| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,076,299 | C→A | 5.7% | L338M (CTG→ATG) ‡ | mreB → | cell wall structural actin‑like protein MreB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,076,299 | 0 | C | A | 5.7% | 433.0 / 8.0 | 133 | L338M (CTG→ATG) ‡ | mreB | cell wall structural actin‑like protein MreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/57); new base A (3/5); total (71/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CTGGCGACCATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGTTTACAGGTAGTAC > NC_002947/1076152‑1076447 | cTGGCGACCATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTg > 1:602950/1‑150 (MQ=255) gCGACCATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCg < 1:2352432/150‑1 (MQ=255) gCGACCATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCg > 1:978415/1‑150 (MQ=255) gACCATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGt > 1:1121738/1‑150 (MQ=255) cgaTCGTCCAGGCGGTGAAGAGCGCGCTCGAGCAAGCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGGGCGCGGGCTGGTGCTGACCGGTGGTGGTGCGCTGGTGCGTCAGTTGGAGAAACTGCTGTCCCAGGAAACCGGCATGCCGGTGa < 2:882962/148‑1 (MQ=255) ccATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGa < 1:625269/150‑1 (MQ=255) aTCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACGCGCCTCGGACATTGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGAtt > 2:1892599/1‑150 (MQ=255) cGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCAGGCCGGtttcctg < 2:452499/150‑7 (MQ=255) 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cccTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCt < 1:776073/150‑1 (MQ=255) ccTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTg > 1:1467536/1‑150 (MQ=255) tCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGa > 2:1631313/1‑144 (MQ=255) tCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGa < 1:1631313/144‑1 (MQ=255) tCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCg > 2:1930787/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cccAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGt < 1:173873/150‑1 (MQ=255) ccAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGa < 2:1519809/140‑1 (MQ=255) ccAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGa > 1:1519809/1‑140 (MQ=255) ccAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGtt > 2:104548/1‑150 (MQ=255) ccAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGtt < 1:754316/150‑1 (MQ=255) cAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAg > 2:1425050/1‑117 (MQ=255) aGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGTTTa > 2:967856/1‑150 (MQ=255) gAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGTTTACa < 2:2098246/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGTTTACAGGTAgtac > 2:1518253/1‑150 (MQ=255) cTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGa < 1:1389339/104‑1 (MQ=255) | CTGGCGACCATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGTTTACAGGTAGTAC > NC_002947/1076152‑1076447 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |