| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,121,458 | C→A | 6.3% | R298R (CGC→CGA) | PP_0982 → | YjgP/YjgQ family permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,121,458 | 0 | C | A | 6.3% | 304.5 / 6.9 | 95 | R298R (CGC→CGA) | PP_0982 | YjgP/YjgQ family permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/46); new base A (3/3); total (46/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
GTGACCGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTGTTCCTGCTGATCG > NC_002947/1121309‑1121606 | gTGACCGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCgcgc > 1:2379659/1‑150 (MQ=255) cctaGCTCGAAGCGCGTCCCGCCTCCGAACTGATCTGCAAGGATGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAg‑g < 1:1102448/147‑1 (MQ=255) ccGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAg‑g < 2:2292305/150‑1 (MQ=255) cgcgAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTTGACCCGCGACAgcggcac < 1:726460/150‑7 (MQ=255) gAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCC‑CTG‑‑GCGCGGGTTGACCCGCGACAgcggcacc < 2:583080/147‑8 (MQ=255) gAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCC‑CTG‑‑GCGCGGGTTGACCCGCGACAgcggcacc > 1:583080/1‑140 (MQ=255) aaGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑GCGCGGGTTGACCCGCGACAgc > 1:1196468/1‑140 (MQ=255) aaGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑GCGCGGGTTGACCCGCGACAgc < 2:1196468/141‑2 (MQ=255) aGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGAGGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCCGCCCGCGCCCG‑GGCCGCTTCCt > 2:316491/1‑150 (MQ=255) gcTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCaa < 2:621340/150‑1 (MQ=255) gcTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCaa < 2:1408544/150‑1 (MQ=255) cTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAg > 2:1446325/1‑150 (MQ=255) cTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAg < 2:57860/150‑1 (MQ=255) ttCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAgc > 2:290039/1‑150 (MQ=255) ccACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAgctgc < 1:1316668/150‑1 (MQ=255) ccACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAgctgc > 1:157558/1‑150 (MQ=255) cACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCACGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAgctgct < 2:1304133/150‑1 (MQ=255) cTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAg‑gg > 1:1794843/1‑129 (MQ=255) 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aGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGAttt < 2:2379659/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCt < 1:289280/129‑1 (MQ=255) aTGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCt > 2:289280/1‑129 (MQ=255) tGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTAcgc > 2:1545659/1‑150 (MQ=255) tGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCAACCTGATGGCGGCCCCGCTG‑‑CCGCGGGTCAACCCTGGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTAcgc > 1:656708/1‑150 (MQ=255) gTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCt > 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ggTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGTACGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATgtggtg < 1:1536617/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGtggtgg < 2:622110/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGtggtgg < 2:1604172/150‑1 (MQ=255) ccGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGgcgc > 2:14452/1‑104 (MQ=255) ccGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGgcgc < 1:14452/104‑1 (MQ=255) gCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCa > 1:1809234/1‑150 (MQ=255) cctggcgcgGGTTGACCCGCGACAGCGGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTcc > 2:260349/6‑150 (MQ=255) gcgcgGGTTGACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAAGCCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGc > 1:556808/2‑150 (MQ=255) gcgGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGa < 2:1331054/71‑1 (MQ=255) gcgGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGa > 1:1331054/1‑71 (MQ=255) gcgGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCAGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCt > 1:2202833/1‑150 (MQ=255) gggTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTg < 2:2200166/77‑1 (MQ=255) gggTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTg > 1:2200166/1‑77 (MQ=255) ggTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTGtt < 1:586832/150‑1 (MQ=255) tCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTGTTcc > 2:1874551/1‑150 (MQ=255) aaCCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTGTTCctg > 2:2289746/1‑150 (MQ=255) aCCCGCGCCAG‑TGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTGTTCctgc > 2:131072/1‑150 (MQ=255) ccGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATgtggt < 2:2307584/127‑1 (MQ=255) ccGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGCCATgtggt > 1:2307584/1‑127 (MQ=255) ccGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGCGCAAGAGGTCGGTCCACGGCCTGATCgcgctg > 2:992269/1‑150 (MQ=255) gcCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTGTTCCTGCTGATCg < 2:111004/150‑1 (MQ=255) gcCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTGTTCCTGCTGATCg < 2:1107890/150‑1 (MQ=255) | GTGACCGAGCGCGAAGCGCTTCCCACCTCCGAACTGATCGGCAAGGAGGGCCTGCGTGAGCGCGCCGAGCTGCAATGGCGGTTGTCGCTGCCGATCCTGGTGTTCGTCGTCACCCTGCTGGCGGTGCCGCTG‑‑TCGCGGGTCAACCCGCGCCAG‑GGCCGCTTCCTCAAGCTGCTGCCGGCAATTCTTCTGTACATGGCCTACCTGACAATGCTGATTTCCGTACGCGGCGCCCTCGAGAAGGGCAAACTGCCGATCGCCCTGGGCATGTGGTGGGTCCACGGCCTGTTCCTGCTGATCG > NC_002947/1121309‑1121606 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |