| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,184,574 | A→G | 8.2% | intergenic (‑184/‑228) | mltF ← / → purL | membrane‑bound lytic murein transglycosylase F/phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,184,574 | 0 | A | G | 8.2% | 209.3 / 4.5 | 72 | intergenic (‑184/‑228) | mltF/purL | membrane‑bound lytic murein transglycosylase F/phosphoribosylformylglycinamidine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/34); new base G (2/4); total (34/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
TCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATCAGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCT‑GCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGAAGTCCGGTTCCGCCGCCCGGCAGGCGTGGCTTA > NC_002947/1184427‑1184723 | tctcGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATCAGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATg > 2:1250021/1‑150 (MQ=255) ctcGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATCAGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATga < 2:505144/150‑1 (MQ=255) ctcGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATCAGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATga > 2:1972810/1‑150 (MQ=255) 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2:1076085/150‑1 (MQ=255) gggAGGGGGGATTGCATCAGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGa > 1:1337650/1‑150 (MQ=255) ggggggATTGCATCAGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAAtgt > 2:2061427/1‑150 (MQ=255) gATTGCATCAGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGa < 2:1621877/150‑1 (MQ=255) gATTGCATCAGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGa < 2:1621883/150‑1 (MQ=255) aTCAGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGa > 1:1578981/1‑150 (MQ=255) 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cgccAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCT‑GCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGa > 1:1364968/1‑150 (MQ=255) aGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCCCGCGGACGGCGCTCGAGCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCT‑GCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGATACCTCTGAAAACTGACCCCGAAGTc > 2:1191313/1‑150 (MQ=255) gtgtCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCT‑GCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGAAGTCCg < 2:510085/150‑1 (MQ=255) tCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCg < 2:1336694/84‑1 (MQ=255) tCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCg > 1:1336694/1‑84 (MQ=255) cGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCT‑GCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGAAGTCCGGTTcc > 2:1511385/1‑150 (MQ=255) 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ccTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCT‑GCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCGGGACCCCTCTGAAAACTGACCCCGAAGTCCGGTTccgc > 1:890066/1‑150 (MQ=255) ttAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCT‑GCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGc > 2:2266063/1‑109 (MQ=255) ttAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCT‑GCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGc < 1:2266063/109‑1 (MQ=255) aaGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCT‑GCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGAAGTCCGGTTCCgccgcc > 2:152880/1‑150 (MQ=255) atTCTGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTc > 1:640711/1‑41 (MQ=255) atTCTGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTc < 2:640711/41‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCT‑GCGGCGCTCGATCTCGTATCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACTCCGAAGTCCGGTTCCGCCGCCCGGCAgg < 1:924729/150‑1 (MQ=255) 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TCTCGACAACGGTTAGCTTGTCTGGTAGCGGGTTGTGTGGTTGGGGGAGGGGGGATTGCATCAGGGCTGCCAGGTGGCCGGCTTGAGATATTCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCAGGTGTCCGCCTTAAGATATTCAGCGCCTATGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGCAGAATGTGTCGAGCCGGACACCT‑GCGGCGCTCGATCTCGTCTCAAGCCGGACACCTCTGAAAACTGACCCCGAAGTCCGGTTCCGCCGCCCGGCAGGCGTGGCTTA > NC_002947/1184427‑1184723 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |