| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,361,553 | A→C | 5.1% | E204A (GAG→GCG) | phoP → | two‑component system DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,361,553 | 0 | A | C | 5.1% | 297.4 / 3.9 | 100 | E204A (GAG→GCG) | phoP | two‑component system DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/45); new base C (3/3); total (51/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTT > NC_002947/1361404‑1361699 | aTACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGa < 2:898798/150‑1 (MQ=255) ccGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAgcg > 1:2129458/1‑150 (MQ=255) cTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTc > 1:555542/1‑150 (MQ=255) tCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCa > 1:1520152/1‑150 (MQ=255) tCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGATTGGCCGCCTGCGCCGCACGCTTCAAGGCGCGCGCGGCTTCa > 2:1065921/1‑150 (MQ=255) cGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGCCGCGCTCGCCTTCaa < 1:1249887/150‑1 (MQ=255) cGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGCCGCGCTCGCCTTCaa < 1:1345835/150‑1 (MQ=255) tACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAAccc > 2:586665/1‑150 (MQ=255) ccTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCAt < 2:2129458/150‑1 (MQ=255) ccTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCAt < 1:586665/150‑1 (MQ=255) tccttggcCACCACCTGCTGGTGATGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCg > 1:1209593/7‑150 (MQ=255) tCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGGGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTAAACCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCg > 1:1832766/1‑150 (MQ=255) tCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCCCCTGGTGGCGCAGTTGTACCGAGGAGACGACGAGCGAGGCCCCGATGTTATTGGCGAGCTGCTTGGCGGCGTTCCCCGCAGGCGTCAATGCTCGCGCGGCATCAAAcccgccg > 2:149024/1‑146 (MQ=255) cATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGCCGCGCTCGCCTTCaa > 1:2009367/1‑141 (MQ=255) cATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGCCGCGCTCGCCTTCaa < 2:2009367/141‑1 (MQ=255) aTGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGac > 2:1261246/1‑150 (MQ=255) tGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGaca < 2:1444656/150‑1 (MQ=255) cgcCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACg < 1:2176989/150‑1 (MQ=255) 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gtggCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTAc < 2:1649040/150‑1 (MQ=255) ggCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCt < 2:659065/150‑1 (MQ=255) cAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGtt > 1:1990854/1‑150 (MQ=255) aaGCATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTc < 2:254280/150‑1 (MQ=255) gCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGCCCCCCATGTGCTCTAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAgc < 1:149024/150‑1 (MQ=255) 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ggTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGa < 1:183076/124‑1 (MQ=255) gTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTCGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGTCGCCTCAGTGTTGGCgcggc > 2:1124646/1‑150 (MQ=255) ccTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATg < 1:1919655/150‑1 (MQ=255) tGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGgc > 1:1707571/1‑120 (MQ=255) tGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGgc < 2:1707571/120‑1 (MQ=255) cgccgcAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCATCGAGCTCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGAGTGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTgg < 1:1999073/150‑1 (MQ=255) cgcAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCgat < 1:1922190/82‑1 (MQ=255) cgcAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCgat > 2:1922190/1‑82 (MQ=255) gcAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTgg > 1:1566855/1‑146 (MQ=255) gcAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTgg < 2:1566855/146‑1 (MQ=255) tgggatGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCgctgc < 2:696417/145‑1 (MQ=255) aaGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCgctgc > 2:608511/1‑150 (MQ=255) aaGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCgctgc > 2:1240308/1‑150 (MQ=255) aGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCgctgct < 1:558411/150‑1 (MQ=255) tGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCg < 2:555542/150‑1 (MQ=255) aGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGcc < 2:2384665/150‑1 (MQ=255) aGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGcc > 1:455005/1‑150 (MQ=255) gCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCtt > 2:1923452/1‑150 (MQ=255) | ATACCGCATCCTCGAATACCTCATGCGCCATCACCAGCAGGTGGTGGCCAAGGATCGCCTGATGGAGCAGTTGTACCCAGGAGACGAAGAGCGCGACCCCAATGTCATCGAAGTGCTGGTTGGCCGCCTGCGCCGCAAGCTTGAAGGCGAGCGCGGCTTCAAACCCATCGACACGGTGCGCGGCCTGGGCTACCTGTTCACCGAGCGCTGCCGATGATCCGCTCGCTGCGGGTGCGCCTGATGCTGGCCGCCGCAGTGTTGGCGCTGCTGTTCATGCTGGCGCTGCTGCCGGCCTT > NC_002947/1361404‑1361699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |