| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,281,200 | A→T | 6.3% | intergenic (+20/+23) | PP_5742 → / ← PP_1118 | membrane protein/recombinase‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,281,200 | 0 | A | T | 6.3% | 361.1 / 10.8 | 111 | intergenic (+20/+23) | PP_5742/PP_1118 | membrane protein/recombinase‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/51); new base T (4/3); total (57/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAGGTCGCCTTGGGTCAACTGAAGGTCTAC > NC_002947/1281054‑1281348 | gATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGc < 1:1120115/150‑1 (MQ=255)gATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGc < 1:1683116/150‑1 (MQ=255) ggggTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCggg > 2:132779/1‑150 (MQ=255) gggTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAATCTAGACCAAACTGATTTAAGAGAGCCTGCCATAAGGCGGGt > 2:509164/1‑150 (MQ=255) ggTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTc < 2:957143/150‑1 (MQ=255) ggTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTc > 1:340552/1‑150 (MQ=255) gTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCt > 1:2185914/1‑150 (MQ=255) gTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCt > 1:728086/1‑150 (MQ=255) ttGTTCTGTGATAACGTGGGTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGa < 2:1943789/150‑1 (MQ=255) ttGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCTTATGGCgggctct > 2:2354107/1‑140 (MQ=255) ttGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCTTATGGCgggctct < 1:2354107/144‑5 (MQ=255) ttGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGa < 1:509164/150‑1 (MQ=255) ttGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGa < 1:2407055/150‑1 (MQ=255) ttGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGa < 1:2354143/150‑1 (MQ=255) tGATCTGTGATAATTCTGTGGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGTTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAg < 2:823867/150‑1 (MQ=255) gATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGt < 2:2102014/150‑1 (MQ=255) tgtgATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCg > 2:358125/1‑132 (MQ=255) tgtgATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCg < 1:358125/132‑1 (MQ=255) tgATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGtt > 1:452266/1‑150 (MQ=255) tAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTAtt < 2:2405282/150‑1 (MQ=255) ttCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCTTATGGCgggct < 1:831413/128‑3 (MQ=255) ttCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCTTATGGCgggct > 2:831413/1‑126 (MQ=255) ttgCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGa < 1:1088263/128‑1 (MQ=255) ttgCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGa > 2:1088263/1‑128 (MQ=255) ttgCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGt > 2:1235514/1‑150 (MQ=255) agaagaCTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCtat < 1:1256462/119‑1 (MQ=255) agaagaCTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCtat > 2:1256462/1‑119 (MQ=255) gaagaCTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGc > 2:1384641/1‑150 (MQ=255) cTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAatat > 1:691073/1‑138 (MQ=255) cTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAatat < 2:691073/138‑1 (MQ=255) tATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCTTATGGCgggctctc > 1:1691440/1‑107 (MQ=255) tATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCTTATGGCgggctctc < 2:1691440/112‑6 (MQ=255) gtTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATgg < 1:132779/150‑1 (MQ=255) ttGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAg < 2:2185914/150‑1 (MQ=255) tGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGc < 2:728086/150‑1 (MQ=255) aCAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGa < 1:15739/105‑1 (MQ=255) aCAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGa > 2:15739/1‑105 (MQ=255) agagATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACAGGGCTAGCAtgt > 2:156939/1‑150 (MQ=255) aacaaTGGGCAGGAAGTATGTCTGTCGTCCACAGAAGCCGCTTCTATGTGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCAtgt > 2:1354141/5‑150 (MQ=255) agaTGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGa > 2:2073500/1‑150 (MQ=255) gCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTa > 2:605814/1‑150 (MQ=255) gCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTa > 2:1931077/1‑150 (MQ=255) tATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTc < 1:384503/150‑1 (MQ=255) aTGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGCATCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTGTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTcc > 1:1365159/1‑150 (MQ=255) tGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTccc > 2:963332/1‑150 (MQ=255) tCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCaa > 2:449558/1‑150 (MQ=255) ttGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGa > 2:5663/1‑150 (MQ=255) aTCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCtatt < 2:1575630/73‑1 (MQ=255) aTCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCtatt > 1:1575630/1‑73 (MQ=255) aTCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGc < 1:1356171/120‑1 (MQ=255) acaGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAACCTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGttt > 2:355342/1‑150 (MQ=255) acaGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACg > 1:1257933/1‑79 (MQ=255) acaGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACg < 2:1257933/79‑1 (MQ=255) acaGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGa > 1:2025472/1‑122 (MQ=255) acaGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGa < 2:2025472/122‑1 (MQ=255) acaGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTa < 1:1668742/129‑1 (MQ=255) acaGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTa > 2:1668742/1‑129 (MQ=255) aGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTg < 1:963332/150‑1 (MQ=255) gCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCtat > 2:1856182/1‑62 (MQ=255) gCCGCTTCTATGAGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCtat < 1:1856182/62‑1 (MQ=255) gCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCCACCGAGTTGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAgg < 2:340552/150‑1 (MQ=255) ttCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGc < 2:552431/114‑1 (MQ=255) ttCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAggcg > 1:6933/1‑150 (MQ=255) ttCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAggcg < 1:1568273/150‑1 (MQ=255) ttCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAggcg < 1:449558/150‑1 (MQ=255) ttCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGCCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGc > 1:552431/1‑114 (MQ=255) gggAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTcc > 2:78492/1‑150 (MQ=255) gggAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTcc > 1:1308122/1‑150 (MQ=255) ggAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAggcggc < 2:280637/145‑1 (MQ=255) ggAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAggcggc > 1:280637/1‑145 (MQ=255) gAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCAc > 2:1577832/1‑150 (MQ=255) aGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAggcggc < 1:857583/142‑1 (MQ=255) aGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAggcggc > 2:857583/1‑142 (MQ=255) gCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTc < 1:731354/150‑1 (MQ=255) cTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTcc < 2:342137/114‑1 (MQ=255) tAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTgg < 1:554986/129‑1 (MQ=255) tAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTgg > 2:554986/1‑129 (MQ=255) tAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGCCCTATTATGAGTCCCGTTATATGAAAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTTGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGt > 2:366704/1‑150 (MQ=255) aGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGtt < 1:1384641/150‑1 (MQ=255) gACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTc < 1:1235514/150‑1 (MQ=255) aCCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCa > 1:2319448/1‑150 (MQ=255) ccAAACTGCCTTCAGAGAGCCTTCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAg > 2:1792569/1‑150 (MQ=255) cAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCAt > 2:1186913/1‑89 (MQ=255) cAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCAt < 1:1186913/89‑1 (MQ=255) cAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTc > 1:1167890/1‑107 (MQ=255) cAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTc < 2:1167890/107‑1 (MQ=255) cAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAgg < 1:605814/150‑1 (MQ=255) aCTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAGGTCg > 2:57268/1‑150 (MQ=255) aaTTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAGGTCGCCtt < 2:1622496/150‑1 (MQ=255) aTTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATg > 1:173807/1‑73 (MQ=255) ttAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAGGTCGCCTTgg < 2:1308122/150‑1 (MQ=255) agagagCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGc > 1:2364158/1‑84 (MQ=255) agagagCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGc < 2:2364158/84‑1 (MQ=255) tctgCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATCAAATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAGGTCGCCTTGGGTCaa < 1:2068660/147‑1 (MQ=255) agagCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGc < 1:2306551/82‑1 (MQ=255) acccGCCTTATGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATCTGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAGGTCGCCTTGGGTCAACTg > 1:1238980/2‑150 (MQ=255) ccGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAGGTCGCCTTGGGTCAACTGaa < 1:1931077/150‑1 (MQ=255) gCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAGGTCGCCTTGGGTCAACTGaa < 2:465266/148‑1 (MQ=255) gCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAGGTCGCCTTGGGTCAACTGaa > 1:465266/1‑148 (MQ=255) tAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTATACCTCGTTCAGGTCGCCTTGGGTCAACTGAAGGTCTa > 1:127401/1‑150 (MQ=255) | GATGGGGTATGACTTGATCTGTGATAATTCTGTTGTTGCAGAAGACTATGTGTTTTTGACAGAGATGGGGCGGGAGTATGTCTTGCATCCACAGAAGCCGCTTCTATGGGAAGCTAGACCAAACTGAATTAAGAGAGCCCGCCATAAGGCGGGTCTATTATGAGTCACGTTATTTGATAATATGTCTGGCTTTCCACATGGCTAGCATGTGAGGCGGTAGACTGTCCCAAGATTCAGTTTTGGCAAAGGCGGCTTCCACCTCGTTCAGGTCGCCTTGGGTCAACTGAAGGTCTAC > NC_002947/1281054‑1281348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |