| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,049,192 | C→A | 10.7% | L137L (CTG→CTT) | PP_0907 ← | RND transporter membrane fusion protein‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,049,192 | 0 | C | A | 10.7% | 301.2 / 20.7 | 103 | L137L (CTG→CTT) | PP_0907 | RND transporter membrane fusion protein‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/51); new base A (5/6); total (46/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TGCGTTTCTTGATCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGATCCACGCCCTGCA > NC_002947/1049044‑1049340 | tGCGTTTCTTGATCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCa > 1:1940847/1‑150 (MQ=255) gTTTCTTGATCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTGGGCCTGGCCAAGGt < 2:1328095/150‑1 (MQ=255) tttCTTGATCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTc < 1:2075179/150‑1 (MQ=255) tttCTTGATCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTc > 1:603667/1‑150 (MQ=255) ttCTTGATCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCg < 1:250106/150‑1 (MQ=255) gATCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAg < 1:1057537/150‑1 (MQ=255) aTCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTGGGCCTGGCCAAGGTCgactt < 1:2186483/148‑5 (MQ=255) aTCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTGGGCCTGGCCAAGGTCgactt > 2:2186483/1‑144 (MQ=255) ttctGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCg > 2:2122142/1‑150 (MQ=255) ttctGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGCCTGAGACGCCCGTAGTTGATCCTGGTCAGGCCCAGGGCGGCCAGGGCg > 2:2069954/1‑150 (MQ=255) tGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTa < 1:1925346/150‑1 (MQ=255) tGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTa < 1:2069954/150‑1 (MQ=255) tGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTa > 2:445034/1‑150 (MQ=255) gcgcCTTAAGCTGCTCGAGCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAAGCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTAc < 2:1422983/150‑1 (MQ=255) cgcCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTAcc > 1:2284858/1‑150 (MQ=255) gcCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCg > 1:1206959/1‑150 (MQ=255) cTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAg > 1:1066165/1‑150 (MQ=255) ttAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGc > 1:491879/1‑150 (MQ=255) 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ggaggaAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAagagacg < 2:1242627/150‑4 (MQ=255) ggaggaAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAg > 1:587408/1‑150 (MQ=255) gaggaAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGt < 1:306790/150‑1 (MQ=255) cGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGCGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGcc < 1:1315350/150‑1 (MQ=255) gTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGATGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCtt < 2:2284858/150‑1 (MQ=255) 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cGACCTGGGCCTGGCCAAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCt > 1:713334/1‑104 (MQ=255) cGACCTGGGCCTGGCCAAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGa > 1:187613/1‑106 (MQ=255) aCCTGGGCCTGGCCAAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGa < 2:1630680/104‑1 (MQ=255) aCCTGGGCCTGGCCAAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGa > 1:1630680/1‑104 (MQ=255) gCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTg > 2:643858/1‑92 (MQ=255) gCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTg < 1:643858/92‑1 (MQ=255) cAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGa > 2:2272881/1‑142 (MQ=255) cAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGa < 1:2272881/142‑1 (MQ=255) accgCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAgg < 1:2152651/133‑1 (MQ=255) accgCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAgg > 2:2152651/4‑136 (MQ=255) ggCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGATCCACGCCCt < 1:742617/150‑1 (MQ=255) cccAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGATCCACGCCCTGc < 2:324551/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGATCCACGCCCTGCa > 1:1724230/1‑150 (MQ=255) ccAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGATCCACGCCCTGCa > 1:335761/1‑150 (MQ=255) ccAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGATCCACGCCCTGCa > 2:1097865/1‑150 (MQ=255) | TGCGTTTCTTGATCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGATCCACGCCCTGCA > NC_002947/1049044‑1049340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |