| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,582,815 | C→A | 10.0% | intergenic (‑219/‑39) | ttgA ← / → ttgR | efflux pump periplasmic linker TtgA/HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,582,815 | 0 | C | A | 10.0% | 291.5 / 11.9 | 96 | intergenic (‑219/‑39) | ttgA/ttgR | efflux pump periplasmic linker TtgA/HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/42); new base A (6/4); total (50/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATCCGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGAC > NC_002947/1582669‑1582961 | tATCCGGCGGATAAATGGCTTGCTACGGAATTTACTTCCAATGATGGTTGTTTGTAAATACGGATGGGGGGTACTCAGGTAGAGGCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCGCCGGCAGAGGTGCCCTCGGAGCGTTCCCCGCAcg > 2:177499/1‑150 (MQ=255) cGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCt < 1:1561942/150‑1 (MQ=255) gTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTgc < 1:1773858/150‑1 (MQ=255) gTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTgc < 1:1214655/150‑1 (MQ=255) ggATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTgcgc > 1:245103/1‑150 (MQ=255) aTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAACTACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCgg < 1:2068739/150‑1 (MQ=255) aTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCgg < 2:1810006/150‑1 (MQ=255) aTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGATCgg < 2:2340705/150‑1 (MQ=255) aGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGc > 1:244084/1‑150 (MQ=255) aGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGAACGCGCAGCGCGTGCgggg < 1:1077074/150‑2 (MQ=255) cTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATAAAGCTGGCCCCGGCAGAGGGGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGcac > 1:1601711/1‑148 (MQ=255) ttGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGAACGCGCAGCGCGTGCggggaac < 1:579410/150‑5 (MQ=255) gCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGAt > 2:1196239/1‑150 (MQ=255) cTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGTCCAGATg > 2:467171/1‑150 (MQ=255) aGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAgg < 1:209635/150‑1 (MQ=255) aaTATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTg > 2:1555130/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 1:1228703/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 2:1585161/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTCCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc < 1:1529872/150‑1 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTAAGGTTCAGCCTCAGCACTTGATTATCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 2:1480550/1‑150 (MQ=255) aTTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATg > 1:2029759/1‑149 (MQ=255) aTTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATg < 2:2029759/149‑1 (MQ=255) ttCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGAAGGCGATTAACGTTCGTGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGt > 2:1398693/1‑150 (MQ=255) ggTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGTCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTc < 1:467171/150‑1 (MQ=255) tgtttgtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGaa < 2:1931846/150‑1 (MQ=255) ttgtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATg < 2:2138551/137‑1 (MQ=255) ttgtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATg > 1:2138551/1‑137 (MQ=255) ttgtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGaa > 2:586610/1‑147 (MQ=255) ttgtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGaa < 1:586610/147‑1 (MQ=255) gtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACt > 2:1322217/1‑129 (MQ=255) gtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACt < 1:1322217/129‑1 (MQ=255) gtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCaaa < 1:1585161/150‑1 (MQ=255) tAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAaag > 1:2345371/1‑150 (MQ=255) tACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAaagaaga > 2:2353442/1‑150 (MQ=255) gctgGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGcc < 2:2106108/150‑1 (MQ=255) ctgGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGccc < 1:2105925/150‑1 (MQ=255) tgGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCa < 2:244084/150‑1 (MQ=255) ggtggtACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAgg > 1:1651089/1‑150 (MQ=255) gtggtACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGtt < 1:1074365/94‑1 (MQ=255) gtggtACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGtt > 2:1074365/1‑94 (MQ=255) tggtACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGaa > 1:689052/1‑150 (MQ=255) tACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAAcc > 2:1787766/1‑150 (MQ=255) aCTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAAccc < 1:1196239/150‑1 (MQ=255) tCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGt < 2:2284359/150‑1 (MQ=255) gTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGc < 2:144843/148‑1 (MQ=255) gTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGc > 1:144843/1‑148 (MQ=255) cAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGTAAACCCGTGCCCAGa > 2:1092675/1‑150 (MQ=255) cAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGACCCCGAAAGATGGGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGa > 2:1893063/1‑150 (MQ=255) ccTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCa > 2:2005766/1‑84 (MQ=255) ccTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCa < 1:2005766/84‑1 (MQ=255) tCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTAc > 2:442700/1‑95 (MQ=255) tCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTAc < 1:442700/95‑1 (MQ=255) tCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGatcatc < 1:445816/150‑1 (MQ=255) tCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGatcatc > 2:445816/1‑150 (MQ=255) tCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGatcatc > 2:2025268/1‑150 (MQ=255) tCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGatcatc < 1:1555130/150‑1 (MQ=255) tCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGatcatc > 1:1915791/1‑150 (MQ=255) ttGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAggcgg > 1:939282/1‑150 (MQ=255) gCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAg < 1:1787766/150‑1 (MQ=255) gCTTAACCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAg > 1:824459/1‑150 (MQ=255) cTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAgg < 2:245103/150‑1 (MQ=255) aTCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCCAATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCACGCAATCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGcc < 1:1398693/150‑1 (MQ=255) tCCGAGAGGAACCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCGCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTGATACTGCCATGGTCGGACGAACCAAAGAAGAAGCACAGCAAACCCGTGCCCAGATCATCTAGGCGGCGGAAAGGGccc > 2:979685/1‑149 (MQ=255) ccGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCAAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCtt < 1:1873400/150‑1 (MQ=255) gagaGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCt > 1:1112235/1‑150 (MQ=255) gagaGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCt > 2:269056/1‑150 (MQ=255) gagaGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCt < 2:1915791/150‑1 (MQ=255) agagGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTa < 2:1651089/150‑1 (MQ=255) gagGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTAc < 2:2345371/150‑1 (MQ=255) gCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCtt > 2:2107595/1‑143 (MQ=255) gCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCtt < 1:2107595/143‑1 (MQ=255) gCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATAATCGCGGAGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAg > 1:501087/1‑150 (MQ=255) ccGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGaaa < 2:1031123/133‑1 (MQ=255) ccGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGaaa > 1:1031123/1‑133 (MQ=255) cGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAggcggc < 2:1751593/127‑1 (MQ=255) cGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAggcggc > 1:1751593/1‑127 (MQ=255) agagGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAaagaagaag > 1:1514033/1‑89 (MQ=255) agagGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAaagaagaag < 2:1514033/89‑1 (MQ=255) agagGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGt > 1:389801/1‑150 (MQ=255) gagGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGtt < 1:1480550/150‑1 (MQ=255) cccccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGa > 1:2147842/1‑150 (MQ=255) ccccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGaa < 1:177499/150‑1 (MQ=255) cccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGACCAGGAAACCCGAGCCCAGATCACCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAac > 1:544055/1‑150 (MQ=255) ccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTAc > 1:1813420/1‑50 (MQ=255) ccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTAc < 2:1813420/50‑1 (MQ=255) gcccacACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCggg > 1:842038/6‑128 (MQ=255) gcccacACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCggg < 2:842038/123‑1 (MQ=255) gcccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCggg > 1:1184779/2‑128 (MQ=255) gcccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCggg < 2:1184779/127‑1 (MQ=255) ccccGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGTCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAac > 2:231741/1‑139 (MQ=255) ccccGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGTCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAac < 1:231741/139‑1 (MQ=255) cccGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGat < 2:1329302/90‑1 (MQ=255) cccGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGat > 1:1329302/1‑90 (MQ=255) cccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGa > 2:1854027/1‑150 (MQ=255) ccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGa > 2:1883838/1‑95 (MQ=255) ccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTAc < 1:1707238/117‑1 (MQ=255) ccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTAc > 2:1707238/1‑117 (MQ=255) ccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGgacgac > 2:870359/1‑150 (MQ=255) | TATCCGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGAC > NC_002947/1582669‑1582961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |