| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,200,472 | T→C | 5.3% | V41A (GTG→GCG) ‡ | gspG → | protein secretion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,200,472 | 0 | T | C | 5.3% | 342.8 / 6.1 | 112 | V41A (GTG→GCG) ‡ | gspG | protein secretion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/52); new base C (3/3); total (57/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGCAACTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGCCGGCTCA > NC_002947/1200326‑1200619 | tGCAACTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCTAACGCGGTTTTACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCt < 2:776612/150‑1 (MQ=255)tGCAACTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCt < 2:1560185/150‑1 (MQ=255) cAACTCAACCAGGGCCTGCACTTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTgg > 2:279057/1‑150 (MQ=255) 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tGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGc < 1:163235/150‑1 (MQ=255) ttGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGa > 2:488978/1‑150 (MQ=255) gtgACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAg < 1:488978/150‑1 (MQ=255) tgACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCACGCTGGGcgc > 1:1689703/1‑128 (MQ=255) tgACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCACGCTGGGcgc < 2:1689703/130‑3 (MQ=255) 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gTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTTGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATgg < 1:1950595/150‑1 (MQ=255) tATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCATC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTg < 2:1666392/112‑1 (MQ=255) tATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCTAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGc > 2:2220354/1‑150 (MQ=255) tATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTg > 1:1666392/1‑112 (MQ=255) tATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGc > 1:722084/1‑150 (MQ=255) ttGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCg < 2:245297/150‑1 (MQ=255) ttGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCACGCTGGGc > 2:1118993/1‑113 (MQ=255) ttGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCACGCTGGGc < 1:1118993/113‑1 (MQ=255) ccATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGAcc > 1:50321/1‑150 (MQ=255) ccATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGAcc > 2:82428/1‑150 (MQ=255) aTGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTg < 1:82428/150‑1 (MQ=255) gACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCGAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTgg > 1:992268/1‑150 (MQ=255) 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ctgctgATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTT‑CCCAGCAACGAACAGGGCCTgg > 1:2296097/1‑150 (MQ=255) tgctgATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGTCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTgcgc < 1:1499957/125‑1 (MQ=255) tgctgATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTgcgc > 2:1499957/1‑125 (MQ=255) ctgATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGcc < 1:2188700/150‑1 (MQ=255) ctgATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGAACAAGGCACTGGACGAAAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGcc > 2:1791458/1‑150 (MQ=255) gATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCAt < 2:1039006/48‑1 (MQ=255) gATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCAt > 1:1039006/1‑48 (MQ=255) ttGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCgcgc > 1:2239700/1‑150 (MQ=255) ccGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTgg > 2:2370169/1‑150 (MQ=255) ccGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTgg < 2:931605/150‑1 (MQ=255) cGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGt > 2:2041141/1‑150 (MQ=255) cGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGt > 2:356808/1‑150 (MQ=255) gTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTg > 1:595969/1‑150 (MQ=255) tggttgcCCAGCACGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGaaa > 2:548734/6‑150 (MQ=255) gcCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATc < 2:1709241/89‑1 (MQ=255) gcCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGcc < 2:595969/150‑1 (MQ=255) cccAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCTACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGCCg < 1:873147/150‑1 (MQ=255) cccAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCAGGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCAACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCTCCAGCAAGGTACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGGAAAAGCCg < 2:605577/150‑1 (MQ=255) ccAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGCCgg < 1:1084954/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGCCGGCTCa < 2:133228/150‑1 (MQ=255) | TGCAACTCAACCAGGGCCTGCAATTGTGACGACGAGGAGTATTGCCATGCAGCATCGACGTAACCGCCAACGCGGTTTCACC‑CTCATGGAAATCATGGTGGTGATCTTTATCATCGGCCTGCTGATTGCCGTGGTAGCGCCCAGCGTGCTGGGCAACCAGGACAAGGCCATGAAGCAGAAGGTGATGGCCGACCTGGCCACCCTGGAGCAGGCGCTGGACATGTATCGCCTGGACAACCTGCGCTTCCCCAGCAACGAACAGGGCCTGGCCGCGCTGGTGAAAAAGCCGGCTCA > NC_002947/1200326‑1200619 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |