Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,137,449 | 0 | G | C | 5.8% | 332.9 / 9.6 | 104 | T34S (ACT→AGT) | PP_0998 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/44); new base C (3/3); total (57/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.72e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GTCCTTGGCCAGGAAGAACTTTTCTTCCACCGGCTTGCCTTCGATGCTGCCATGCATGTGAAACTGAATACCTCTGCCTTCCTTGGGGTCCGCCACGGCCTCGTACTCGATGTTCAGGTCATAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGTGGAAACCCGAGTGCCGGCTTTGC > NC_002947/1137301‑1137598 | gTCCTTGGCCAGGAAGAACTTTTCTTCCACCGGCTTGCCTTCGATGCTGCCATGCATGTGAAACTGAATACCTCTGCCTTCCTTGGGGTCCGCCACGGCCTCGTACTCGATGTTCAGGTCATAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGt < 2:617762/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGAAGAACTTTTCTTCCACCGGCTTGCTTTCTACGCGGCCATGCATGTGAAACTGAATACCTCTGCCTTCCTTGGGGTCCGCCACGGCCTCGTACTCGATGTTCAGGTCATAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTc < 2:2000126/150‑1 (MQ=255) gCCAGGAAGAACTTTTCTTCCACCGGCTTGCCTTCGATGCTGCCATGCATGTGAAACTGAATACCTCTGCCTTCCTTGGGGTCCGCCACGGCCTCGTACTCGATGTTCAGGTCATAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCg > 2:310758/1‑150 (MQ=255) 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gaagaaCTTTTCTTCCACCGGCTTGCCTTCGATGCTGCCATGCATGTGAAACTGAATACCTCTGCCTTCCTTGGGGTCCGCCACGGCCTCGTACTCGATGTTCAGGTCATAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGAtgtg > 1:990395/1‑150 (MQ=255) gaagaaCTTTTCTTCCACCGGCTTGCCTTCGATGCCGCCATACATGTGAAACTGAATACCTCTGCCTTCCTTGGGGTCCGCCACGGCCTCGTACTCGATGTTCAGGTCATAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGAtgtg < 1:140505/150‑1 (MQ=255) gaaCTTTTCTTCCACCGGCTTGCCTTCGATGCTGCCATGCATGTGAAACTGAATACCTCTGCCTTCCTTGGGGTCCGCCACGGCCTCGTACTCGATGTTCAGGTCATAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTAc < 2:1545048/150‑1 (MQ=255) aaCTTTTCTTCCACCGGCTTGCCTTCGATGCTGCCATGCATGTGAAACTGAATACCTCTGCCTTCCTTGGGGTCCGCCACGGCCTCGTACTCGATGTTCAGGTCATAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACa < 1:1915288/150‑1 (MQ=255) ttttCTTCCACCGGCTTGCCTTCGATGCTGCCATGCATGTGAAACTGAATACCTCTGCCTTCCTTGGGGTCCGCCACGGCCTCGTACTCGATGTTCAGGTCATAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGa < 1:812477/150‑1 (MQ=255) 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aTAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGcact > 2:21254/1‑147 (MQ=255) tAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTtct > 2:609904/1‑150 (MQ=255) cTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCgg < 2:485072/150‑1 (MQ=255) tgtgGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGt > 1:1508778/1‑150 (MQ=255) tgtgGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGt < 1:2385118/150‑1 (MQ=255) gtgGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGTg < 2:1437615/150‑1 (MQ=255) gtgGTCGGCGTTGTAAAGCGACGTGCGCTCGATGTATACATGACTGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGTg < 2:1831604/150‑1 (MQ=255) tgGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGTgg > 1:893550/1‑150 (MQ=255) tgCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACGGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGTGGAAAcc > 2:1650079/2‑150 (MQ=255) ggCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTggg < 2:319324/53‑1 (MQ=255) ggCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTggg > 1:319324/1‑53 (MQ=255) atcgaGCGCACTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTCCATTCAACGGTACCTGATCCCCGGCTTCCCCGTGGAAACCCGacag > 2:1069826/5‑147 (MQ=255) ttCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGt < 2:2125610/114‑1 (MQ=255) ttCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGt > 1:2125610/1‑114 (MQ=255) ttCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGTGGAAACCCGAGTGc > 2:1583852/1‑150 (MQ=255) cAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGTGGAAACCCGAGTGCCGGCttt < 2:1327530/150‑1 (MQ=255) aGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGa < 2:2318557/92‑1 (MQ=255) aGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGa > 1:2318557/1‑92 (MQ=255) aGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGTGGAAACCCGAGTGCCGGCtgtg > 2:2184786/1‑150 (MQ=255) gTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGTGGAAACCCGAGTGCCGGCTTTGc < 1:1583852/150‑1 (MQ=255) | GTCCTTGGCCAGGAAGAACTTTTCTTCCACCGGCTTGCCTTCGATGCTGCCATGCATGTGAAACTGAATACCTCTGCCTTCCTTGGGGTCCGCCACGGCCTCGTACTCGATGTTCAGGTCATAGCTGTGGTCGGCGTTGTTCAGCGCAGTGCGCTCGATGTGTACATGACCGGAGTGATACTGGGCCATGGCTATCTCCTTTGGAAGGTCGAAAATGGCGGGCCGCGTAAGCCCGCCGACTGCATTCAACGGTAGCTGATCCCCGGCTTCTCGGTGGAAACCCGAGTGCCGGCTTTGC > NC_002947/1137301‑1137598 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |