Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,249,755 | A→T | 5.1% | intergenic (+22/+49) | bvgA → / ← PP_1091 | virulence factors transcription regulator BvgA/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,249,755 | 0 | A | T | 5.1% | 314.4 / 5.0 | 98 | intergenic (+22/+49) | bvgA/PP_1091 | virulence factors transcription regulator BvgA/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/51); new base T (3/2); total (45/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATT > NC_002947/1249613‑1249903 | cGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTACTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTCAAGACTccgcccagta > 2:1118438/1‑148 (MQ=255) gACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCaggag < 1:1438845/150‑1 (MQ=255) cATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTcca > 2:90617/1‑137 (MQ=255) cATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTcca < 1:90617/137‑1 (MQ=255) tACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCa > 1:2168047/1‑150 (MQ=255) aCCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAg > 2:890032/1‑150 (MQ=255) aCCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTC‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAg < 1:1031796/150‑1 (MQ=255) cTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAggg < 1:791814/150‑1 (MQ=255) cTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAggg < 2:1804472/150‑1 (MQ=255) cTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAggg > 1:34706/1‑150 (MQ=255) tCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGc > 1:1587086/1‑150 (MQ=255) cAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGt < 1:214871/150‑1 (MQ=255) aaGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCagg > 1:5469/1‑127 (MQ=255) aaGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCagg < 2:5469/127‑1 (MQ=255) aGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTcc > 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gTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACg < 1:842664/150‑1 (MQ=255) aCCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACggg < 2:1741587/150‑1 (MQ=255) tACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGAcc > 1:13998/1‑150 (MQ=255) tACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGAcc > 2:1025960/1‑150 (MQ=255) aCAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGAACTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGAccc < 2:805503/150‑1 (MQ=255) 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ctcaagctaaaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAAt < 2:151757/150‑1 (MQ=255) tcaagctcaaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATc > 1:692192/1‑150 (MQ=255) aagctcaaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGa > 1:356069/1‑150 (MQ=255) ctcaaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAAt > 1:842468/1‑150 (MQ=255) tcaaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATc < 1:929261/150‑1 (MQ=255) gggggCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCg < 2:667186/146‑1 (MQ=255) aTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGCAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCAAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGTACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGc < 2:884104/150‑1 (MQ=255) gCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCa > 1:1013426/1‑150 (MQ=255) aCGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGAAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAAc > 1:2333151/1‑150 (MQ=255) cGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACt < 1:2082318/150‑1 (MQ=255) ggTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAAGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTg > 2:87586/1‑150 (MQ=255) gTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACgg < 2:1967611/111‑1 (MQ=255) gTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACgg > 1:1967611/1‑111 (MQ=255) tCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCt > 2:2031411/1‑150 (MQ=255) tGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTg < 2:2232066/150‑1 (MQ=255) gTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTcc > 2:1528595/1‑94 (MQ=255) 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aaCTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAAc < 1:2010223/104‑1 (MQ=255) aaCTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTg < 1:2403546/106‑1 (MQ=255) aaCTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTg > 2:2403546/1‑106 (MQ=255) aaCTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCGTGTTGTCGATGGTGCGAc > 1:124656/1‑150 (MQ=255) tGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGttcttc < 1:2076103/124‑1 (MQ=255) tGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGttcttc > 2:2076103/1‑124 (MQ=255) gATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGttt < 2:1501530/150‑1 (MQ=255) aTCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGAccc < 2:225029/68‑1 (MQ=255) aTCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGAccc > 1:225029/1‑68 (MQ=255) tCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGc < 2:13998/150‑1 (MQ=255) gCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGt < 2:898428/114‑1 (MQ=255) gCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGt > 1:898428/1‑114 (MQ=255) ccAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCa > 1:769061/1‑150 (MQ=255) cAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAg < 2:2168047/150‑1 (MQ=255) aGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGt < 2:1693342/150‑1 (MQ=255) caaaGCCTCCTGGCTGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTc > 2:86124/3‑150 (MQ=255) aaGCCTCCTGGCTGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCTACGTTTGCTCAGGTTGGTCtt > 1:2144478/1‑150 (MQ=255) tcaagccagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGc < 1:170949/73‑1 (MQ=255) tCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGc > 2:170949/1‑76 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |