→AAA) | PP_0110 → | CyoE‑like protoheme IX farnesyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 115,956 | 0 | C | A | 5.8% | 319.5 / 7.2 | 105 | Q87K (CAA→AAA) | PP_0110 | CyoE‑like protoheme IX farnesyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/44); new base A (3/3); total (57/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTACACCGGCTT > NC_002947/115810‑116104 | ccACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAg < 1:778647/150‑1 (MQ=255) ccGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGACTGTGTGCGGGTGGTGCGGCGGTGGGCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCg > 1:1497863/1‑150 (MQ=255) cgggcgggCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTGGGCCAAAGGCCgt < 1:1080481/150‑2 (MQ=255) ggcgggcgTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGt < 1:1080731/150‑1 (MQ=255) gcgTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAg > 1:98635/1‑149 (MQ=255) cTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGGCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCGCCAACGGCCGTGGGACCACGGCGGAGTAGAGCCCCTGcc > 2:1033815/1‑150 (MQ=255) gTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCtg < 2:1165983/150‑1 (MQ=255) tGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTAAATCATGTGGTGGCTCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGACTTTTTCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCtgt < 1:1397376/150‑1 (MQ=255) 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gttCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGc > 2:548674/1‑150 (MQ=255) ttCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAg < 2:663580/126‑1 (MQ=255) ttCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAg > 1:663580/1‑126 (MQ=255) tCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCt < 2:1497863/150‑1 (MQ=255) ggCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGt < 1:1574982/119‑1 (MQ=255) ggCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGt > 2:1574982/1‑119 (MQ=255) 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tttGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTacac > 2:12387/1‑150 (MQ=255) tttGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTacac > 1:2306947/1‑150 (MQ=255) ttGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTACAcc < 2:289163/150‑1 (MQ=255) gCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTACACCg > 1:815303/1‑148 (MQ=255) gCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTACACCg < 2:815303/148‑1 (MQ=255) cccAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTACACCGGCt > 2:1847311/1‑150 (MQ=255) ccAAGGCTGAGTCGAGCCTCTGCCGGAGCTGTTGTTCGACTTGGCCCTGGCGCTGCTCGGCATGGTTCTGCTGCTGGTGTTTACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTCGCCTCATTACTCGGCTATGCGGTGCTCTACACCGGCtt > 2:159244/1‑150 (MQ=255) ccAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGccttggccttgg < 2:1851624/50‑1 (MQ=255) ccAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGccttggccttgg > 1:1851624/1‑50 (MQ=255) ccAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTTCTCTACACCGGCtt > 2:169631/1‑150 (MQ=255) | CCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGACCCTGGCCTCATTACTCGGTTATGCGGTGCTCTACACCGGCTT > NC_002947/115810‑116104 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |