| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,200,471 | G→A | 5.3% | V41M (GTG→ATG) ‡ | gspG → | protein secretion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,200,471 | 0 | G | A | 5.3% | 336.0 / 6.3 | 112 | V41M (GTG→ATG) ‡ | gspG | protein secretion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/52); new base A (3/3); total (57/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
ATCATGCAACTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGCCGGCTCA > NC_002947/1200322‑1200619 | aTCATGCAACTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCg > 2:2229317/1‑150 (MQ=255) tGCAACTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCt < 2:1560185/150‑1 (MQ=255) tGCAACTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCt > 1:2215426/1‑150 (MQ=255) cAACTCAACCAGGGCCTGCACTTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTgg > 2:279057/1‑150 (MQ=255) cAACTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCCGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGAGCCCAGCGTGCTgg < 1:287022/150‑1 (MQ=255) cAACTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTgg > 1:1106451/1‑150 (MQ=255) aaCTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTggg < 2:2378389/150‑1 (MQ=255) aaCTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTACACCTATCA‑ATAAATCATGGTGGTGGTCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCTGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTggg > 1:150360/1‑150 (MQ=255) 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gCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGAc > 1:706590/1‑150 (MQ=255) ccATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGAcc > 2:82428/1‑150 (MQ=255) ccATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGAcc > 1:50321/1‑150 (MQ=255) aTGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTg < 1:82428/150‑1 (MQ=255) gcagcaTCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGc < 2:706590/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCt > 2:2057790/1‑150 (MQ=255) ctgctgATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGTGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTg > 1:2240640/1‑150 (MQ=255) ctgctgATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTT‑CCCAGCAACGAACAGGGCCTgg > 1:2296097/1‑150 (MQ=255) tgctgATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGTCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTgcgc < 1:1499957/125‑1 (MQ=255) tgctgATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTgcgc > 2:1499957/1‑125 (MQ=255) gATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCAt < 2:1039006/48‑1 (MQ=255) gATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCAt > 1:1039006/1‑48 (MQ=255) ttGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCgcgc > 1:2239700/1‑150 (MQ=255) ccGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTgg > 2:2370169/1‑150 (MQ=255) ccGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTgg < 2:931605/150‑1 (MQ=255) cGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGt > 2:356808/1‑150 (MQ=255) cGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGt > 2:2041141/1‑150 (MQ=255) tggttgcCCAGCACGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGaaa > 2:548734/6‑150 (MQ=255) gcCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATc > 1:1709241/1‑89 (MQ=255) gcCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATc < 2:1709241/89‑1 (MQ=255) gcCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGcc < 2:595969/150‑1 (MQ=255) cccAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCTACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGCCg < 1:873147/150‑1 (MQ=255) cccAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCAGGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCAACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCTCCAGCAAGGTACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGGAAAAGCCg < 2:605577/150‑1 (MQ=255) ccAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGCCgg > 2:393855/1‑150 (MQ=255) ccAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGCCgg < 1:1084954/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGCCGGCTCa < 2:133228/150‑1 (MQ=255) | ATCATGCAACTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGCCGGCTCA > NC_002947/1200322‑1200619 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |