| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 164,458 | C→G | 7.5% | A333A (GCG→GCC) | pntB ← | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 164,458 | 0 | C | G | 7.5% | 337.7 / 14.8 | 107 | A333A (GCG→GCC) | pntB | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/46); new base G (6/2); total (59/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
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tgCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGaa < 2:818139/150‑1 (MQ=255) tgCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGaa < 1:933951/150‑1 (MQ=255) ttccgGGCTACGGCCTGGCGGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAg > 1:924092/4‑150 (MQ=255) gggCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCa > 1:31910/1‑140 (MQ=255) ggCTACGGCCTGGCGGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAgccgcc > 1:320858/1‑150 (MQ=255) gCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGCCa > 2:2121216/1‑150 (MQ=255) tACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGCCAAg > 1:2080538/1‑150 (MQ=255) tACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGAGACCTTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGCCAAg < 1:633866/150‑1 (MQ=255) aCCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGCCAAgg < 2:361969/150‑1 (MQ=255) ccGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCTAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGCCAAGGa < 1:1135192/150‑1 (MQ=255) | GTACGGCACTTCAGCCTCGGCCAGCAGTACGTTCATGTGCCCGGGCATACGGCCCGCCACCGGGTGAATCGCATACTTCACGGTCACGCCGTTGTGGGTCAGCTTCTCGGTCAGCTCTTTCAGCGCGTGTTGTGCGCGGGCTACCGCCAGGCCGTAGCCCGGAACGATGATCACGCTGTCGGCGTTGCTGAGCAGGAAGGTGGCATCGTCAGCCGAACCGGACTTCACCGGCCGCTGTTCTTGCGAACCTTGCGCCGCGCCAGTGTCGGTATCGCCACCGAAGCCGCCAAGGA > NC_002947/164314‑164606 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |