Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,156,401 | G→A | 7.1% | intergenic (+98/‑118) | PP_1013 → / → yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,156,401 | 0 | G | A | 7.1% | 282.5 / 8.3 | 98 | intergenic (+98/‑118) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/46); new base A (4/3); total (49/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.04e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGTTG > NC_002947/1156252‑1156550 | gcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAagag > 2:1300296‑M1/77‑150 (MQ=255) gCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAagag > 1:1539642/1‑150 (MQ=255) gggAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 2:1310764/150‑1 (MQ=255) 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cccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTa > 1:1038019‑M2/11‑92 (MQ=255) cccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTa < 2:1038019‑M2/82‑1 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCa < 2:624859‑M2/26‑1 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCa > 1:624859‑M2/10‑35 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCCCTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTAGTGACATCGGACATGACGCCAACGACTAGAATCCTGAAACGACTGGCAAGGATCACGCTGGCCCATGACCACCCTCAACCTGtatct > 1:1149141‑M2/10‑148 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGTCTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCa < 1:1168377‑M2/119‑1 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCa > 2:1168377‑M2/10‑128 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGAcccc > 2:984759‑M2/10‑135 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGAcccc < 1:984759‑M2/126‑1 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAtgt > 2:739701‑M2/10‑150 (MQ=255) ccGCGAAGAGGCCCCCACAGGCA‑ACCAAAATCACACAGCCCGGCGACACTCCCGTCGTCCTTCGTCACATCCGCCATGTCCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGTAAGGATCAAGCGGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAtgt < 2:1149141/150‑1 (MQ=255) aagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACa < 1:1300296‑M2/146‑1 (MQ=255) aagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACa < 1:1293400‑M2/146‑1 (MQ=255) ggCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGTTg < 1:690190/150‑1 (MQ=255) | GCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGTTG > NC_002947/1156252‑1156550 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |