| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,308,611 | C→G | 6.6% | A42G (GCC→GGC) | PP_1143 → | 3‑hydroxyisobutyrate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,308,611 | 0 | C | G | 6.6% | 322.3 / 10.3 | 102 | A42G (GCC→GGC) | PP_1143 | 3‑hydroxyisobutyrate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/42); new base G (3/4); total (56/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCGGTGGTGCGTGAAGTGGTGTTCGGCGAGCAAGGCATTGCCCAGGGCGGGCGCAGC > NC_002947/1308463‑1308759 | ttCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGcgcc > 2:1397250/1‑150 (MQ=255) aaTCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGACCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCAc > 2:118385/1‑150 (MQ=255) cagtcagGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTgg < 2:2234081/150‑1 (MQ=255) tcagGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCGTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCg > 2:1732433/1‑150 (MQ=255) tcagGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACCAGTGCGGCGCACTTGTcc < 2:1425879/150‑2 (MQ=255) tcagGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTg < 1:394378/146‑1 (MQ=255) tcagGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTg > 2:394378/1‑146 (MQ=255) tcagGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCg > 2:158772/1‑150 (MQ=255) 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2:2106146/80‑1 (MQ=255) aTGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGcc > 1:2106146/1‑80 (MQ=255) gAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCggtg > 1:702659/1‑121 (MQ=255) gAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCggtg < 2:702659/121‑1 (MQ=255) gAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCGGTGGTGCGTGAAGTGGTGTTCGGCGAGCAAgg > 1:571506/1‑150 (MQ=255) gAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGAGCGCGCCTGGCTAGCAGCCCTGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCGGTGGTGCGTGAAGTGGTGTTCGGCGAGCAAgg > 1:1254045/1‑150 (MQ=255) aCCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCGGTGGTGCGTGAAGTGGTGTTCGGCGAGCAAGGCa < 2:1387288/150‑1 (MQ=255) ccGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCGGTGGTGCGTGAAGTGGTGTTCGGCGAGCAAGGc < 1:2183545/148‑1 (MQ=255) ccGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCGGTGGTGCGTGAAGTGGTGTTCGGCGAGCAAGGc > 2:2183545/1‑148 (MQ=255) cAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGc < 1:1390509/102‑1 (MQ=255) cAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGc > 2:1390509/1‑102 (MQ=255) ccaGTGCGGCGCACTTGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGcc > 1:1277714/3‑40 (MQ=21) ccaGTGCGGCGCACTTGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGcc < 2:1277714/38‑1 (MQ=21) tGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCGGTGGTGCGTGAAGTGGTGTTAGGCGAGCAAGGCATTGCCCAGGGCGGgcgc > 1:977785/1‑150 (MQ=255) gccgcACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCGGTGGTGCGTGAAGTGGTGGTCGGCGAGCAAGGCATTGCCCAGGGCGGGCGCAGc < 1:1397250/150‑1 (MQ=255) | TTCGAATCAGTCAGGAGTTTATCGATGAGCACTGCACTACCTTCGCTTGGATTCGCCGGCATTGGCCTGATGGGCCTGCCCATGTGCCGCCGCCTGCTGGCAGCGGGTTATCCGCTGACGGTATGGAACCGCAGCCCGGACAAGTGCGCCGCACTGGTCGCTGCTGGCGCGCGCCTGGCCAGCAGCCCGGCCGAATTGTGCCGTGACAGCGACATGGTGCTACTGTGCCTGGCCGACACGGCGGTGGTGCGTGAAGTGGTGTTCGGCGAGCAAGGCATTGCCCAGGGCGGGCGCAGC > NC_002947/1308463‑1308759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |