| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,076,300 | T→G | 5.7% | L338R (CTG→CGG) ‡ | mreB → | cell wall structural actin‑like protein MreB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,076,300 | 0 | T | G | 5.7% | 412.0 / 9.6 | 136 | L338R (CTG→CGG) ‡ | mreB | cell wall structural actin‑like protein MreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/59); new base G (4/4); total (73/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CTGGCGACCATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGTTTACAGGTAGTACGT > NC_002947/1076152‑1076449 | cTGGCGACCATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTg > 1:602950/1‑150 (MQ=255) gCGACCATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCg > 1:978415/1‑150 (MQ=255) gACCATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGt > 1:1121738/1‑150 (MQ=255) 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tCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCAGGCCGGtttc < 1:2004486/136‑4 (MQ=255) tCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCAGGCCGGtttc > 2:2004486/1‑133 (MQ=255) cccTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCt < 1:776073/150‑1 (MQ=255) ccTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTg > 1:1467536/1‑150 (MQ=255) tCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGa < 1:1631313/144‑1 (MQ=255) tCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGa > 2:1631313/1‑144 (MQ=255) tCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCg > 2:1930787/1‑150 (MQ=255) cAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGAGAGATTGTGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACAGGCGGGCCGGTGATGGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTGGcc > 1:539666/1‑150 (MQ=255) aaTCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGccc > 2:2114694/1‑150 (MQ=255) gccgccGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTgg > 1:462115/1‑150 (MQ=255) gccgccGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTgg < 1:2377292/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCAcgc > 2:1712360/1‑150 (MQ=255) cTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCAcgcg > 2:189593/1‑150 (MQ=255) tGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGa > 2:47183/1‑150 (MQ=255) tGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGa < 1:2141396/150‑1 (MQ=255) tGGTGTTGACCGGGGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGa > 2:145409/1‑150 (MQ=255) 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2:1425050/1‑117 (MQ=255) cAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGttt > 1:1906107/1‑150 (MQ=255) aGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGTTTa > 2:280421/1‑150 (MQ=255) aGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGTTTa > 2:967856/1‑150 (MQ=255) gAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGTTTACa < 1:284083/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGTTTACAGGTAgtac > 2:1518253/1‑150 (MQ=255) cTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGa > 2:1389339/1‑104 (MQ=255) cTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGa < 1:1389339/104‑1 (MQ=255) | CTGGCGACCATCGTCCAGGCGGTCAAGAGCGCCCTCGAGCAATCGCCGCCGGAACTCGCCTCGGACATCGCCGAGCGCGGCCTGGTGTTGACCGGTGGTGGTGCGCTGCTGCGTGACCTCGACAAACTGCTGGCCCAGGAAACCGGCCTGCCGGTGATTGTCGCCGAGGACCCGCTGACCTGCGTCGCCCGTGGCGGCGGTCGCGCCCTGGAGATGATGGACAAGCACGCGATGGACCTGCTCTCCAGCGAGTGATCCCGCTCGCTGTTCACGAGCGCCCGGTTTACAGGTAGTACGT > NC_002947/1076152‑1076449 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |