| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,249,759 | A→T | 5.3% | intergenic (+26/+45) | bvgA → / ← PP_1091 | virulence factors transcription regulator BvgA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,249,759 | 0 | A | T | 5.3% | 303.0 / 6.0 | 95 | intergenic (+26/+45) | bvgA/PP_1091 | virulence factors transcription regulator BvgA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/48); new base T (3/2); total (44/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCAAC > NC_002947/1249613‑1249908 | cGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTACTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTCAAGACTccgcccagta > 2:1118438/1‑148 (MQ=255) gACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCaggag < 1:1438845/150‑1 (MQ=255) tACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCa > 1:2168047/1‑150 (MQ=255) 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cTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAggg > 1:34706/1‑150 (MQ=255) tCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGc > 1:1587086/1‑150 (MQ=255) cAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGt < 1:214871/150‑1 (MQ=255) aaGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCagg > 1:5469/1‑127 (MQ=255) aaGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCagg < 2:5469/127‑1 (MQ=255) aGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTcc > 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tGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGttcttc < 1:2076103/124‑1 (MQ=255) tGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGttcttc > 2:2076103/1‑124 (MQ=255) gATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGttt < 2:1501530/150‑1 (MQ=255) aTCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGAccc < 2:225029/68‑1 (MQ=255) aTCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGAccc > 1:225029/1‑68 (MQ=255) tCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGc < 2:13998/150‑1 (MQ=255) gCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGt > 1:898428/1‑114 (MQ=255) gCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGt < 2:898428/114‑1 (MQ=255) cAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAg < 2:2168047/150‑1 (MQ=255) aGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGt < 2:1693342/150‑1 (MQ=255) tGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTc < 2:1461993/150‑1 (MQ=255) caaaGCCTCCTGGCTGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTc > 2:86124/3‑150 (MQ=255) aaGCCTCCTGGCTGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCTACGTTTGCTCAGGTTGGTCtt > 1:2144478/1‑150 (MQ=255) tcaagccagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGc < 1:170949/73‑1 (MQ=255) tCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGc > 2:170949/1‑76 (MQ=255) cagccagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGAtt > 2:2407440/1‑150 (MQ=255) agccagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAgg > 2:2389526/1‑56 (MQ=255) agccagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAgg < 1:2389526/56‑1 (MQ=255) ccagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAg > 1:1322663/1‑101 (MQ=255) ccagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAg < 2:1322663/101‑1 (MQ=255) cagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCaa > 2:769176/1‑150 (MQ=255) aggaggCTTTGCCCGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCAAc > 2:2394394/1‑150 (MQ=255) | CGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTG‑GCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACT‑ACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCAAC > NC_002947/1249613‑1249908 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |