| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,488,064 | T→A | 9.7% | K89M (AAG→ATG) ‡ | degS ← | serine endoprotease DegS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,488,064 | 0 | T | A | 9.7% | 354.7 / 20.3 | 116 | K89M (AAG→ATG) ‡ | degS | serine endoprotease DegS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/54); new base A (6/5); total (56/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GGTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCG‑GGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGAAAACGCTGG > NC_002947/1487915‑1488213 | ggTTGTTGGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCt < 1:2133458/150‑1 (MQ=255) ttgttgGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTtg > 1:1256017/1‑150 (MQ=255) ttgGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTtggtg < 2:837093/150‑1 (MQ=255) ttgGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTtggtg < 1:335865/150‑1 (MQ=255) ttgGTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTtggtg < 2:1457215/150‑1 (MQ=255) ggTCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTggtggt > 2:142425/1‑150 (MQ=255) tCAGCAGGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGGTGgtgt < 1:1168984/150‑1 (MQ=255) cagcagGTAGCCCTCTGGGCTCATGATTACCGCCGAACCCAGGCTTGATTCCCAGCGGCGCTGTTTGGGCAGGTTATCGCCGAAGAAGCGGCGGAACTGCGGGTCTTCGAACAGCGGGTGGGCGCTTTTGTTCACCACCTTGgtggtg > 2:1569128/1‑148 (MQ=255) 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accaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCG‑GGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTtgc > 1:1474766/1‑105 (MQ=255) accaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCG‑GGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTtgc < 2:271209/105‑1 (MQ=255) accaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCG‑GGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTtgc < 2:1474766/105‑1 (MQ=255) accaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCG‑GGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGaaaa > 2:242803/1‑150 (MQ=255) ccaccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCG‑GGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCATTGCGGAAAAc > 1:1326192/1‑150 (MQ=255) caccTTGGTGGTGTACAGGTTGGCCACCGCCGGGGCGGCCAGGGTCACGGCGTCGGCGTACGACACCG‑GGCCTTGCATGATCCGGGTAGTCTGTGGCGCTTGCTGCAGGTTGACGTCCTGGCTGGGCAGCCCGACCCAtt > 1:1993033/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |