| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,361,442 | A→T | 6.0% | Q167L (CAG→CTG) | phoP → | two‑component system DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,361,442 | 0 | A | T | 6.0% | 436.5 / 13.8 | 133 | Q167L (CAG→CTG) | phoP | two‑component system DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/63); new base T (3/5); total (65/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CAGTGGTTTCACCCAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGG > NC_002947/1361299‑1361591 | aGTGGTTTCACCCAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGgtggtg > 1:1336501/1‑150 (MQ=255) gTGGTTTCACCCAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCACCACCTGCTGGtgatgg < 1:2212935/150‑1 (MQ=255) gTGGTTTCACCCAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCACCACCTGCTGGtgatgg < 1:1485109/150‑1 (MQ=255) tttCACCCAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCaa < 1:403388/150‑1 (MQ=255) tttCACCCAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCGTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCaa < 2:185806/150‑1 (MQ=255) ttgcACCCAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCaa < 1:35473/147‑1 (MQ=255) gcccAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTTAACCGCAAGCAGGGCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGAt < 2:2201338/149‑1 (MQ=255) cccAGTTGACCATCGCCGCTGGCCCCTGGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATc < 1:1202123/150‑1 (MQ=255) cccAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGtggtgg > 1:2208365/1‑141 (MQ=255) cccAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATc > 1:340417/1‑150 (MQ=255) ccAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGACACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCg > 1:898798/1‑150 (MQ=255) aGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGcc < 2:935237/150‑1 (MQ=255) gTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCt > 1:970049/1‑150 (MQ=255) cATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGa < 2:1336501/150‑1 (MQ=255) aTCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAg > 1:2357056/1‑150 (MQ=255) ccgcTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGt < 2:888863/150‑1 (MQ=255) cgcTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGtt < 1:265308/150‑1 (MQ=255) cgcTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGtt < 2:2259926/150‑1 (MQ=255) tGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTa < 2:1074784/150‑1 (MQ=255) gCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTAcc > 1:1658159/1‑150 (MQ=255) gCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTAcc > 2:168301/1‑150 (MQ=255) gCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTAcc > 1:1958473/1‑150 (MQ=255) ttGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTg > 2:2127661/1‑129 (MQ=255) ttGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTg < 1:2127661/129‑1 (MQ=255) ttGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGga < 1:1317371/150‑1 (MQ=255) tGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACg > 1:1444656/1‑150 (MQ=255) tGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAaga < 2:1958473/150‑1 (MQ=255) gACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAagag < 2:132903/150‑1 (MQ=255) cTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAgcgc < 2:1850784/150‑1 (MQ=255) cTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAgcgc > 2:2408455/1‑150 (MQ=255) tCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAgg > 2:1271290/1‑96 (MQ=255) tCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAgg < 1:1271290/96‑1 (MQ=255) tCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGcgcg > 2:1711800/1‑150 (MQ=255) tCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGcgcg > 1:1490506/1‑150 (MQ=255) cAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCATCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGa > 1:85606/1‑150 (MQ=255) aaCCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGAc > 2:810508/1‑150 (MQ=255) aaCCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGAc < 2:1414004/150‑1 (MQ=255) cGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGAcccc > 1:545440/1‑150 (MQ=255) aGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATg < 2:37904/150‑1 (MQ=255) gCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAg > 1:1104307/1‑121 (MQ=255) gCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGTGCGCGACCCCAATGTCATc < 2:188914/150‑1 (MQ=255) aCCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGaa < 1:810508/150‑1 (MQ=255) tCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGc > 2:1249887/1‑150 (MQ=255) gaACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGtt < 1:1007013/150‑1 (MQ=255) aaCAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTg < 2:1747944/150‑1 (MQ=255) aCAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTgg < 2:81451/150‑1 (MQ=255) cAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGgc < 2:2357056/150‑1 (MQ=255) aaGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGt < 2:218618/99‑1 (MQ=255) aaGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGt > 1:218618/1‑99 (MQ=255) aaGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGgcc > 1:1927771/1‑150 (MQ=255) cTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGAccc < 1:475499/120‑1 (MQ=255) cTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGAccc > 2:475499/1‑120 (MQ=255) ttGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCaa < 1:1814205/122‑1 (MQ=255) cccTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCATCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGcgcc < 2:85606/150‑1 (MQ=255) ccTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAgc < 2:1138471/107‑1 (MQ=255) tGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGAGACCGCAAAATCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCa > 2:1999073/1‑150 (MQ=255) ccGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGc < 2:1490506/150‑1 (MQ=255) ccGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCAACACCAGCAGGGGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGaa < 1:1065200/122‑1 (MQ=255) cGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAAt > 1:1959959/1‑112 (MQ=255) cGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCt > 1:801134/1‑150 (MQ=255) ccTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTg > 2:2176989/1‑150 (MQ=255) cTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAgcgc > 1:175346/1‑100 (MQ=255) cTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAgcgc < 2:175346/100‑1 (MQ=255) cTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGa > 2:1283481/1‑150 (MQ=255) tACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGaa < 2:309259/150‑1 (MQ=255) tACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGaa < 1:1711800/150‑1 (MQ=255) tACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGaa > 2:1345835/1‑150 (MQ=255) aCGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGaat < 2:1658159/150‑2 (MQ=255) aCGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAg < 1:168301/150‑1 (MQ=255) aCGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCCACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGCCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAg < 2:1133891/150‑1 (MQ=255) aTACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGa < 2:898798/150‑1 (MQ=255) ccGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAgcg > 1:2129458/1‑150 (MQ=255) cTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTc > 1:555542/1‑150 (MQ=255) tCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCa > 1:1520152/1‑150 (MQ=255) tCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGATTGGCCGCCTGCGCCGCACGCTTCAAGGCGCGCGCGGCTTCa > 2:1065921/1‑150 (MQ=255) gAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGga > 1:819044/1‑69 (MQ=255) tACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAAccc > 2:586665/1‑150 (MQ=255) ccTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCAt < 2:2129458/150‑1 (MQ=255) cTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGa < 1:1840940/77‑1 (MQ=255) cTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGa > 2:1840940/1‑77 (MQ=255) cTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCaa < 2:2272867/83‑1 (MQ=255) cTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCaa > 1:2272867/1‑83 (MQ=255) tccttggcCACCACCTGCTGGTGATGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCg > 1:1209593/7‑150 (MQ=255) tCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGGGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTAAACCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCg > 1:1832766/1‑150 (MQ=255) tCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCCCCTGGTGGCGCAGTTGTACCGAGGAGACGACGAGCGAGGCCCCGATGTTATTGGCGAGCTGCTTGGCGGCGTTCCCCGCAGGCGTCAATGCTCGCGCGGCATCAAAcccgccg > 2:149024/1‑146 (MQ=255) cATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGCCGCGCTCGCCTTCaa < 2:2009367/141‑1 (MQ=255) tGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGaca < 2:1444656/150‑1 (MQ=255) gcCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCTTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGCAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAATGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACgg > 2:857729/1‑150 (MQ=255) gcCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACgg > 1:659065/1‑150 (MQ=255) ccaccaCCTGCTGGTGATGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGt > 1:478394/1‑150 (MQ=255) cATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTg > 2:1991665/1‑150 (MQ=255) aTCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTgc > 2:620902/1‑150 (MQ=255) cACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTgcgc < 2:1520152/150‑1 (MQ=255) aCCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGaca < 2:1824483/141‑1 (MQ=255) aCCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGcgcg > 2:598540/1‑150 (MQ=255) ccAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGaa > 1:1383669/1‑112 (MQ=255) cagcagGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGc < 1:2316752/150‑1 (MQ=255) gcagGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGc < 1:892489/112‑1 (MQ=255) gcagGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCt < 2:1927771/150‑1 (MQ=255) agGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTgg < 1:2408455/150‑1 (MQ=255) | CAGTGGTTTCACCCAGTCGACCATCGCCGCTGGCCCCTTGGTGCTTGACCTCAACCGCAAGCAGGCCACCCTCGACGAACAAGCCTTGGCCCTGACCGCCTACGAATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGG > NC_002947/1361299‑1361591 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |