| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,547,946 | C→A | 7.5% | L71M (CTG→ATG) ‡ | PP_1358 → | heme iron utilization protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,547,946 | 0 | C | A | 7.5% | 292.8 / 9.9 | 93 | L71M (CTG→ATG) ‡ | PP_1358 | heme iron utilization protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/40); new base A (3/4); total (49/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TGAGTACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAGGC > NC_002947/1547800‑1548091 | tGAGTACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGctgatcctga > 2:2149751/1‑150 (MQ=255) ccAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGctgatcctga < 2:238927/144‑1 (MQ=255) ccAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGctgatcctga > 1:238927/1‑144 (MQ=255) ccAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGcc > 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aTTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCAGGATCAGcgg < 2:2407176/143‑3 (MQ=255) aTTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCAGGATCAGcgg > 1:2407176/1‑141 (MQ=255) ttCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGccc < 1:501632/150‑1 (MQ=255) gccccgcccGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGc > 2:483712/1‑150 (MQ=255) gccccgcccGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGc < 2:1581240/150‑1 (MQ=255) cccgcccgGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAg < 1:844884/147‑1 (MQ=255) cccgcccgGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAg > 2:844884/1‑147 (MQ=255) ccgcccgGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCAGGATCAGcgg < 2:1524624/136‑3 (MQ=255) ccgcccgGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCAGGATCAGcgg > 1:1524624/1‑134 (MQ=255) cccgGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACAccc > 2:2056015/1‑150 (MQ=255) 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> 1:161198/1‑150 (MQ=255) tgctgcTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGc > 1:2076169/1‑150 (MQ=255) ctgctCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACACACAACCTGCAg > 2:1371220/1‑150 (MQ=255) tCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTGCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAgg > 2:2395327/1‑150 (MQ=255) aaGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACGCATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGAc > 1:1037314/1‑150 (MQ=255) aGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGAcc > 2:1916462/1‑150 (MQ=255) 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cGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGca < 1:1706909/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACCAACCGCAGACGGACCCCAAGTGTCGGATGCCGGTGGGGGAGCGCGAGGGTGAGGATGTGCAGGCGGGCGGGCGCCTGACGGTCATGGCCGAAGCGCCCaa > 1:906696/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACaa > 2:585493/1‑150 (MQ=255) cAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGt < 1:483712/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTc < 2:367589/150‑1 (MQ=255) cccGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAgt > 1:306882/1‑62 (MQ=255) cccGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAgt < 2:306882/62‑1 (MQ=255) ccGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGaa < 2:406447/150‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAaga > 1:926496/1‑150 (MQ=255) gCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAaga < 1:535643/150‑1 (MQ=255) gCTGATCAGGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAg < 2:2365998/107‑1 (MQ=255) gCTGATCAGGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAg > 1:2365998/1‑107 (MQ=255) ctgatcctgatcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAagag < 1:2227723/150‑1 (MQ=255) tgatcctgatcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCCGAAGGACCCCCCGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAgg < 2:2076169/150‑1 (MQ=255) tgatcctgatcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAgg < 1:2149751/150‑1 (MQ=255) gatcctgatcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAGGc < 2:1921238/150‑1 (MQ=255) atcttgagcATCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAgg < 1:1353930/88‑1 (MQ=255) atcctgatcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAgg > 2:1353930/1‑88 (MQ=255) tcctgatcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGaa < 2:1548431/143‑1 (MQ=255) tcctgatcAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGaa > 1:1548431/1‑143 (MQ=255) | TGAGTACCAACGCCATTCGCCCCGCCCGGGAACTGCTGCTCAAGGAATACCGCGGCGTGCTTTCGACACATTCCAGGTCGATGCCTGGCTACCCCTTCGGTTCGGTCGTGCCGTACTGCCTGGACGCCCAGGGCAACCCGCTGATCCTGATCAGCCGCATTGCCCAGCACACCCACAACCTGCAGAAGGACCCCAAGTGTTCGCTGCTGGTGGGGGAGCGCGAGGCTGAGGATGTGCAGGCGGTAGGGCGCCTGACGGTAATGGCCGAAGCGCACAAGCTGGTCGAAGAGGC > NC_002947/1547800‑1548091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |