| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,354,271 | G→T | 6.6% | S371Y (TCC→TAC) ‡ | nrdA ← | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,354,271 | 0 | G | T | 6.6% | 334.9 / 8.6 | 105 | S371Y (TCC→TAC) ‡ | nrdA | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/52); new base T (4/3); total (50/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATGAAGAAA > NC_002947/1354123‑1354420 | gTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGa > 2:305826/1‑150 (MQ=255) gTGCCCGTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCAAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATATCGACAGCATGGCTTTGTCGTCTATTGGGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGc > 2:274704/1‑150 (MQ=255) tGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCt < 1:991100/150‑1 (MQ=255) cTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGTCCAGCTGct < 1:248720/149‑2 (MQ=255) cTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCgg < 2:2188859/150‑1 (MQ=255) cTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCgg > 2:1845916/1‑150 (MQ=255) ttGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGTCCAGCTGctac < 1:2361395/150‑4 (MQ=255) tAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAgg > 2:777424/1‑150 (MQ=255) agagCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGt < 1:938714/150‑1 (MQ=255) gagCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGTCCAGCTGc > 2:1668737/1‑138 (MQ=255) gagCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGTCCAGCTGc < 1:1668737/138‑1 (MQ=255) agCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGc < 1:1097849/150‑1 (MQ=255) acccctgTGCGCGCACTGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGc > 1:1509998/7‑150 (MQ=255) 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gtggtCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATg < 1:1200708/150‑1 (MQ=255) gTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGTGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACg > 1:1860650/1‑150 (MQ=255) gTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTa > 2:2324062/1‑90 (MQ=255) gTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTa < 1:2324062/90‑1 (MQ=255) cccgcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCGTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCAAACg > 1:259289/4‑150 (MQ=255) tAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGTCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGCGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTa > 1:666542/1‑89 (MQ=255) tAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTa < 2:666542/89‑1 (MQ=255) gcagcTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCAt > 2:2121297/1‑150 (MQ=255) gACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATGAAGaaa > 1:2171832/1‑150 (MQ=255) | GTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATGAAGAAA > NC_002947/1354123‑1354420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |