| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,366,554 | T→G | 5.5% | E51A (GAG→GCG) | PP_1191 ← | S4 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,366,554 | 0 | T | G | 5.5% | 253.8 / 3.7 | 90 | E51A (GAG→GCG) | PP_1191 | S4 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/53); new base G (3/2); total (35/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
CGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCGGA > NC_002947/1366405‑1366702 | cGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGGGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCt > 2:1609130/1‑150 (MQ=255) gggCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGAcgc < 2:115231/150‑1 (MQ=255) gggCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGAcgc < 2:185000/150‑1 (MQ=255) gcgcgcACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACgcgc < 2:1518258/150‑1 (MQ=255) cgcgcACGCCTTCGCGGTGGGCCGCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGTTCGACGCgct < 2:477934/150‑1 (MQ=255) aCGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCgctgctgc > 1:624366/1‑150 (MQ=255) gcgGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTCTTCTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCtt < 1:759933/150‑1 (MQ=255) gCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGc < 1:594974/150‑1 (MQ=255) ccTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCg > 1:1724400/1‑150 (MQ=255) cGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGgct < 2:2290584/150‑1 (MQ=255) cTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGgctgc < 2:2326158/150‑1 (MQ=255) gAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTc < 1:832343/150‑1 (MQ=255) gAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTc < 2:1949774/150‑1 (MQ=255) tGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGacca > 2:1734162/1‑150 (MQ=255) tGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGacca > 2:2251440/1‑150 (MQ=255) gCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGaccac > 2:378462/1‑150 (MQ=255) gCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGaccac < 2:282951/150‑1 (MQ=255) gCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTAGaccac > 1:314743/1‑150 (MQ=255) aTGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCgctgc > 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gcgGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTAc < 1:889489/150‑1 (MQ=255) gggCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTTCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTAccc < 2:860687/150‑1 (MQ=255) gggCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTAccc > 1:1292679/1‑150 (MQ=255) tCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGcct > 2:1152813/1‑150 (MQ=255) aCTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTc < 2:1940091/150‑1 (MQ=255) cTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCa > 1:1304903/1‑150 (MQ=255) cTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCa > 2:9267/1‑150 (MQ=255) tGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCaa > 2:1947947/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTAc < 2:1292679/150‑1 (MQ=255) cGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCt > 2:2381190/1‑150 (MQ=255) 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ttCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCgcgg > 2:1849784/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCgcggc < 1:2314917/150‑1 (MQ=255) cagcagcagGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCCCGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCgcggcg < 1:2243246/150‑1 (MQ=255) agcagcagGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCGCCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGcggcgg < 1:1039058/150‑1 (MQ=255) agcagcagGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGcggcgg < 2:569846/150‑1 (MQ=255) agcagcagGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGcggcgg < 1:311007/150‑1 (MQ=255) cagcagGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGa < 2:1204256/150‑1 (MQ=255) agcagGGGCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCCCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGATCTGCGGCTGCGCCACCATCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTCCTCGGCCTCGcggcggttg > 2:407361/1‑147 (MQ=255) gcagGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCt > 2:927475/1‑138 (MQ=255) gcagGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCt < 1:927475/138‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGttt < 1:1890825/150‑1 (MQ=255) gCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTAGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTg < 2:314743/150‑1 (MQ=255) gcgcgcGGCACGAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCATTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAgg < 2:929220/150‑1 (MQ=255) cgcCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGc < 1:547858/150‑1 (MQ=255) cccGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCgcggc < 2:1808980/109‑1 (MQ=255) cccGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCgcggc > 1:1808980/1‑109 (MQ=255) gcagcaGCGCGTCGAGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGa < 1:1105211/109‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGTCGAGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGa > 2:1105211/1‑109 (MQ=255) agcagcGCGTCGAGCTGCTGCTCAACGTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGtt > 1:480256/1‑133 (MQ=255) agcagcGCGTCGAGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGtt < 2:480256/133‑1 (MQ=255) gcagcGCGTCGAGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCAAGCTGGCCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGtt > 1:1826226/1‑150 (MQ=255) cagcTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTc > 2:605476/1‑150 (MQ=255) cagcTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTc < 1:1849784/150‑1 (MQ=255) cagcTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTc < 1:2049926/150‑1 (MQ=255) agcTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCg < 1:1148523/150‑1 (MQ=255) agcTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCg < 1:605476/150‑1 (MQ=255) gcTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCgg < 1:407361/150‑1 (MQ=255) cTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCGGa > 2:434376/1‑150 (MQ=255) | CGTGCAGGGCGCGCACGCCTTCGCGGTGGGCCTCGCTGAGGCTGCCCATGTTCATGCTGGCGCGGGCATCTTCACTGTCCATGCCGGCTGGCTGGTTCAGCAGCAGGGTCACCGGCTCCAGGGTTTCGGCACGGGCGCCCGGCAGCAGCTCGACGCGCTGCTGCTCAACCTTGAACTGCGGCTGCTCGACCACCACGCCATCGACCGTTACCCAGCCTCCTTCAATGTACTGCTCGGCCTCGCGGCGGGAGCAGCCGAGCTGCTCGATGAGGCGTTTGGACAGGCGGACGGGTTCGGA > NC_002947/1366405‑1366702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |