| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,538,783 | T→A | 6.0% | K610M (AAG→ATG) ‡ | PP_1350 ← | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,538,783 | 0 | T | A | 6.0% | 372.3 / 10.5 | 117 | K610M (AAG→ATG) ‡ | PP_1350 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/51); new base A (3/4); total (62/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GTAAAGCAGGTGCCTTGGCCTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGACCTGGACTTCCGCCCATGGCGGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGATGCGTCCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGTTCTTCAGCAAGTTG > NC_002947/1538639‑1538932 | gTAAAGCAGGTGCCTTGGCCTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTgcgc > 2:915496/1‑150 (MQ=255) aaGCAGGTGCCTTGGCCTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACt > 1:1061379/1‑150 (MQ=255) gCAGGTGCCTTGGCCTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGc < 1:2358872/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCCTTGGCCTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCAAGCGCAcctt < 1:2294429/149‑4 (MQ=255) cAGGTGCCTTGGCCTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCAAGCGCAcctt > 2:2294429/1‑146 (MQ=255) ggTGCCTTGGCCTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGCAACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCAAGCGCAccttcga < 1:1957557/150‑7 (MQ=255) gCCTTGGCCTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCggg < 1:137564/150‑1 (MQ=255) ttGGCCTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCAt > 2:2120452/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCg > 2:2076423/1‑150 (MQ=255) cTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCGTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGa > 2:2131078/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGAc > 2:2314388/1‑150 (MQ=255) gCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGc > 2:848577/1‑150 (MQ=255) ggATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGtt < 1:2314388/150‑1 (MQ=255) aTTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGt > 2:1787139/1‑150 (MQ=255) aTTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGCTGATGATGACGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGt > 1:1158983/1‑150 (MQ=255) gCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCtt < 1:1460482/150‑1 (MQ=255) cACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTc > 1:429246/1‑150 (MQ=255) aCTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGCAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCg > 1:217787/1‑150 (MQ=255) 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cGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGACCTGGACTTCCGCCCATGGCGGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGAt < 2:1061379/150‑1 (MQ=255) cGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGACCTGGACTTCCGCCCATGGCGGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGAt > 2:1662639/1‑150 (MQ=255) aCAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGa > 1:2346111/1‑102 (MQ=255) aCAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGa < 2:2346111/102‑1 (MQ=255) aCAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGACCTGGACTTCCGCCCATGGCGGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGATGc < 2:222685/150‑1 (MQ=255) aCAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCGAACAAATGGTTGCGCACAATATATAACATGCCGACGCCGTTGTCTTCGACCTGGACTTCCGCCCATGGCGGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGATGc > 1:2099774/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) ggCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGACCTGGACTTCCGCCCATGGCGGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGATGCGTCCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCg < 2:2024978/150‑1 (MQ=255) gCTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGACCTGGACTTCCGCCCATGGCGGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGATGCGTCCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGt < 2:1448020/150‑1 (MQ=255) cTCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGACCTGGACTTCCGCCCATGGCGGGTTTAGCCGGTTGCGCAGTGTGATGCGTTCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGtt > 2:2296935/1‑150 (MQ=255) tCGAAGGTGCGCTTGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGACCTGGACTTCCGCCCATGGCGGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGATGCGTCCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTTGGTGGATGGCCTGGGCTGCGttc > 2:1485919/1‑150 (MQ=255) gcagTGCGCAAGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGACCTGGACTTCCGCCCATGGCGGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGATGCGTCCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTtg > 2:2270289/4‑125 (MQ=255) gcagTGCGCAAGCGCACTGCCTCGGGCATGCCGACGCCGTTGTCTTCGACCTGGACTTCCGCCCATGGCGGGTTTAGCCGGGTGCGCAGTGTGATGCGTCCGGGCTCGCTGGGTTGCGGGCGTtg 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |