| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,089,823 | G→C | 5.1% | V227L (GTG→CTG) | fumC‑I → | class 2 fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,089,823 | 0 | G | C | 5.1% | 387.7 / 6.3 | 118 | V227L (GTG→CTG) | fumC‑I | class 2 fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/52); new base C (2/4); total (62/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TGAAGACCGGTCGTACTCACCTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTCTGGCCAGCTC > NC_002947/1089674‑1089972 | aGACCGGTCGTACTCACCTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCACGGCGGTTCCGCCCTgg < 1:984618/150‑1 (MQ=255) aGACCGGTCGTACTCACCTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCACGGCGGTTCCGCCCTgg < 2:176180/150‑1 (MQ=255) ggTCGTACTCACCTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTAcc < 1:113150/150‑1 (MQ=255) 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aCCTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACg > 2:2284007/1‑150 (MQ=255) cTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGcc > 1:1187756/1‑150 (MQ=255) cTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCAGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGcc > 1:1949236/1‑150 (MQ=255) tGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGGTGCTGGACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGccc > 1:398113/1‑150 (MQ=255) tGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCGAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAAc > 2:1943456/1‑146 (MQ=255) tGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCGAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAAc < 1:1943456/146‑1 (MQ=255) tGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCACGGCGGTTCCGCCCTgg < 1:699631/132‑1 (MQ=255) ggACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATcc > 1:1265516/1‑150 (MQ=255) gACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCg > 2:766858/1‑150 (MQ=255) aCGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGc > 1:1037497/1‑150 (MQ=255) 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tgggctgCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTg > 2:2015678/1‑150 (MQ=255) ggctgCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGAc < 2:2276486/150‑1 (MQ=255) ggctgCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGAc > 1:918608/1‑150 (MQ=255) ggctgCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGAc < 1:766858/150‑1 (MQ=255) gcgcAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAg < 2:1145594/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGATTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTc < 2:1183658/150‑1 (MQ=255) cGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTc < 2:844287/150‑1 (MQ=255) gAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTCTg < 2:949126/150‑1 (MQ=255) gAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGAACGCTGCCGTGGCTTTGTCTg > 2:624917/1‑150 (MQ=255) gAACCGCCGTGGGTACCGACATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCt > 1:472178/1‑106 (MQ=255) gAACCGCCGTGGGTACCGACATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCt < 2:472178/106‑1 (MQ=255) aaCCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTTCCGTGGCTTTGTCTgg > 1:1402359/1‑150 (MQ=255) ccgccgTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTCTGGcc > 1:261230/1‑150 (MQ=255) cgccgTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGa > 1:627712/1‑81 (MQ=255) gccgTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTCTGGCCAg > 2:1897127/1‑150 (MQ=255) gccgTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTAACGCCCGGCCAGAACCTGTGCGCACTTGTCGGCGGGTGAGACACTGCCTGTGCTTTTTCTGGCCAg > 2:1330122/1‑150 (MQ=255) ccgTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGTTTTGTCTGGCCAGc < 1:2284007/150‑1 (MQ=255) ccgTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCACTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCa > 2:1760549/1‑107 (MQ=255) ccgTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCACTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCa < 1:1760549/107‑1 (MQ=255) gTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTCTGGCCAGCTc < 1:2280558/150‑1 (MQ=255) | TGAAGACCGGTCGTACTCACCTGATGGACGCGATGCCCGTGCGCATGAGCCAGGTGCTGGATGGCTGGGCTGCGCAGATCAATGCTGCCAAGTCGCACATCGAAGGTGTGCTGCCGCACTTGCAGGCGCTGGCCCAGGGCGGAACCGCCGTGGGTACCGGCATCAACGCCCATCCGCAGTTCGCTGTCGGTTTCGCTCGCCAGCTCAGTGGCCTGACCAAGGTCGAGTTCACGCCCGGCCAGAACCTGTTCGCACTGATCGGCTCGCAGGACACTGCCGTGGCTTTGTCTGGCCAGCTC > NC_002947/1089674‑1089972 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |