| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,089,817 | A→T | 5.6% | T225S (ACC→TCC) | fumC‑I → | class 2 fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,089,817 | 0 | A | T | 5.6% | 391.9 / 7.9 | 124 | T225S (ACC→TCC) | fumC‑I | class 2 fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/54); new base T (2/5); total (65/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TACGTGAAGACCGGTCGTACTCACCTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTCTGG > NC_002947/1089670‑1089965 | gTGAAGACCGGTCGTACTCACCTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAAccgcc > 1:1145594/1‑150 (MQ=255) gTGAAGACCGGTCGTACTCACCTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAAccgcc > 1:5767/1‑150 (MQ=255) gTGAAGACCGGTCGTACTCACCTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCCCGCTGCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAAGTGTGTATCCTGTCTTGTAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAAccgcc > 1:1738357/1‑150 (MQ=255) 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tGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGGTGCTGGACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGccc > 1:398113/1‑150 (MQ=255) tGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCGAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAAc > 2:1943456/1‑146 (MQ=255) tGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCGAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAAc < 1:1943456/146‑1 (MQ=255) tGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCACGGCGGTTCCGCCCTgg < 1:699631/132‑1 (MQ=255) ggACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATcc > 1:1265516/1‑150 (MQ=255) 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aGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCtt > 2:1193045/1‑150 (MQ=255) gCGGAACCGTCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCCAAACGTGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGt < 1:2201976/150‑1 (MQ=255) gCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGt < 2:368433/150‑1 (MQ=255) cGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGATTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTc < 2:1183658/150‑1 (MQ=255) gAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTCTg < 1:664719/150‑1 (MQ=255) gAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTCTg < 2:949126/150‑1 (MQ=255) gAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGAACGCTGCCGTGGCTTTGTCTg > 2:624917/1‑150 (MQ=255) gAACCGCCGTGGGTACCGACATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCt < 2:472178/106‑1 (MQ=255) gAACCGCCGTGGGTACCGACATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCt > 1:472178/1‑106 (MQ=255) aaCCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTTCCGTGGCTTTGTCTgg > 1:1402359/1‑150 (MQ=255) | TACGTGAAGACCGGTCGTACTCACCTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTCTGG > NC_002947/1089670‑1089965 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |